| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,207,981 | G→A | 100% | A161T (GCC→ACC) | stfP → | e14 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,207,981 | 0 | G | A | 98.9% | 272.0 / ‑5.2 | 86 | A161T (GCC→ACC) | stfP | e14 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (44/41); total (45/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
GCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTTTATTACGG > NC_000913/1207884‑1208076 | gCAATTAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGTATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATAcc < 2:2853606/100‑1 (MQ=255)gCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATAcc < 2:2436185/100‑1 (MQ=255)gCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATAcc < 2:1092407/100‑1 (MQ=255) cAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGAAATAGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCt > 1:2289894/1‑100 (MQ=255) aaTCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGTCTCAAATGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCtg < 1:1685810/100‑1 (MQ=255) aTCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCGGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCtgt > 2:79937/1‑100 (MQ=255) aGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTgtgt > 2:395301/1‑99 (MQ=255) aGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGtt < 2:2187252/100‑1 (MQ=255) gTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTg > 1:2531518/1‑100 (MQ=255) gatctttCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGc < 2:1133520/94‑1 (MQ=255) attcattcatTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGAATCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATGCCGGGTTGCGATTAATAATACCTgtgt > 2:1063954/3‑96 (MQ=255) tCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCgt < 1:32636/100‑1 (MQ=255) aTTCAGTGGGGGTGGAATGCGGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGGTTAATAATACCTGTGTTGCCgtt > 2:2261370/1‑99 (MQ=255) aTTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCgttg > 2:2878286/1‑100 (MQ=255) ttCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGcagatcg > 1:1133531/1‑94 (MQ=255) ttCAGGGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGTGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCgttgt < 2:2936480/100‑1 (MQ=255) cAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCTTCTGCCTTT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGttgttg < 1:862032/100‑1 (MQ=255) cAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGttgttg < 1:2147973/100‑1 (MQ=255) aGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGc < 2:376933/100‑1 (MQ=255) gTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGc < 2:1206377/99‑1 (MQ=255) ggAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGa > 1:1140150/1‑100 (MQ=255) gAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGa > 2:319638/1‑99 (MQ=255) gAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGAc < 1:1571888/100‑1 (MQ=255) gAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGAc > 1:2642446/1‑100 (MQ=255) gAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGAc < 2:403718/100‑1 (MQ=255) gCCGCAAAAGTATCTGCTTCT‑GGGGGGGATGGAAATTTAGTTGTATTCTCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTACGACAATg < 1:1582468/100‑1 (MQ=255) gCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATg > 1:2157495/1‑100 (MQ=255) ccGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGt > 2:94837/1‑100 (MQ=255) cAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAg > 2:2291761/1‑100 (MQ=255) aaaGCATCTGCCTCTGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAgc > 1:2016231/1‑100 (MQ=255) gCATCTGCCTCT‑GGGGTGTATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCAc < 2:2896523/100‑1 (MQ=255) cATCTGCCTCT‑GGTGGGTATGGAAATACATTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAgcgc < 1:1332145/97‑1 (MQ=255) tCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTa < 2:2901677/100‑1 (MQ=255) tCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTa < 1:207558/100‑1 (MQ=255) tGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATc > 2:2412251/1‑100 (MQ=255) tGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATc < 1:1074210/100‑1 (MQ=255) ctct‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTATGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAAt > 1:2409621/1‑100 (MQ=255) ct‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCGCCTATCAATGc < 2:1777266/100‑1 (MQ=255) t‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCACACCTATCAATGCa > 2:2068262/1‑100 (MQ=255) t‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACTTGTGTTACCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCAAATATCAATGCa > 2:1340083/1‑100 (MQ=255) t‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCa > 1:1909209/1‑100 (MQ=255) t‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCa > 1:2095570/1‑100 (MQ=255) ggggggATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGt < 2:2347777/100‑1 (MQ=255) gggggATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATAATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTg < 1:2892373/100‑1 (MQ=255) gATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCaa > 1:1261824/1‑100 (MQ=255) gAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCACATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACggg > 2:1942936/1‑100 (MQ=255) aaaTACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACgggg > 2:2974461/1‑100 (MQ=255) aaTACATTTGTATTACCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCTCCTATCAATGCAGTGGCAACggggg < 2:1093578/100‑1 (MQ=255) aaTACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACggggg < 1:1755993/100‑1 (MQ=255) aTACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACgggggg < 2:1135063/100‑1 (MQ=255) tACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGa > 2:1161643/1‑100 (MQ=255) tACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGa > 2:1397084/1‑100 (MQ=255) cAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGata < 1:2291787/100‑1 (MQ=255) tGTATTCCCGGTTGCTTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACa < 2:574402/100‑1 (MQ=255) tGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACa < 2:2402685/100‑1 (MQ=255) tGTATTCCCGGTTGCGATTAATAATAATGGTGTAGACGTTGTTGCAAATTATGACAATATTAGCGCACCTATCAATGCAGGGGCAACGGGGGGATATACa > 2:53478/1‑100 (MQ=255) tATTCCCGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAAc > 1:926728/1‑100 (MQ=255) aTTCCTGATTGCGTTTAATAATACCTGTGTTTCTCTGGATGCAAATTATGACAATATCAGCTCACCTATCAATGCAGTGGCTATGTGGGGATATACAAcc < 2:711491/100‑1 (MQ=255) aTTCCCGGTTGCGTTTAATAATATCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAAcc < 2:1551918/100‑1 (MQ=255) cccGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACt > 2:2969190/1‑100 (MQ=255) cccGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACt > 2:1542369/1‑100 (MQ=255) cccGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACt > 2:3088/1‑100 (MQ=255) cccGGTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACt > 1:1482707/1‑100 (MQ=255) cccGGTTGCGTTTAATAATACCTGCGTTGCAGTTGTTGCAAATTAAGACAATGTCACCGCACCTATCAATGCAGTGTCAACGGGGGGCTATACAACCACt > 2:1940706/1‑100 (MQ=255) ggTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCAATTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGAGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTcn < 2:1964415/100‑2 (MQ=255) gTTGCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCg > 1:1415419/1‑99 (MQ=255) gCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGtttt < 1:2163256/100‑1 (MQ=255) gCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGtttt > 2:852065/1‑100 (MQ=255) gCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGtttt < 1:2295966/100‑1 (MQ=255) gCGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGtttt > 1:2871180/1‑100 (MQ=255) cGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGttttt > 1:1551172/1‑100 (MQ=255) cGTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGttttt > 1:1898205/1‑100 (MQ=255) gcttAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTtta > 1:2057198/3‑100 (MQ=255) gTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTtta > 1:629827/1‑100 (MQ=255) gTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTtta > 2:643527/1‑100 (MQ=255) gTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTtta > 1:799575/1‑100 (MQ=255) gTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTtta < 2:236054/100‑1 (MQ=255) gTTTAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGAGGGAATATACAACCACTTCGTTTtta > 1:532268/1‑100 (MQ=255) tttAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTttat < 2:2847217/100‑1 (MQ=255) tttAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTttat < 1:2509452/100‑1 (MQ=255) tttAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTttat < 2:780135/100‑1 (MQ=255) tttAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTttat < 2:2312814/100‑1 (MQ=255) tttAATAATACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTtta < 2:1946924/99‑1 (MQ=255) taattaTACCTGTTTTGCAAATGTTGCATATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGTATATACAACCACTTCGTTTtgat > 2:2731643/1‑98 (MQ=255) taatACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTTTATTACgg < 1:1171130/100‑1 (MQ=255) taatACCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTTTATTACgg > 2:179408/1‑100 (MQ=255) | GCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATCTGCCTCT‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGTTTTTATTACGG > NC_000913/1207884‑1208076 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |