Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_000913 1,399,677 C→T 100% intergenic (‑151/+44) fnr ← / ← ogt oxygen‑sensing anaerobic growth regulon transcriptional regulator FNR; autorepressor/O‑6‑alkylguanine‑DNA:cysteine‑protein methyltransferase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009131,399,6770CT95.7% 275.9 / 1.0 90intergenic (‑151/+44)fnr/ogtoxygen‑sensing anaerobic growth regulon transcriptional regulator FNR; autorepressor/O‑6‑alkylguanine‑DNA:cysteine‑protein methyltransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (1/3);  new base T (41/44);  total (42/48)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.19e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

CAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATAACCTTCATGGCGCAATAACCACTCTTTTCGCTGAAC  >  NC_000913/1399581‑1399771
                                                                                                |                                                                                              
cAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAAtttt                                                                                             >  1:225180/1‑100 (MQ=255)
 aagtaagtCTAAGCAAACTTTAACAGTAGATAATTTCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTa                                                                                            <  1:221394/100‑1 (MQ=255)
 aagtaagtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTa                                                                                            <  2:2499079/100‑1 (MQ=255)
 aagtaagtATAAGCAAACCTTAACAGCAGGGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTTAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTa                                                                                            <  2:1022677/100‑1 (MQ=255)
  attaagtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTAc                                                                                           <  2:175239/98‑1 (MQ=255)
  agtaagtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCAGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTa                                                                                            >  2:731137/1‑99 (MQ=255)
   gtaagtCTAAGCAAACTTTAATAGCAGAGAATTCCGTTATTAGATGTAAATATATGTTTACCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTACa                                                                                          <  1:1807405/100‑1 (MQ=255)
   gtaagtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTACa                                                                                          <  2:2205733/100‑1 (MQ=255)
   gtaagtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTACa                                                                                          <  1:2533811/100‑1 (MQ=255)
    taagtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTACAt                                                                                         <  2:613372/100‑1 (MQ=255)
    taagtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTACAt                                                                                         <  1:376860/100‑1 (MQ=255)
       gtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTACATaaa                                                                                      >  2:1597428/1‑100 (MQ=255)
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            aGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTACATAAAAgtgt                                                                                 >  1:152156/1‑100 (MQ=255)
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             gCAAACTTTAACAGCAGAGAATTCTTATATTATATGTAAATATATTTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTACATAAAAGtgtg                                                                                <  1:2518474/100‑1 (MQ=255)
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                aaCCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTACATAAAAGTGTGAAc                                                                             <  1:1735303/100‑1 (MQ=255)
                 aCCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTACATAAAAGTGTGAACa                                                                            <  2:2470199/100‑1 (MQ=255)
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                    ttAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTACATAAAAGTGTGAACAAGc                                                                         <  2:2187286/100‑1 (MQ=255)
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                        cagcagAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTgg                                                                      <  1:2661041/99‑1 (MQ=255)
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                           cagAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGcaca                                                                  >  1:24929/1‑100 (MQ=255)
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                                                                             cTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATAACCTTCATGGCGCAATAACCAc                >  2:1061050/1‑100 (MQ=255)
                                                                             cTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATAACCTTCATGGCGCAATAACCAc                >  1:743369/1‑100 (MQ=255)
                                                                               tAAGTTGTTAAGGGTAATTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATAACCTTCATGGCGCAATAACCActc              <  1:2631426/100‑1 (MQ=255)
                                                                                aaGTTGTTAAGGGTAATTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATAACCTTCATGGCGCAATAACCActct             <  2:2756986/100‑1 (MQ=255)
                                                                                     gttAAGGGTAATTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATAACCTTCATGGCGCAATAACCACTCttttgg        >  1:1889225/1‑98 (MQ=255)
                                                                                      ttAAGGGTAATTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATAACCTTCATGGCGCAATAACCACTCTTTTCGc       >  2:1865266/1‑100 (MQ=255)
                                                                                       tAAGGGTAATTTTACATAAAAGTGTGAATAAGCTGTCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATAACCTTCATGGCGCAATAACCACTCTTTTCGCt      <  1:734338/100‑1 (MQ=255)
                                                                                       tAAGGGTAATTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATAACCTTCATGGCGCAATAACCACTCTTTTCGCt      <  2:152154/100‑1 (MQ=255)
                                                                                       naaGGGTAATTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATAACCTTCATGGCGCAATAACCACTCTTTTCGCt      >  2:27775/2‑100 (MQ=255)
                                                                                        aaGGGTAATTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATAACCTTCATGGCGCAATAACCACTCTTTTCGCTg     <  1:1603708/100‑1 (MQ=255)
                                                                                        aaGGGTAATTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATAAACTTCATGGCGCAATAACCACTCTTTTCGCt      >  1:1650362/1‑99 (MQ=255)
                                                                                        aaGGGTAATTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACACCAAAAGATAACCTTAATGGCGCAATAACAACTCTGTTCGCt      >  2:154829/1‑99 (MQ=255)
                                                                                           ggTAATTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATAACCTTCATGGCGCAATAACCACTCTTTTCGCTGAAc  >  1:1023062/1‑100 (MQ=255)
                                                                                                |                                                                                              
CAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATAACCTTCATGGCGCAATAACCACTCTTTTCGCTGAAC  >  NC_000913/1399581‑1399771

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑