| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,470,558 | G→A | 100% | pseudogene (42/3497 nt) | ydbA → | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,470,558 | 0 | G | A | 97.0% | 324.0 / ‑0.8 | 102 | pseudogene (42/3497 nt) | ydbA | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base A (56/42); total (58/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TCAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTGAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCACGATCTCGTTATTACAAAATGGTAAAGATCCGGCACCGTCTCCCATTGTTTTACTGGCTACTAACGGAG > NC_000913/1470460‑1470654 | tCAAAACACCGAAAGAGCTAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTTAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTGa > 2:1763455/1‑100 (MQ=255) cAAAACACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTaaa > 1:1142046/1‑100 (MQ=255) naaaCACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTaaaa > 2:1395843/2‑100 (MQ=255) aaaaCACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTaaaa > 2:222331/1‑100 (MQ=255) aaaCACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTAaaaa > 2:40690/1‑100 (MQ=255) aaaCACCGAAAGAGATAATTGAAAGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTAaaaa > 2:347808/1‑100 (MQ=255) 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1:1816427/1‑100 (MQ=255) aaGGGGTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTAAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGc < 1:1118097/100‑1 (MQ=255) ggggTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTAAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCAc > 2:885824/1‑100 (MQ=255) gggTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTTTTGAAATGCGGAATTGAGTTTTTGCTTTTGTTACTGGTTAAAATATAACAAGTATAAATAGTGGCACg < 2:2587172/100‑1 (MQ=37) gggTGTTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTAAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCACg > 1:207049/1‑100 (MQ=255) gtgtTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTAAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCACGAt > 2:221425/1‑100 (MQ=255) gtTGCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTAAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCACGAt > 1:741629/1‑98 (MQ=255) gCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTAAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCACGATCTCGt > 1:2962453/1‑100 (MQ=255) gCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTAAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCACGATCTCGt > 2:1207767/1‑100 (MQ=255) gCATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTAAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCACGATCTCGt < 1:545031/100‑1 (MQ=255) cATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTAAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCACTATCTCGtt < 2:1802571/100‑1 (MQ=255) cATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTAAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCACGATCTCGtt < 1:1341184/100‑1 (MQ=255) cATTGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTAAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCACGATCTCGtt < 1:3009614/100‑1 (MQ=255) aTTGACATATTGAATCTACACTTTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTAAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCACGATCTCGt < 1:1397154/98‑1 (MQ=255) ttGACATATTTAATCTACACTGTTTAAATTCATAATTTATGTTTTTCTTTTGTTACTGGTAAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCACGATCTCGttat < 1:878603/100‑1 (MQ=255) ttGACAGATTGAATCTACACTGTTGAAATTCAGAATTTAGGTTTTGCTTTTGTTACTGGTAAAAATACAACAGGTATAAATAGTGGCACGATCTCGttat > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |