| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,469,656 | (T)7→8 | coding (526/1332 nt) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,469,649 | 1 | . | T | 84.5% | 310.5 / 52.7 | 103 | coding (519/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (10/6); new base T (39/48); total (49/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.14e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
TGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACA > NC_000913/2469552‑2469743 | tGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tt < 2:1014947/100‑1 (MQ=255)tGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tt > 2:1660405/1‑100 (MQ=255) ttGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑t > 2:756199/1‑100 (MQ=255) ttGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑t < 1:1524995/100‑1 (MQ=255) ttGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑t > 2:946638/1‑100 (MQ=255) ttGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCCTTTGCTA‑tttt‑t > 2:1778475/1‑100 (MQ=255) gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑tt‑t < 2:975524/100‑1 (MQ=255) gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑tt‑t < 2:673921/100‑1 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑tt‑tt > 2:431253/1‑99 (MQ=255) atcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑tt‑ttc < 2:695778/100‑3 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑TT‑T‑CGTTg < 1:756198/100‑1 (MQ=255) tCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTgn < 1:1872924/100‑2 (MQ=255) tCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGc < 1:1932745/100‑1 (MQ=255) tCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGc < 2:789495/100‑1 (MQ=255) cTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCt > 2:932501/1‑100 (MQ=255) aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCtaa < 1:1550165/100‑1 (MQ=255) cAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCtaata > 2:529817/1‑100 (MQ=255) cAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCtaata > 2:1125792/1‑100 (MQ=255) cAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCtaata > 2:1041739/1‑100 (MQ=255) aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CTTTGCtaataa > 2:1414262/1‑100 (MQ=255) agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGTTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTaataat > 1:39185/1‑100 (MQ=255) agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTTCtaataa > 2:450644/1‑99 (MQ=255) agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTaataat > 1:999733/1‑100 (MQ=255) agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTaataat > 1:21071/1‑100 (MQ=255) gagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAataata < 2:1648694/100‑1 (MQ=255) gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTCTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGATAATAatat > 1:1172444/1‑99 (MQ=255) aaTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTAc < 1:185031/100‑1 (MQ=255) gTTATAATTTTCCTTCCATTTTTTGTGTATTGATTAATATGCAAAAACAATAAATCTGTGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTTCTAATAATATCTACTTCt < 1:568751/100‑1 (MQ=255) gTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCt < 2:138118/100‑1 (MQ=255) tataATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaa > 2:760708/1‑100 (MQ=255) ataATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaa < 1:989875/100‑1 (MQ=255) taATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaaa < 2:30812/100‑1 (MQ=255) naaTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaaa > 2:369783/2‑100 (MQ=255) aaTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCCACTGCTaaaaa > 2:1683308/1‑100 (MQ=255) aTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑TTTTTTTTATAATATATACTGCTAAAAAt > 1:1116090/1‑100 (MQ=255) aTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATc > 2:1300695/1‑100 (MQ=255) ttttCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTATCATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTTGTT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATc < 1:1172189/100‑1 (MQ=255) ccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAtt < 1:750829/100‑1 (MQ=255) ccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAtt < 1:1505900/100‑1 (MQ=255) ccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 2:641689/1‑100 (MQ=255) cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta > 2:562688/1‑100 (MQ=255) ttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtat > 1:530087/1‑100 (MQ=255) tccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtat > 2:1568962/1‑100 (MQ=255) tccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTta < 1:932500/99‑1 (MQ=255) ctttgttttGTGTATTCAGTAACATGCAAAAACAATATTTCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 2:1330810/95‑1 (MQ=255) ccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 2:1346085/100‑1 (MQ=255) ccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 2:421862/100‑1 (MQ=255) ttttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTaa > 1:1253095/1‑100 (MQ=255) ttttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTACTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTaa < 1:1041738/100‑1 (MQ=255) tttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTaa < 1:781429/99‑1 (MQ=255) ttgtgtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑TTAT‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcc < 1:1660395/97‑1 (MQ=255) ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcccc < 2:957444/100‑1 (MQ=255) ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcccc < 2:182869/100‑1 (MQ=255) ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcccc < 1:1249963/100‑1 (MQ=255) ggTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGTTAAAAATCCATTTATATTAACCCCa > 1:334482/1‑100 (MQ=255) 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tATGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGa > 1:162111/1‑100 (MQ=255) aTGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTATCCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGAt < 1:1293901/100‑1 (MQ=255) aTGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGAt < 1:1857258/100‑1 (MQ=255) tGCTTTTGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATa < 1:1349884/100‑1 (MQ=255) cTTTTGCTA‑TTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGac < 2:1253642/100‑1 (MQ=255) ttttGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGan < 1:369781/100‑2 (MQ=255) tttGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGaca < 1:1681938/100‑1 (MQ=255) ttGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTATAAATTAATTTATCTTAACCCCATTAATCGTGAATTCATATTATATTTTATTTTATAGaa > 1:1442118/1‑97 (MQ=255) ttGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGacac < 1:1611536/100‑1 (MQ=255) ttGCTATTTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGacac < 2:1127214/100‑1 (MQ=255) | TGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑TT‑T‑CGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACA > NC_000913/2469552‑2469743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |