| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,235,689 | +A | intergenic (+282/‑217) | pgi → / → yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,235,685 | 1 | . | A | 86.0% | 320.9 / 46.5 | 108 | intergenic (+278/‑221) | pgi/yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/11); new base A (45/47); total (50/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑A‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATT > NC_000913/4235587‑4235779 | ggCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑a < 1:99312/100‑1 (MQ=255)ggCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTCTAATTTGACTGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑a < 1:1363463/100‑1 (MQ=255) aTTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑a‑aaa > 1:1741815/1‑100 (MQ=255) tttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑a‑aaaa > 1:1558417/1‑99 (MQ=255) ttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑a‑aaaat < 2:1301709/100‑3 (MQ=255) ttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑a‑aaaat < 1:1805098/100‑3 (MQ=255) ttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGc < 1:678047/100‑1 (MQ=255) tATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCa > 2:808766/1‑100 (MQ=255) aTCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑A‑AAATACGCAGa > 1:1397848/1‑100 (MQ=255) cAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAg < 1:1117836/98‑1 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGAtt > 1:1839667/1‑100 (MQ=255) gATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGAAGATTa > 2:1816958/1‑100 (MQ=255) tAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTaa < 1:318998/100‑1 (MQ=255) aaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTg > 2:194085/1‑100 (MQ=255) aaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTg < 1:488411/100‑1 (MQ=255) aTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑A‑AAATACGCAGATTAATTGCt < 2:406855/100‑1 (MQ=255) tCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCt > 2:1946043/1‑100 (MQ=255) ccccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCtt > 1:396042/1‑100 (MQ=255) cccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCttt > 1:849164/1‑100 (MQ=255) ttGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGt > 2:1889243/1‑100 (MQ=255) ttGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCGTTTGt > 1:453771/1‑100 (MQ=255) tGTCTGTAATTTAAGGGAAGTCAGACCGTGAGGTTAAGGCT‑AAAGTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCGGATTAATTGCTTTTGtt < 1:1531478/100‑1 (MQ=255) cTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GCA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt > 2:489070/1‑100 (MQ=255) cTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt > 1:1289291/1‑100 (MQ=255) cTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt > 2:429517/1‑100 (MQ=255) cTGTAATTTAAAGGAAATCATACCGTGAGGTTCATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑A‑AAATACGCAGATTAACTCTTTTTGTgttta < 1:646809/100‑1 (MQ=255) gTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat > 1:253221/1‑100 (MQ=255) gTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTACG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat < 2:1368151/100‑1 (MQ=255) tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatt < 2:683949/100‑1 (MQ=255) aaTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttattt < 1:1447261/100‑1 (MQ=255) tttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttta > 1:989243/1‑100 (MQ=255) tttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttta > 2:1083687/1‑100 (MQ=255) tttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttt > 1:1513129/1‑99 (MQ=255) ttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTaa > 2:488674/1‑100 (MQ=255) tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTaa > 2:1684524/1‑99 (MQ=255) tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAg < 2:1476074/100‑1 (MQ=255) cGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTATTTTTTTTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGttt > 1:1321391/1‑100 (MQ=255) cGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGttt > 2:1026470/1‑100 (MQ=255) cGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑A‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTa < 1:990972/100‑1 (MQ=255) cATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAATTTTATGAttt > 1:1745271/1‑100 (MQ=255) aTACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAtttt < 1:114001/100‑1 (MQ=255) tACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAttttt > 2:741182/1‑100 (MQ=255) aCCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTa < 2:635151/100‑1 (MQ=255) ccGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAt > 1:877558/1‑100 (MQ=255) cGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAtt < 1:1847589/100‑1 (MQ=255) cGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTCTTAATCGTTGTTTATTTAG‑AAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAtt < 1:1061739/100‑1 (MQ=255) gTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTg < 2:363627/100‑1 (MQ=255) gTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTg < 2:822465/100‑1 (MQ=255) taaagatAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTATAAAATAAA‑AAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTAtta < 1:1869208/93‑2 (MQ=255) ggTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTtattattat > 1:1083861/1‑100 (MQ=255) ggTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTAt < 1:1680848/100‑1 (MQ=255) ggTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTAt > 1:1431476/1‑100 (MQ=255) ggTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTAt > 1:1131373/1‑100 (MQ=255) gTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTAtt > 2:926293/1‑100 (MQ=255) ttAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑A‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTa < 1:1804773/100‑1 (MQ=255) aaTCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTaa < 1:1852869/100‑1 (MQ=255) aTCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTaaa > 1:1440796/1‑100 (MQ=255) aTCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTaaa < 2:1657959/100‑1 (MQ=255) tCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAat < 1:823624/100‑1 (MQ=255) tCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAat > 1:599341/1‑100 (MQ=255) tCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAat < 2:1421291/100‑1 (MQ=255) tCCT‑AAAATAGATTTTTAATAGTTGTTTATTTCG‑G‑AGAAATACGCAAATTAATTGATTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTCTTTa > 1:1845312/1‑97 (MQ=255) cT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGTA‑A‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAata < 1:17882/99‑1 (MQ=255) aaaaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑A‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAg < 1:507496/100‑1 (MQ=255) aaaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAg < 1:1875189/100‑1 (MQ=255) aaaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAg < 1:758011/100‑1 (MQ=255) aaaTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAg < 1:756606/100‑1 (MQ=255) aTAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑A‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTg < 1:214357/100‑1 (MQ=255) tAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTg < 2:1431484/100‑1 (MQ=255) 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tgttTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGat < 1:296303/100‑1 (MQ=255) gttTATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGata < 2:557754/100‑1 (MQ=255) tttATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGatat > 2:1025808/1‑100 (MQ=255) tttATTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGaaga > 2:717395/1‑97 (MQ=255) ttATTTCGTA‑A‑AAATACGTATATTTTTTTCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACTTATAtttaaataa < 1:1933106/100‑7 (MQ=19) aTTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattca < 2:789924/100‑1 (MQ=255) aTTTCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattca > 2:851947/1‑100 (MQ=255) tttCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACTTATAtttaaataac < 1:1163247/98‑8 (MQ=37) tttCG‑GAA‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcat < 2:1829944/100‑1 (MQ=255) ttCG‑GAA‑AAATACGTAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcatt < 1:1324661/100‑1 (MQ=255) | GGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCT‑AAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCG‑G‑A‑AAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATT > NC_000913/4235587‑4235779 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |