| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,493,645 | G→A | intergenic (‑391/+122) | frc ← / ← yfdX | formyl‑CoA transferase, NAD(P)‑binding/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,493,645 | 0 | G | A | 95.6% | 296.5 / 0.7 | 90 | intergenic (‑391/+122) | frc/yfdX | formyl‑CoA transferase, NAD(P)‑binding/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/3); new base A (45/41); total (46/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGTTAAATCCTT > NC_000913/2493548‑2493741 | tATGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACg < 1:1797548/100‑1 (MQ=255) aTGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGa > 1:406915/1‑100 (MQ=255) tGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAg < 2:686519/100‑1 (MQ=255) tGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGAg > 1:1549536/1‑100 (MQ=255) tGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGAg > 1:1578611/1‑100 (MQ=255) tGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGAg < 2:70646/100‑1 (MQ=255) 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1:680007/100‑1 (MQ=255) aaTACGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGTTAAATCCtt > 2:726762/1‑100 (MQ=255) | TATGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGTTAAATCCTT > NC_000913/2493548‑2493741 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |