Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,777,363 | T→C | F83F (TTT→TTC) | yfjZ → | CP4‑57 prophage; antitoxin of the YpjF‑YfjZ toxin‑antitoxin system |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,777,363 | 0 | T | C | 92.9% | 262.2 / 5.5 | 85 | F83F (TTT→TTC) | yfjZ | CP4‑57 prophage; antitoxin of the YpjF‑YfjZ toxin‑antitoxin system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/2); new base C (32/47); total (36/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 |
ATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGAGCAAGCATGAAC > NC_000913/2777267‑2777458 | aTTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTAcc < 2:977575/100‑1 (MQ=255) aTTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCAcc < 1:1825005/100‑1 (MQ=255) aTTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCAATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCAcc < 1:1195907/100‑1 (MQ=255) tttCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCt < 2:1408835/100‑1 (MQ=255) ttCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTg < 1:1703524/100‑1 (MQ=255) tCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGc < 1:851465/100‑1 (MQ=255) tCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGc > 1:534848/1‑100 (MQ=255) tCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGc > 1:143062/1‑100 (MQ=255) ccACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCg < 2:1379113/100‑1 (MQ=255) ccACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCg > 1:842632/1‑100 (MQ=255) ccACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCg < 1:1584500/100‑1 (MQ=255) acaTTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTTGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGaa > 1:1039825/1‑100 (MQ=255) caTTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGCTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAg > 1:1043124/1‑100 (MQ=255) aTTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGc < 2:967765/100‑1 (MQ=255) tttATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCg < 1:1217317/100‑1 (MQ=255) ttATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGa > 1:710649/1‑100 (MQ=255) tATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACAGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGAt < 1:1061088/100‑1 (MQ=255) cAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCCCCCTGTACCACAACGGCTTCACCTGCGAAGCCGATAct > 1:661656/1‑100 (MQ=255) cAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATAct > 1:1171433/1‑100 (MQ=255) ccAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCtt < 2:811115/100‑1 (MQ=255) cAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCtt > 1:1654810/1‑99 (MQ=255) cAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTg < 1:1370978/100‑1 (MQ=255) cAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTg < 2:96227/100‑1 (MQ=255) aGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTgg < 2:488031/100‑1 (MQ=255) aGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTgg < 2:568876/100‑1 (MQ=255) tccgatctCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGt < 2:1467970/93‑1 (MQ=21) agagTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGt < 2:1243085/100‑1 (MQ=255) tCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAATGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCg < 1:1041044/100‑1 (MQ=255) cGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAgatcgga > 1:1467962/1‑94 (MQ=255) gATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGc < 2:123475/100‑1 (MQ=255) tGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTa > 2:972053/1‑100 (MQ=255) cTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACTGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGCAGTTGCGGCTatg < 2:1315518/100‑3 (MQ=25) cTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACg > 1:112341/1‑100 (MQ=255) tGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGt > 1:267982/1‑100 (MQ=255) tGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGt > 2:1100724/1‑100 (MQ=255) tGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACGCTTGGTAGTTGCGGCTACGt < 1:1189745/100‑1 (MQ=255) gACCACTGGTGACCTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGta < 2:55156/100‑1 (MQ=255) gACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGta > 1:1740982/1‑100 (MQ=255) gACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGta > 2:761123/1‑100 (MQ=255) ccACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGtata < 1:1782361/100‑1 (MQ=255) ccACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGtata > 2:1244638/1‑100 (MQ=255) ccACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAAGGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGtata < 2:784434/100‑1 (MQ=255) aCTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACa > 2:1562787/1‑100 (MQ=255) cTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACAt < 2:1882577/100‑1 (MQ=255) ggTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCg < 1:1013953/100‑1 (MQ=255) gTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGc < 2:1485479/100‑1 (MQ=255) gAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTg < 2:169953/100‑1 (MQ=255) aCTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGtt > 2:1392349/1‑100 (MQ=255) cTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGttt > 2:1355256/1‑100 (MQ=255) cTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGttt > 2:1599510/1‑100 (MQ=255) gAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTAc < 1:351906/100‑1 (MQ=255) gAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTAc > 1:178158/1‑100 (MQ=255) aaTCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTAcc < 1:830310/100‑1 (MQ=255) aTCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTAccc < 2:1877244/100‑1 (MQ=255) cccGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCAc < 2:1629589/100‑1 (MQ=255) gCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCa < 2:267612/100‑1 (MQ=255) ccATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCaa > 2:845811/1‑100 (MQ=255) cATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAAc < 2:112341/100‑1 (MQ=255) cATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAAc < 2:749040/100‑1 (MQ=255) tGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGc > 1:1584980/1‑100 (MQ=255) gCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGct < 1:294117/100‑1 (MQ=255) ccAAGGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTATCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGctaa < 1:663319/100‑1 (MQ=255) cAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGctaac < 2:404923/100‑1 (MQ=255) tCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTc > 2:1724800/1‑100 (MQ=255) tCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTc < 1:845810/100‑1 (MQ=255) tCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTc > 2:57873/1‑100 (MQ=255) cACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCa > 1:1597791/1‑100 (MQ=255) cccTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACg < 2:1281008/100‑1 (MQ=255) cccTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACg > 1:410910/1‑100 (MQ=255) cccTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACg < 2:143063/100‑1 (MQ=255) cTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACgag < 2:1586420/100‑1 (MQ=255) aCCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGagca < 2:1043125/100‑1 (MQ=255) ccACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGagcaa > 2:200338/1‑100 (MQ=255) ccACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGagca > 1:1538014/1‑99 (MQ=255) acaACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGagcaagc > 2:876961/1‑100 (MQ=255) acaACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGagcaagc > 2:930907/1‑100 (MQ=255) caACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGagcaagca < 2:516405/100‑1 (MQ=255) caACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGagcaagca < 2:1171435/100‑1 (MQ=255) caACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGagcaagca > 1:210595/1‑100 (MQ=255) aaCGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGAGCAAGCAt > 2:776153/1‑100 (MQ=255) aCGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGAGCAAGCATg > 2:577790/1‑100 (MQ=255) cGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGAGCAAGCATGa < 1:344468/100‑1 (MQ=255) cGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGAGCAAGCATGa < 1:696102/100‑1 (MQ=255) ggTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGAGCAAGCATGaa < 1:1467465/100‑1 (MQ=255) gTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGAGCAAGCATGAac > 2:28563/1‑100 (MQ=255) | ATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGAGCAAGCATGAAC > NC_000913/2777267‑2777458 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |