| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,058,585 | C→T | intergenic (‑175/+81) | serA ← / ← rpiA | D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/ribose 5‑phosphate isomerase, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,058,585 | 0 | C | T | 81.6% | 167.1 / 32.8 | 76 | intergenic (‑175/+81) | serA/rpiA | D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/ribose 5‑phosphate isomerase, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/8); new base T (24/38); total (30/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.55e-01 | |||||||||||
TATGAACGTTTGCGTCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTCACAATGGTTTTG > NC_000913/3058491‑3058684 | tatGAACGTTTGCGTCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATACGCTGTTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTg < 1:1199652/100‑1 (MQ=255) tGAACGTTTGCGTCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGcc < 1:1435980/100‑1 (MQ=255) tGAACGTTTGCGTCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGcc < 2:1837848/100‑1 (MQ=255) gAACGTTTGCGTCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCt > 2:568516/1‑100 (MQ=255) aaCGTTTGCGTCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTg < 1:872711/100‑1 (MQ=255) aCGTTTGCGTCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTgg < 1:443410/100‑1 (MQ=255) gTCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCg > 2:1889155/1‑100 (MQ=255) tCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGt > 2:1322710/1‑100 (MQ=255) tCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGt < 2:330156/100‑1 (MQ=255) cgcgATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTg < 1:1611794/100‑1 (MQ=255) gATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGaca < 2:1614161/100‑1 (MQ=255) tGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGAcaca < 1:485064/100‑1 (MQ=255) gTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACAt > 2:1345525/1‑100 (MQ=255) ttGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATg < 2:1944865/100‑1 (MQ=255) ttGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATg < 2:214021/100‑1 (MQ=255) gAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTc < 1:1333079/100‑1 (MQ=255) aGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCa > 2:1711320/1‑100 (MQ=255) gAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCAcc > 1:123051/1‑100 (MQ=255) gAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCAcc > 2:1001237/1‑100 (MQ=255) aaaTATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCa > 2:296384/1‑100 (MQ=255) aaaTATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCa < 1:464857/100‑1 (MQ=255) aaTATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCaa < 2:650003/100‑1 (MQ=255) tatCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAAt > 2:749487/1‑100 (MQ=255) tCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAAttt < 2:1687499/100‑1 (MQ=255) cACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTa < 1:1521934/100‑1 (MQ=255) cGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAAt > 1:208217/1‑100 (MQ=255) cGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAAt < 2:1733848/100‑1 (MQ=255) cGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAAt > 2:744622/1‑100 (MQ=255) gCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATg < 2:80882/100‑1 (MQ=255) aGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAaga > 2:900720/1‑100 (MQ=255) ggTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAagag > 2:409898/1‑100 (MQ=255) ggTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAagag > 1:443030/1‑100 (MQ=255) tAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGaa > 1:527671/1‑100 (MQ=255) aTTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAAtn < 1:1342101/100‑2 (MQ=255) tCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAAtttt > 1:1839201/1‑100 (MQ=255) cTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAAttttt < 2:1870513/100‑1 (MQ=255) cTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAAttttt > 1:662992/1‑100 (MQ=255) ttGGATGAATATGCTGGTTTTGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAAtttttt > 1:1185266/1‑100 (MQ=255) ttGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAAtttttt < 1:1571571/100‑1 (MQ=255) ttGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAAtttttt < 2:379258/100‑1 (MQ=255) ttGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAAtttttt < 2:1609181/100‑1 (MQ=255) ttGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAAtttttt < 2:315902/100‑1 (MQ=255) tGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAAttttttt < 2:1651925/100‑1 (MQ=255) ggATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTa < 1:1110697/100‑1 (MQ=255) tGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTATAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACg < 2:176680/100‑1 (MQ=255) aaTATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACggg > 2:1649540/1‑100 (MQ=255) aaTATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACggg < 2:1887987/100‑1 (MQ=255) aaTATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACggg > 2:272476/1‑100 (MQ=255) atatGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACgggg < 1:1930384/100‑1 (MQ=255) atatGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACgggg < 2:11485/100‑1 (MQ=255) gCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAgg < 2:1879281/100‑1 (MQ=255) gCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAgg > 1:278686/1‑100 (MQ=255) cTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAg > 1:155285/1‑98 (MQ=255) ggTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTc > 2:580536/1‑100 (MQ=255) ttAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTcccc < 1:191162/100‑1 (MQ=255) agagGATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCg < 2:352187/100‑1 (MQ=255) ggATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCa > 2:716928/1‑100 (MQ=255) ggATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCa < 2:1683567/100‑1 (MQ=255) ggATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCa < 2:775592/100‑1 (MQ=255) gATTTATTTAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAg > 2:636737/1‑100 (MQ=255) atttatttAGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGa > 1:958485/1‑100 (MQ=255) tttatttaGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGAt < 2:1839213/100‑1 (MQ=255) tatttaGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCa < 2:443032/100‑1 (MQ=255) atttaGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCAt > 1:1632446/1‑100 (MQ=255) atttaGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCAt > 1:1267649/1‑100 (MQ=255) taGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTc < 1:1582664/100‑1 (MQ=255) taGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTc > 2:502051/1‑100 (MQ=255) taGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTc < 1:749486/100‑1 (MQ=255) taGAGCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTc < 2:1036238/100‑1 (MQ=255) agagCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTca < 2:815948/100‑1 (MQ=255) gagCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTcac < 1:1396760/100‑1 (MQ=255) gagCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTcac > 2:774355/1‑100 (MQ=255) gagCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTcac < 1:1233889/100‑1 (MQ=255) gagCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTcac < 2:952697/100‑1 (MQ=255) gagCAATCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTcac < 2:958486/100‑1 (MQ=255) aTCGATAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTCACAATgg < 2:1184311/100‑1 (MQ=255) cAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTCACAATGGTTTTg < 1:1347648/100‑1 (MQ=255) | TATGAACGTTTGCGTCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTCACAATGGTTTTG > NC_000913/3058491‑3058684 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |