| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,524,413 | A→G | I515V (ATT→GTT) | mrcA → | penicillin‑binding protein 1a, murein transglycosylase and transpeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,524,413 | 0 | A | G | 94.4% | 175.0 / ‑1.1 | 54 | I515V (ATT→GTT) | mrcA | penicillin‑binding protein 1a, murein transglycosylase and transpeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base G (28/23); total (29/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
GGCAAGTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCAAC > NC_000913/3524316‑3524509 | ggCAAGTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAAtt < 1:502701/100‑1 (MQ=255) cAAGTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTCCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCg < 2:21375/100‑1 (MQ=255) aaGTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGc < 1:873460/100‑1 (MQ=255) aaGTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGc < 2:47403/100‑1 (MQ=255) aGTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCt < 2:738737/100‑1 (MQ=255) aTGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTAc > 2:763116/1‑100 (MQ=255) gTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGt > 2:1558931/1‑100 (MQ=255) gTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGt > 2:524444/1‑100 (MQ=255) aaCGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAgg < 2:1038688/100‑1 (MQ=255) aaCGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAgg > 1:1559580/1‑100 (MQ=255) gATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTACCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGc < 1:1935199/100‑1 (MQ=255) tgCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTggg < 2:1670265/100‑1 (MQ=255) ccAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTc < 2:354568/100‑1 (MQ=255) ccAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTc < 2:751744/100‑1 (MQ=255) aTTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGt < 2:1471616/100‑1 (MQ=255) ttCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCg < 1:1352486/100‑1 (MQ=255) ctcGATGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTTGCAGCCGAGGAACTCACCACCGCAGTAGGCTGGTCCAGGTCGCTTACGTCAGGGGCTGTGTCAGTCGa > 1:160060/1‑99 (MQ=255) cGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGaaaa > 2:1474542/1‑100 (MQ=255) cGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGaaaa > 2:1571157/1‑100 (MQ=255) cGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGaaaa > 2:1446804/1‑100 (MQ=255) cTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGaaaa < 1:785661/98‑1 (MQ=255) ggATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgtg < 2:1461479/100‑1 (MQ=255) gATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgtgg < 1:1108859/100‑1 (MQ=255) gATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgtgg < 1:1108873/100‑1 (MQ=255) gATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgtgg > 1:434533/1‑100 (MQ=255) gATGCAAGTGCCGATTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgtgg > 1:1204274/1‑100 (MQ=255) tGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgtggtg > 2:1732387/1‑100 (MQ=255) gCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGa > 1:660028/1‑100 (MQ=255) aaGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATg < 1:1269709/100‑1 (MQ=255) aGTGCCGGTTCTGAGTGGCAGCCGAAGAACGCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGGCGAAAAACGTGGTGATgg < 1:569037/100‑1 (MQ=255) gTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGt > 2:38677/1‑100 (MQ=255) gCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTAc > 2:1214198/1‑100 (MQ=255) gACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGc > 2:1678422/1‑100 (MQ=255) ggCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGc > 2:1393628/1‑100 (MQ=255) cAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGa > 2:793529/1‑100 (MQ=255) aGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGAt > 1:1486377/1‑100 (MQ=255) cGAAGAATTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATggg < 2:893953/100‑1 (MQ=255) gaagaaCTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGc > 1:340690/1‑100 (MQ=255) gaaCTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTc > 2:1685600/1‑100 (MQ=255) aaCTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCg < 1:223242/100‑1 (MQ=255) aaCTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCg < 1:221557/100‑1 (MQ=255) tCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGTGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACt > 2:1532376/1‑100 (MQ=255) caccacCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTa > 1:1867276/1‑100 (MQ=255) caccacCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTa > 1:172283/1‑100 (MQ=255) ccGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTg > 2:22906/1‑100 (MQ=255) ccGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTg > 1:346378/1‑100 (MQ=255) cGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGc < 1:1474534/100‑1 (MQ=255) tGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTg < 1:1214195/100‑1 (MQ=255) ggTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGc > 2:862678/1‑100 (MQ=255) gTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCa > 2:651569/1‑100 (MQ=255) gTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCa < 1:1446796/100‑1 (MQ=255) tCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCaa > 2:204751/1‑100 (MQ=255) tCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCaa > 1:1477075/1‑100 (MQ=255) ccAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCAAc < 2:1204276/100‑1 (MQ=255) | GGCAAGTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCAAC > NC_000913/3524316‑3524509 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |