| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 88,208 | A→T | T61S (ACA→TCA) | cra → | transcriptional repressor‑activator for carbon metabolism |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 88,208 | 0 | A | T | 94.1% | 222.0 / 3.7 | 68 | T61S (ACA→TCA) | cra | transcriptional repressor‑activator for carbon metabolism |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/2); new base T (35/29); total (37/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.89e-01 | |||||||||||
CCGTGTGAGCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCACACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGG > NC_000913/88111‑88299 | ccGTGTGAGCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGctca < 2:394914/100‑1 (MQ=255) gtgtGAGCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACg < 2:1499042/100‑1 (MQ=255) tgAGCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGacgctcacgctc > 1:386552/1‑100 (MQ=255) tgAGCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTc > 2:1323547/1‑100 (MQ=255) aGCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCt > 2:1441003/1‑99 (MQ=255) gCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTAt > 1:1328425/1‑100 (MQ=255) gCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTAt > 1:572265/1‑100 (MQ=255) gCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTAt < 1:1829725/100‑1 (MQ=255) cGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTAtt < 1:799468/100‑1 (MQ=255) gACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTg > 2:1666628/1‑100 (MQ=255) gACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTg < 2:1382958/100‑1 (MQ=255) gACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTg > 2:215608/1‑100 (MQ=255) gACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTg > 1:1463002/1‑100 (MQ=255) gACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCACACGTTCTATTg > 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ttACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATc < 2:533823/100‑1 (MQ=255) ttACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATc < 1:60722/100‑1 (MQ=255) ttACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATc < 1:1050508/100‑1 (MQ=255) tACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCg < 2:1488004/100‑1 (MQ=255) cccGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCACACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAAc < 1:838493/100‑1 (MQ=255) cGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTa > 1:36119/1‑100 (MQ=255) gAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTa < 1:1248943/99‑1 (MQ=255) ccGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGa > 1:577073/1‑100 (MQ=255) tGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACg < 2:1414588/100‑1 (MQ=255) ggCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGc > 1:140089/1‑100 (MQ=255) aGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAg > 1:751543/1‑100 (MQ=255) gCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAgg > 2:473731/1‑100 (MQ=255) gCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAgg > 2:92971/1‑100 (MQ=255) cTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGgc > 2:1943841/1‑100 (MQ=255) gCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGcgcg > 2:1821473/1‑99 (MQ=255) gCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGCGCgg > 2:999458/1‑100 (MQ=255) cTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGCGCGGc > 1:1784471/1‑100 (MQ=255) cTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGCGCGGCAACgggg < 2:1555894/100‑1 (MQ=255) cTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGCGCGGCAACgggg > 2:788914/1‑100 (MQ=255) | CCGTGTGAGCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCACACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGG > NC_000913/88111‑88299 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |