| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 661,369 | T→C | N4D (AAT→GAT) | ybeF ← | LysR family putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 661,369 | 0 | T | C | 92.3% | 276.8 / 3.4 | 91 | N4D (AAT→GAT) | ybeF | LysR family putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/4); new base C (49/35); total (52/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTC > NC_000913/661272‑661465 | aTAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCAc < 2:1422010/100‑1 (MQ=255) aGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTa > 1:1182979/1‑100 (MQ=255) gTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTAt > 2:461481/1‑100 (MQ=255) cAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATcc > 1:819733/1‑100 (MQ=255) cAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATcc > 2:1866056/1‑100 (MQ=255) aaGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACg < 1:291063/100‑1 (MQ=255) ggTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCa > 2:922515/1‑100 (MQ=255) ggTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCa > 2:346789/1‑100 (MQ=255) gTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCAc > 2:1018655/1‑100 (MQ=255) gTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCAc > 1:1338941/1‑100 (MQ=255) tAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACtt > 1:1942114/1‑100 (MQ=255) aGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTAc > 2:998023/1‑100 (MQ=255) aGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTAc > 2:315278/1‑100 (MQ=255) gATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACt > 2:1871472/1‑100 (MQ=255) gATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACt > 1:1477164/1‑100 (MQ=255) gATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACt > 2:895142/1‑100 (MQ=255) gATCAATATTTCGCAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACt > 1:1203046/1‑100 (MQ=255) tCAATATTTCGTAGGGTTGTAAATATTTGTGCTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTcc > 2:1307472/1‑100 (MQ=255) aaTATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCaa > 2:12796/1‑100 (MQ=255) atTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAAttt < 1:709708/100‑1 (MQ=255) tCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTAt < 2:1503400/100‑1 (MQ=255) tCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTAt > 1:1058954/1‑100 (MQ=255) cGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTAtt < 2:1073128/100‑1 (MQ=255) aGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATg < 1:1098711/100‑1 (MQ=255) aGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATg > 2:154887/1‑100 (MQ=255) ttGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGaa > 1:19402/1‑100 (MQ=255) tAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGaaaaa < 2:227547/100‑1 (MQ=255) tAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGaaaaa > 2:1936528/1‑100 (MQ=255) tatTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAaataat < 2:340299/100‑1 (MQ=255) ttGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATAtt > 1:918239/1‑100 (MQ=255) tgtgGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAatat < 1:293039/98‑1 (MQ=255) tttACCTTCTGATGACTTTCTGCTTAAACATGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACTCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTaaaaa < 1:1605470/100‑1 (MQ=255) tttACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTaaaaa > 2:1388759/1‑100 (MQ=255) tACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAAt > 2:784359/1‑100 (MQ=255) tACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAAt < 1:491453/100‑1 (MQ=255) aCCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTAGTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAAtt > 2:145222/1‑100 (MQ=255) 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2:355876/1‑100 (MQ=255) gacgacTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACaataa > 2:575132/1‑100 (MQ=255) gacgacTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACaataa > 1:1208696/1‑100 (MQ=255) gacgacTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACaataa > 2:484968/1‑100 (MQ=255) gacgacTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACaataa > 1:1815423/1‑100 (MQ=255) cgacTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATc > 1:166898/1‑100 (MQ=255) cgacTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATc > 2:1245587/1‑100 (MQ=255) cgacTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATc > 2:269592/1‑100 (MQ=255) cgacTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATc > 1:19620/1‑100 (MQ=255) gacTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCt < 1:895141/100‑1 (MQ=255) gacTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCt < 1:49342/100‑1 (MQ=255) acTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCt < 1:1263969/99‑1 (MQ=255) acTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAAAAAAAATTAAAAAATTACAATAATCt < 1:977221/99‑1 (MQ=255) cTTTCTGCTTAAACAGTGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACACCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTa < 1:1135314/100‑1 (MQ=255) cTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTa < 1:1866044/100‑1 (MQ=255) cTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTa < 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1:1447055/1‑100 (MQ=255) gATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTg > 1:1113450/1‑100 (MQ=255) gATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTg < 1:1766814/100‑1 (MQ=255) attatcACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGc < 2:1709710/100‑1 (MQ=255) attatcACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGc > 1:645547/1‑100 (MQ=255) tatcaCTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTc < 1:1218151/100‑1 (MQ=255) | ATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTC > NC_000913/661272‑661465 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |