| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 720,946 | C→T | intergenic (+106/+110) | ybfK → / ← kdpE | uncharacterized protein/response regulator in two‑component regulatory system with KdpD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 720,946 | 0 | C | T | 93.7% | 282.8 / 6.0 | 95 | intergenic (+106/+110) | ybfK/kdpE | uncharacterized protein/response regulator in two‑component regulatory system with KdpD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/4); new base T (46/43); total (48/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
AAGGTGAAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTA > NC_000913/720849‑721042 | aaGGTGAAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAg < 1:1833589/100‑1 (MQ=255) aagTGAAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAg < 1:180013/97‑1 (MQ=255) ggTGAAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTa > 1:1398404/1‑100 (MQ=255) tGAAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAat > 2:1100572/1‑100 (MQ=255) aaGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAatat > 1:1887290/1‑100 (MQ=255) aGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCGATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTTAGTAataaa < 2:1318097/100‑3 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |