| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,399,677 | C→T | intergenic (‑151/+44) | fnr ← / ← ogt | oxygen‑sensing anaerobic growth regulon transcriptional regulator FNR; autorepressor/O‑6‑alkylguanine‑DNA:cysteine‑protein methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,399,677 | 0 | C | T | 92.2% | 300.4 / 12.7 | 103 | intergenic (‑151/+44) | fnr/ogt | oxygen‑sensing anaerobic growth regulon transcriptional regulator FNR; autorepressor/O‑6‑alkylguanine‑DNA:cysteine‑protein methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/4); new base T (47/47); total (52/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |