| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,407,859 | A→G | intergenic (‑64/‑191) | ydaM ← / → ydaN | diguanylate cyclase, csgD regulator/putative Zn(II) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,407,859 | 0 | A | G | 87.4% | 237.7 / 20.2 | 87 | intergenic (‑64/‑191) | ydaM/ydaN | diguanylate cyclase, csgD regulator/putative Zn(II) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/5); new base G (45/31); total (51/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
GAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAAT > NC_000913/1407760‑1407954 | gAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCTGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGa > 1:787407/1‑100 (MQ=255) gTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTc < 1:394656/100‑1 (MQ=255) tAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCa < 2:1031559/100‑1 (MQ=255) tAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATGTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCa > 1:1362304/1‑100 (MQ=255) aaGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAg > 2:775264/1‑100 (MQ=255) aGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGa > 1:36600/1‑100 (MQ=255) aGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGa > 1:824053/1‑100 (MQ=255) gTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGAt > 1:1469008/1‑100 (MQ=255) gTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGAt > 2:1684363/1‑100 (MQ=255) ccAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGTCACGTCATATGATCAGATaa > 2:16920/1‑100 (MQ=255) ccAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATaa > 2:582415/1‑100 (MQ=255) cAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAAt > 2:764685/1‑100 (MQ=255) cAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAAt > 1:1885487/1‑100 (MQ=255) aGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAAtt > 1:1531853/1‑100 (MQ=255) ggttATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGATCTCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAAttn < 1:883105/97‑2 (MQ=255) gggTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTc > 2:1009635/1‑100 (MQ=255) ggTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCt > 2:497352/1‑100 (MQ=255) ggTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCt < 2:824054/100‑1 (MQ=255) ggTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCACGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTAAAAAAAAAAAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCt < 1:729576/100‑1 (MQ=255) gTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTg < 2:255846/100‑1 (MQ=255) aTTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGAt < 2:13238/100‑1 (MQ=255) gAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAAt > 1:524155/1‑100 (MQ=255) gAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAAt > 2:1260401/1‑100 (MQ=255) gAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAAt > 2:1578456/1‑100 (MQ=255) aGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGa < 2:1710770/100‑1 (MQ=255) tgtgCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAg > 1:182849/1‑100 (MQ=255) gCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATGGCAAAAAATCCACGTCAGATGATTAGATAATTCTGATAATGATAGACg > 1:163546/1‑100 (MQ=255) gCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATa > 1:196230/1‑96 (MQ=255) gCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACg < 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1:1907428/9‑100 (MQ=255) ttATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGta < 2:67867/100‑1 (MQ=255) tATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCAAGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGtat > 1:841428/1‑100 (MQ=255) aTCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGtata > 2:680050/1‑100 (MQ=255) aTCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGtata > 2:607519/1‑100 (MQ=255) aTCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGtat > 2:382869/1‑99 (MQ=255) tCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATAc > 1:1507538/1‑100 (MQ=255) cAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACg < 2:1362312/100‑1 (MQ=255) aaTTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACgg > 1:1776919/1‑100 (MQ=255) tttGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGaaaa > 1:392674/1‑100 (MQ=255) gttgCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATCCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTCCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCa > 1:429045/1‑100 (MQ=255) tATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTg > 2:1072848/1‑100 (MQ=255) aTCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATATACGCTATTTTACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGc < 2:1646852/100‑1 (MQ=255) aTCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGc > 2:348816/1‑100 (MQ=255) gATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCtttt < 2:534628/100‑1 (MQ=255) tCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTg < 1:1072847/100‑1 (MQ=255) tCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTg < 2:909154/100‑1 (MQ=255) cAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTAt > 1:935766/1‑100 (MQ=255) cAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTAt > 1:1611592/1‑100 (MQ=255) aaaaaaGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTAtt < 2:1931950/100‑1 (MQ=255) aaaaaaGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTAtt < 1:549526/100‑1 (MQ=255) gCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAAttt > 2:1410859/1‑100 (MQ=255) ccACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTa < 2:787409/100‑1 (MQ=255) cACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAg < 1:1009634/100‑1 (MQ=255) cACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAg < 2:1885500/100‑1 (MQ=255) cACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAg < 1:497350/100‑1 (MQ=255) cACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAg < 1:748365/100‑1 (MQ=255) cGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGAc < 1:327919/100‑1 (MQ=255) cATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGa > 1:1428907/1‑100 (MQ=255) tatGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAAt > 1:1389087/1‑100 (MQ=255) | GAGTAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAAT > NC_000913/1407760‑1407954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |