| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,597,846 | (T)5→4 | 100% | intergenic (‑286/‑138) | livK ← / → panM | leucine transporter subunit/PanD autocleavage accelerator, panothenate synthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,597,842 | 0 | T | . | 96.2% | 485.2 / 4.3 | 113 | intergenic (‑282/‑142) | livK/panM | leucine transporter subunit/PanD autocleavage accelerator, panothenate synthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base . (62/46); total (65/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TATTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAAT > NC_000913/3597745‑3597937 | tATTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAttt > 1:1935739/1‑100 (MQ=255) aTTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAtttt < 2:2076995/100‑1 (MQ=255) ttGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAttttc > 2:2231702/1‑99 (MQ=255) ttGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAttttc > 2:795091/1‑99 (MQ=255) gatagataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAttttcat > 2:134552/1‑97 (MQ=255) gatagataAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACAttttcat > 2:2480813/1‑97 (MQ=255) 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< 2:2213248/100‑1 (MQ=255) cAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGt > 1:1651193/1‑100 (MQ=255) cAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGt > 1:1524001/1‑100 (MQ=255) aGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACACAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGCTTATGCTGGACA‑TTTTCATTctcttctg > 2:2344629/1‑94 (MQ=255) gAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGttt > 1:292487/1‑100 (MQ=255) gAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGttt > 1:1143059/1‑100 (MQ=255) gAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGttt > 1:1460212/1‑100 (MQ=255) gAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGAC‑GTTTTCATTCTCTAATGttt < 1:646701/100‑1 (MQ=255) aaaaaaGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAGTAATTCACAAACAATCAGGGGATTATGCTGGA‑AATTTTCAATCTCTAATGtttt > 2:1825906/1‑100 (MQ=255) aaaaaGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTa > 2:268548/1‑100 (MQ=255) aaaGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAAt > 2:2261260/1‑100 (MQ=255) aaaGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATACACTATCATACAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTGAt > 2:2492398/1‑100 (MQ=255) aaGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTaa > 2:109589/1‑98 (MQ=255) aGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAAttt < 1:130957/100‑1 (MQ=255) gCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGt < 1:1802306/100‑1 (MQ=255) ccTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTa > 1:1732803/1‑100 (MQ=255) ccTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTa < 1:714812/100‑1 (MQ=255) ccTTTGTCAACATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTa > 1:952897/1‑100 (MQ=255) cTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTaa > 1:2495338/1‑100 (MQ=255) cTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTaa < 2:730162/100‑1 (MQ=255) ttGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAatt > 2:397356/1‑100 (MQ=255) tctCAGCATAAACTAGCAGCATAATGGTCCGGATAATTCCCTAACATCAAGGCTATTATGTTAGACA‑TTTTCATTCCCTAATTTTTTAATTTTGTAatta < 2:245510/98‑1 (MQ=255) tGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACA‑TTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAatta < 2:53042/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |