| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,530,076:1 | (A)7→8 | 100% | coding (155/483 nt) | ydcD → | putative immunity protein for RhsE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,530,069 | 1 | . | A | 93.6% | 355.0 / 16.9 | 109 | coding (148/483 nt) | ydcD | putative immunity protein for RhsE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/3); new base A (52/50); total (56/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑G‑‑AAAA‑AAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGACGC > NC_000913/1529970‑1530162 | tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTGTTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑g < 2:1418266/100‑1 (MQ=255)tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑g > 2:2429154/1‑100 (MQ=255)tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑g < 1:606764/100‑1 (MQ=255) gTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑G‑‑a < 2:111113/100‑1 (MQ=255) gTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑G‑‑a < 1:1260427/100‑1 (MQ=255) tttATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCT‑G‑‑aa > 1:1518616/1‑100 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |