| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,712,306:1 | (T)7→8 | 100% | intergenic (+148/‑463) | nth → / → dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,712,299 | 1 | . | T | 96.9% | 209.3 / ‑0.1 | 64 | intergenic (+141/‑470) | nth/dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base T (29/33); total (30/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
CCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TG‑‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTT > NC_000913/1712204‑1712393 | ccTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TG‑‑tttt > 2:2119518/1‑100 (MQ=255) ctctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGATAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TG‑‑tttt‑t > 2:1639371/1‑100 (MQ=255) tctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TG‑‑tttt‑tt < 2:2378140/100‑1 (MQ=255) ctTTTAAAACATCTTTTTAACGTGAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TG‑‑tttt‑ttt > 2:2530563/1‑100 (MQ=255) ctTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TG‑‑tttt‑ttt > 2:1837081/1‑100 (MQ=255) ttttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TG‑‑tttt‑tttt < 1:1090108/100‑2 (MQ=255) ttttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TG‑‑tttt‑tttt > 1:338908/1‑99 (MQ=255) tttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TG‑‑tttt‑tttta > 1:1896025/1‑98 (MQ=255) tttAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TG‑‑tttt‑tttta > 1:1721402/1‑98 (MQ=255) tAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TG‑‑tttt‑ttttaat < 2:826500/100‑5 (MQ=255) tAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTGAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TG‑‑tttt‑ttttaat < 2:608239/100‑5 (MQ=255) aaaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TG‑‑tttt‑ttttaata > 2:1331300/1‑95 (MQ=255) aaaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TG‑‑tttt‑ttttaata > 1:59091/1‑95 (MQ=255) aaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAg > 2:1733609/1‑100 (MQ=255) aaaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAg < 2:842377/100‑1 (MQ=255) aaaCATCTTTTTAACGGCAATGATGCCATTACTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAg < 1:1679014/100‑1 (MQ=255) aaCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGc < 2:2045869/100‑1 (MQ=255) aCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCg < 1:2503789/100‑1 (MQ=255) aCATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCg < 1:643641/100‑1 (MQ=255) ctgtttAACGTCAATGATGCAATTGCATAGAATTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGAATAACCAAAAATGCAGGTAAATGAC‑‑TTTT‑TTTAATAACGaca > 2:245538/4‑97 (MQ=255) ttAACGTTAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGTGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTc < 2:745857/100‑1 (MQ=255) ttAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTc < 1:1437104/100‑1 (MQ=255) tAACGTTAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGTTTTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTc < 1:2070972/100‑1 (MQ=255) cGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTatt > 1:1612116/1‑100 (MQ=255) gTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTattc > 1:2077321/1‑100 (MQ=255) tCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCTAAATTTTCTattta > 2:1183194/1‑98 (MQ=255) atgatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTattcattc > 1:217492/1‑100 (MQ=255) atgatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTattcattc < 2:2519314/100‑1 (MQ=255) tgatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCg > 1:802372/1‑100 (MQ=255) tgatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCg < 1:102078/100‑1 (MQ=255) tgatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAAGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCg < 1:1839651/100‑1 (MQ=255) gatgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCTGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGt < 2:960003/100‑1 (MQ=255) atgCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTg < 1:544814/100‑1 (MQ=255) cATTGCTTAGCGTTATCATGAGTTAATCCGTTTGCTGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGAt < 2:1791569/98‑1 (MQ=255) aTTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGAGAAAAAAAAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATc < 2:829472/98‑1 (MQ=255) gCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCaa > 2:698095/1‑97 (MQ=255) ttAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCa < 1:550111/100‑1 (MQ=255) tAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCAc > 2:2029204/1‑100 (MQ=255) gCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGa > 1:970939/1‑100 (MQ=255) gTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATg > 1:118754/1‑100 (MQ=255) ttATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGc < 1:1817269/100‑1 (MQ=255) ttATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGc < 1:1178432/100‑1 (MQ=255) ttATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTCTCTATTCAATCGTGATCTTGATCACGaatg < 1:640179/100‑4 (MQ=255) ttATCATAAGGTAATCCCTTTGCGGATTACCAAAAATGCAGTTTAAT‑TA‑‑TTTTGCTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCTTGATCACGaat < 2:2110655/99‑3 (MQ=255) atcatcAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAAATTTATATTCATTCGTGATCAATATCACGATGCt > 2:1861021/1‑99 (MQ=255) atcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAATATCACGATGCTGt > 2:2043953/1‑98 (MQ=255) tcaGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATGACGATGCTGTCGc > 2:755985/1‑100 (MQ=255) caGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCa > 1:2211280/1‑100 (MQ=255) caGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCa > 1:1720376/1‑100 (MQ=255) gTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATg < 1:2081177/100‑1 (MQ=255) aaTCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTa > 1:1710744/1‑100 (MQ=255) aTCCGTTTGCAGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTaa < 2:1064/100‑1 (MQ=255) gcaaacGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAAc < 2:236415/95‑1 (MQ=255) gTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAAc < 2:1877300/100‑1 (MQ=255) tttGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACa > 1:150676/1‑100 (MQ=255) tGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACAtt > 1:1622298/1‑100 (MQ=255) ggATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACAATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGc < 1:456150/99‑1 (MQ=255) gATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGc > 2:2211145/1‑98 (MQ=255) tAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGa < 1:1442172/100‑1 (MQ=255) aaCCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTAGTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGaa > 2:346039/1‑100 (MQ=255) aCCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGatt > 1:1322125/1‑98 (MQ=255) aCCAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAAt > 1:1036827/1‑100 (MQ=255) cAAAAATGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCa > 2:1005472/1‑100 (MQ=255) aaaaTGCAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTAATCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAgg < 2:2185819/100‑1 (MQ=255) cAGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTaaaa < 1:1019918/100‑1 (MQ=255) aGGTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAAt < 2:2238798/100‑1 (MQ=255) ggTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAAt < 2:827406/99‑1 (MQ=255) ggTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATc < 1:274433/100‑1 (MQ=255) ggTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATc > 1:2356259/1‑100 (MQ=255) ggTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATc > 1:596475/1‑100 (MQ=255) ggTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATc < 1:2381797/100‑1 (MQ=255) ggTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATc > 1:487282/1‑100 (MQ=255) gTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCa > 1:2031688/1‑100 (MQ=255) gTTAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCa > 1:632648/1‑100 (MQ=255) ttAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAt < 2:2530552/100‑1 (MQ=255) tAAT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAtt > 1:590294/1‑100 (MQ=255) aaT‑TGT‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCAttt < 2:217490/100‑1 (MQ=255) | CCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAAT‑TG‑‑TTTT‑TTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTT > NC_000913/1712204‑1712393 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |