| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,469,656:1 | (T)7→8 | 100% | coding (526/1332 nt) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,469,649 | 1 | . | T | 93.2% | 232.3 / 9.7 | 74 | coding (519/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/4); new base T (28/41); total (29/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACA > NC_000913/2469552‑2469743 | tGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tt > 1:685300/1‑100 (MQ=255) gTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATTTAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttt > 2:1161305/1‑100 (MQ=255) gTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttt > 2:2511045/1‑100 (MQ=255) gTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttt > 2:1645466/1‑100 (MQ=255) gTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑ttt > 2:1872128/1‑100 (MQ=255) ttGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑t < 2:1814675/100‑1 (MQ=255) gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑t‑t‑t > 1:1927607/1‑100 (MQ=255) gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑t‑t‑t < 1:1667266/100‑1 (MQ=255) gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑t‑t‑t < 1:1432805/100‑1 (MQ=255) gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑t‑t‑t > 2:2411662/1‑100 (MQ=255) gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑t‑t‑t < 2:906350/100‑1 (MQ=255) gCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑t‑t > 2:2411746/1‑99 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑t‑t‑tt > 1:434243/1‑99 (MQ=255) catcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑t‑t‑tn < 2:423971/100‑2 (MQ=255) tcatTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑t‑t‑ttcg > 1:911270/1‑97 (MQ=255) catTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑t‑t‑ttcgt > 1:1764876/1‑96 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑t‑t‑ttcgtt < 1:2355183/100‑6 (MQ=255) atTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑t‑t‑ttcgtt < 1:1856882/100‑6 (MQ=255) ttCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTg < 1:720947/100‑1 (MQ=255) tCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGc > 1:571312/1‑100 (MQ=255) tATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCta < 1:889947/100‑1 (MQ=255) aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCtaa < 1:1226396/100‑1 (MQ=255) aTCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑tttt‑t‑t‑tttttttttt > 2:1468816/1‑90 (MQ=255) tCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCtaat < 1:749798/100‑1 (MQ=255) cAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCtaata < 2:31072/100‑1 (MQ=255) cAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCtaata > 1:1465793/1‑100 (MQ=255) aaGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTTGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCtaataa < 2:878876/100‑1 (MQ=255) agagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTaataat < 1:1485309/100‑1 (MQ=255) gagCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAataata < 1:396674/100‑1 (MQ=255) agCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCTTTGCTaataatct < 1:1740875/100‑3 (MQ=255) gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATc < 1:265098/100‑1 (MQ=255) gCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATGCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATc < 1:99755/100‑1 (MQ=255) cAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCt < 1:1801008/100‑1 (MQ=255) aTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACt < 1:993031/100‑1 (MQ=255) aTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACt < 1:1481837/100‑1 (MQ=255) aTAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACt < 1:878646/100‑1 (MQ=255) aGTTGTAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGc < 1:1820946/100‑1 (MQ=255) aGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGTTTTATTCATTAACTTGCAAAAACAATTAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑TGT‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGc < 2:412196/100‑1 (MQ=255) taATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTaaaa < 2:499144/100‑1 (MQ=255) aTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TTTTTTTTTTTAATATCTACTCCTAAAAAt > 2:1914549/1‑100 (MQ=255) aTTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAAt < 1:988532/100‑1 (MQ=255) ttttCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATc < 1:1262401/100‑1 (MQ=255) tccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAt < 1:1872142/100‑1 (MQ=255) tccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAt < 1:495939/100‑1 (MQ=255) ccttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAtt < 1:2236038/100‑1 (MQ=255) cttccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAAttt > 1:296110/1‑100 (MQ=255) tccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTTCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtat > 2:1865490/1‑100 (MQ=255) tccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtat > 2:1165358/1‑100 (MQ=255) ccATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTtata < 1:1625832/100‑1 (MQ=255) aTTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATAtt < 1:1120463/100‑1 (MQ=255) ttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcc < 2:1089953/100‑1 (MQ=255) ttGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAAcc > 1:931235/1‑100 (MQ=255) gtgtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCa > 1:2439755/1‑100 (MQ=255) gtgtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCAc < 1:1310227/100‑1 (MQ=255) tgtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCAc < 2:2044858/100‑1 (MQ=255) tgtATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCAc < 2:2044925/100‑1 (MQ=255) gtATTCATTAACATTCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑T‑TATCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACt < 2:1259511/100‑1 (MQ=255) tATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTa < 1:1207701/100‑1 (MQ=255) aTTCATTAACATGTAAAAACAATAAATCTCTGCTTTTGGTATTTTT‑T‑T‑TCGTTTCTTATAATATGTACTGTTATAAATCAATTTATATTAAcctacct > 2:1579274/1‑93 (MQ=255) tCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATa < 2:2544398/100‑1 (MQ=255) tCATTAACATGCAAAAACAATAAACCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATa > 1:2264546/1‑100 (MQ=255) cATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAg > 2:2532927/1‑100 (MQ=255) 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aaaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatat < 1:1991854/100‑1 (MQ=255) aaaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatat > 1:1433104/1‑100 (MQ=255) aaaaaCAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatat > 1:642342/1‑100 (MQ=255) aaCAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatattat < 2:1122865/100‑1 (MQ=255) cAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatattatat > 1:2230252/1‑100 (MQ=255) aaTAAATCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTACTTGTGTATTCatattatctt > 1:852710/1‑100 (MQ=255) aaTCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTTACCCTACTAATAGTGTATTAATATTATAtttttt > 2:1466924/1‑100 (MQ=255) aTCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttttttt < 2:1536674/100‑1 (MQ=255) tCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttt < 2:1259189/100‑1 (MQ=255) tCTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttt > 1:1151454/1‑100 (MQ=255) cTATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTg < 1:2147632/100‑1 (MQ=255) tATGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TTTTTTTTAATAATAAATACTGCTAAAAATCAATTTTTTTTTACCTCATTAATAGTTTATTCATTTTATAttttttttt > 2:1482155/1‑98 (MQ=255) aTGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGAt < 2:1866967/100‑1 (MQ=255) tGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATa < 2:718482/100‑1 (MQ=255) tGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATa < 1:2511060/100‑1 (MQ=255) tGCTTTTGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGATAATAATATCTACTGTTAAAAATCAATTTATATTAACCTCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATa < 2:443720/100‑1 (MQ=255) tGCTATTTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGAcaca > 1:344268/1‑100 (MQ=255) | TGTTTGCATCATTCTATCAAGAGCAAATAGTTATAATTTTCCTTCCATTTTTGGTGTATTCATTAACATGCAAAAACAATAAATCTATGCTTTTGCTA‑TTTT‑T‑T‑TCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACA > NC_000913/2469552‑2469743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |