| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,235,689:1 | +A | 100% | intergenic (+282/‑217) | pgi → / → yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,235,685 | 1 | . | A | 94.4% | 338.1 / 12.2 | 107 | intergenic (+278/‑221) | pgi/yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/4); new base A (50/51); total (52/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATTCCA > NC_000913/4235586‑4235782 | cGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑g‑g > 1:1658953/1‑100 (MQ=255) cATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑aaa > 1:1034506/1‑100 (MQ=255) cATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑aaa > 1:709628/1‑100 (MQ=255) ttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑aaaaat > 1:2442454/1‑98 (MQ=255) ttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑aaaaat < 1:2330854/100‑3 (MQ=255) tttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑aaaaata > 1:1576225/1‑97 (MQ=255) aTCAGATAAAGCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCa < 2:2179737/99‑1 (MQ=255) cAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGAt > 2:348919/1‑100 (MQ=255) cAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGAt > 1:2144984/1‑100 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGAtt < 1:1428865/100‑1 (MQ=255) aaaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAAtt < 1:1345636/100‑1 (MQ=255) aaaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATAACGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAAtt < 1:2288091/100‑1 (MQ=255) aaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTg > 1:1362929/1‑100 (MQ=255) 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tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatt > 2:2551900/1‑100 (MQ=255) agttAAGGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATGGTTGTTTAAAAA‑A‑AAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttt < 2:53362/98‑1 (MQ=255) tttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttta > 2:6570/1‑100 (MQ=255) tttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatttta < 1:1776337/100‑1 (MQ=255) ttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAGTCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTaa > 1:1559878/1‑100 (MQ=255) aaCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACTCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTaatt < 1:1726491/100‑3 (MQ=255) aaCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGt < 1:50359/100‑1 (MQ=255) aCGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGtt < 1:723924/100‑1 (MQ=255) ggAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTa > 2:1366008/1‑100 (MQ=255) ggAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTa > 1:1453802/1‑100 (MQ=255) ggAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTa > 1:1980195/1‑100 (MQ=255) gAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTAt < 2:1811473/100‑1 (MQ=255) gAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTAt < 1:1567570/100‑1 (MQ=255) aaTCATACTGTGTTGTTAATCCTCAAAGAGATTTTTCATCGTTGTTTATTTC‑C‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTCTTATTTTAAGTTTATg < 2:1520439/99‑1 (MQ=255) aaTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGa < 1:1404491/100‑1 (MQ=255) aaTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGa > 1:120618/1‑100 (MQ=255) aaTCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGa < 1:766230/100‑1 (MQ=255) tCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAtt > 2:1383351/1‑100 (MQ=255) aTACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAtttt > 1:1936352/1‑100 (MQ=255) aTACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGATTTTGTTTTTCTTTTAAGTTCATGAttt > 2:2493214/1‑99 (MQ=255) tACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGAttttt > 1:1447256/1‑100 (MQ=255) 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> 1:1524431/1‑100 (MQ=255) ttATTTA‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATatt < 1:18608/100‑1 (MQ=255) tATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTTCAACTTATAtttaaataac < 1:2339727/100‑8 (MQ=37) tATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattc < 1:1554091/100‑1 (MQ=255) tATTTC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATatt > 2:2196920/1‑99 (MQ=255) tttC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcat > 1:804784/1‑100 (MQ=255) tttC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcat < 2:780204/100‑1 (MQ=255) ttC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcatt > 1:333320/1‑100 (MQ=255) ttC‑G‑GAAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcatt > 1:1282840/1‑100 (MQ=255) c‑G‑G‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATTCCa > 1:1296318/1‑100 (MQ=255) | CGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑G‑G‑AAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATTCCA > NC_000913/4235586‑4235782 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |