| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,399,677 | C→T | 100% | intergenic (‑151/+44) | fnr ← / ← ogt | oxygen‑sensing anaerobic growth regulon transcriptional regulator FNR; autorepressor/O‑6‑alkylguanine‑DNA:cysteine‑protein methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,399,677 | 0 | C | T | 99.0% | 316.0 / ‑4.4 | 94 | intergenic (‑151/+44) | fnr/ogt | oxygen‑sensing anaerobic growth regulon transcriptional regulator FNR; autorepressor/O‑6‑alkylguanine‑DNA:cysteine‑protein methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (49/44); total (50/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 | |||||||||||
AAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATAACCTTCATGGCGCAATAACCACTCTTTTCGCTGAACTC > NC_000913/1399582‑1399773 | aagtaagtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTa < 1:2550095/100‑1 (MQ=255) agtaagtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTAc < 1:24294/100‑1 (MQ=255) agtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTACATaa > 1:1072906/1‑100 (MQ=255) gtCTAAGCAAAACTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTACATaaa > 1:1512421/1‑100 (MQ=255) tCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTACATaaaa > 2:2504618/1‑100 (MQ=255) cTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAATTTTACATAAAAg < 1:2005159/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |