| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,493,645 | G→A | 100% | intergenic (‑391/+122) | frc ← / ← yfdX | formyl‑CoA transferase, NAD(P)‑binding/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,493,645 | 0 | G | A | 89.3% | 287.4 / 22.5 | 112 | intergenic (‑391/+122) | frc/yfdX | formyl‑CoA transferase, NAD(P)‑binding/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/3); new base A (48/52); total (57/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TATGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGTTAAATCC > NC_000913/2493548‑2493739 | ttatggtACGCTTTAAAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTATGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGc > 2:23156/7‑99 (MQ=255) aTGAATACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGa < 2:413672/100‑1 (MQ=255) tGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAg > 2:1052088/1‑100 (MQ=255) tGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGAg > 2:1125223/1‑100 (MQ=255) tGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGAg < 1:641184/100‑1 (MQ=255) tGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGAg < 1:1127202/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |