| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,532,268 | T→C | 15.1% | intergenic (+44/‑141) | cysZ → / → cysK | sulfate transporter, sulfite inhibited/cysteine synthase A, O‑acetylserine sulfhydrolase A subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,532,268 | 0 | T | C | 15.1% | 242.0 / 32.7 | 105 | intergenic (+44/‑141) | cysZ/cysK | sulfate transporter, sulfite inhibited/cysteine synthase A, O‑acetylserine sulfhydrolase A subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/49); new base C (4/12); total (44/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
CGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTAT > NC_000913/2532170‑2532366 | cgcgACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTg < 1:521993/100‑1 (MQ=255)cgcgACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTg > 2:405273/1‑100 (MQ=255) gACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCt > 1:291507/1‑100 (MQ=255) gACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCt < 1:1217375/100‑1 (MQ=255) gACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCt < 1:1848252/100‑1 (MQ=255) cGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTa > 2:2123577/1‑100 (MQ=255) 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aTGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATTCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTccc < 1:1809705/100‑1 (MQ=255) aTGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTccc < 1:2454403/100‑1 (MQ=255) tgtgGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCt > 1:1242770/1‑100 (MQ=255) ggCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCt > 2:1913973/1‑100 (MQ=255) ggCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCt > 2:135375/1‑100 (MQ=255) gcttgaaCAATCTACCGGTTATTTTGTACACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTg < 2:1620239/95‑1 (MQ=255) ggTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGta < 2:2076880/100‑1 (MQ=255) aaCAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGCTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGtatat < 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ggTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTGCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTa < 2:2518059/100‑1 (MQ=255) gTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTAt < 2:2227929/100‑1 (MQ=255) gTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCCTCTGTATATAGATATGCCAAATCCTTACTTCCGCACATTCTCTGAGCGCGTa < 2:2040726/99‑1 (MQ=255) tGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTa < 2:1728923/98‑1 (MQ=255) | CGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTAT > NC_000913/2532170‑2532366 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |