| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,202,686 | C→T | 15.4% | L266F (CTC→TTC) | cca → | fused tRNA nucleotidyl transferase/2'3'‑cyclic phosphodiesterase/2'nucleotidase and phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,202,686 | 0 | C | T | 15.4% | 277.9 / 37.7 | 119 | L266F (CTC→TTC) | cca | fused tRNA nucleotidyl transferase/2'3'‑cyclic phosphodiesterase/2'nucleotidase and phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/48); new base T (8/10); total (60/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATGCCAGCGTCTGCGCGTGCCAAATGAAATTCGCGATTTAGCCA > NC_000913/3202588‑3202785 | tAATGTCGCTCTCAATGGCGGCGATCCTGAGTCTGCAGGTCGATGTCCGTTTCGGAACTTTATGCCACGATCTCGGTAATGGGCTGCCGCCGCCAGAAct > 2:1091243/1‑100 (MQ=255) aaTGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAAct > 1:530174/1‑99 (MQ=255) tGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTg > 2:1306727/1‑100 (MQ=255) gACGCTCTCAATGGCGGCGTTGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTg < 2:670612/99‑1 (MQ=255) gACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTgg > 1:2027482/1‑100 (MQ=255) gACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTgg < 1:896029/100‑1 (MQ=255) aCGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGc > 1:1064918/1‑100 (MQ=255) aCGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGc > 2:2432667/1‑100 (MQ=255) gCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCcg < 2:530167/100‑1 (MQ=255) tctcAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCcgcg < 1:2177065/100‑1 (MQ=255) tcAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAATGGGCTGACGCCGCCAGACCTCTGGCCGCGtc < 1:1727115/100‑1 (MQ=255) tcAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCGGCCAGAGTTCTGGCGGCGtc < 1:1255341/100‑1 (MQ=38) cAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGtca > 1:1017811/1‑100 (MQ=255) aaTGGCGGTCATGCTGAGTCCGCAGGACGATGTCCGTTGCGCACCTTTATGCCACGATCTCGGTGAACGGCTGACGCGGCCAGAGTTCTGGCGGCGtc < 2:1682537/98‑1 (MQ=25) aaTGGCGGCGATGCTGCGGCCGGAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCGGCCAGAGTTCTGGCGGCGtc < 2:687565/98‑1 (MQ=37) aaTGGCGACGATGCTGAGCCCGCAGGTCTATGTCCGTTTCCCAACTTTATGCCACGACCTCGGTAAAGGGCTGACGCGGCCAGAGTTCTGGCGGCGtc < 2:619089/98‑1 (MQ=25) aTGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCGGCCAGAGTTCTGGCGGCGtcagc < 1:1904679/100‑3 (MQ=38) aTGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGtcatc > 2:2534444/1‑100 (MQ=255) tGGCGGCGGTGCTTAGTCCGCATGTCGATGGCCGTTCCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCGGCCAGAGTTCTGGCGGCGtc < 2:1047652/96‑1 (MQ=25) tGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCGGCCAGAGTTCTGGCGGCGtc < 1:1178336/96‑1 (MQ=38) ggcggcGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTcatcat > 1:1145816/1‑100 (MQ=255) ggcggcGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTcatcat > 1:938545/1‑100 (MQ=255) gcggcgATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCAtcatg > 2:2068222/1‑100 (MQ=255) cggcgATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCAtcatgg > 2:323110/1‑100 (MQ=255) cggcgATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCAtcatgg > 2:626483/1‑100 (MQ=255) cggcgATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCAtcatgg > 1:2505969/1‑100 (MQ=255) ggcgATGCTGAGTCCGCAGGTCGACGTCCGTTTCGGAACTTGAGGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTcatcat < 1:682874/97‑1 (MQ=255) gcgATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCAtcatggtc > 2:2510513/1‑100 (MQ=255) cggtGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTGTATGCCACGATCTCGGCATGGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGACCGCGTCAccatggtc > 2:2172380/4‑99 (MQ=255) gATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCAtcatggtcat > 2:1557266/1‑100 (MQ=255) gATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCAtcatggtc < 2:1540645/98‑1 (MQ=255) cTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGcc > 1:1793422/1‑100 (MQ=255) gTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCcggc > 2:456192/1‑100 (MQ=255) ccGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCcggcgg > 2:1474250/1‑100 (MQ=255) ccGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCcggcg > 2:1188508/1‑99 (MQ=255) cGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCggg < 1:147270/100‑1 (MQ=255) gCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGgt < 1:805314/100‑1 (MQ=255) cAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGgtg > 1:1696107/1‑100 (MQ=255) cAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGgtg < 2:1407613/100‑1 (MQ=255) ggTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTAGGTAGAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTGATCATGCTCATGGCCCGGCGGgtgt > 2:2456883/1‑99 (MQ=255) ggTCGATGTCCGGTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGgtgt < 2:1482146/99‑1 (MQ=255) gTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTa < 1:1066100/100‑1 (MQ=255) gTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTa < 1:1762546/100‑1 (MQ=255) gTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTa < 1:2203649/100‑1 (MQ=255) cGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAg < 2:768693/100‑1 (MQ=255) gATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGt < 2:2168183/100‑1 (MQ=255) aTGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGtt < 1:1273495/100‑1 (MQ=255) cGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTgg < 2:2074889/100‑1 (MQ=255) cGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTgg < 1:237818/100‑1 (MQ=255) cGTTGCGCACCTTTATGCCCCGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACGCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGt < 2:1211475/98‑1 (MQ=255) tCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGaaca > 2:1285286/1‑100 (MQ=255) tCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGaaca > 1:1758900/1‑100 (MQ=255) cGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGaacaa > 1:414572/1‑100 (MQ=255) cGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGaacaa > 2:409149/1‑100 (MQ=255) cGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGaacaa > 1:2457308/1‑100 (MQ=255) cGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGaacaa > 1:2361281/1‑100 (MQ=255) cGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGaaca < 2:643714/99‑1 (MQ=255) gCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGaacaa > 1:169281/1‑99 (MQ=255) aaCTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTa < 2:2381121/100‑1 (MQ=255) cTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATg < 2:1045777/100‑1 (MQ=255) ttATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTCGTGGAACAACTATGc > 2:390613/1‑99 (MQ=255) ttATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATGcc < 1:1161557/100‑1 (MQ=255) aTGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATGCCAg < 1:1090368/100‑1 (MQ=255) tGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGCTAGTGGAACAACTATGCCAg > 2:2286534/1‑99 (MQ=255) ccACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATGCCAGCGt > 2:1966098/1‑100 (MQ=255) ccACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATGCCAGCGt > 2:1597498/1‑100 (MQ=255) ccACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATGCCAGCGt > 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(MQ=255) ggggTGACGCCGGCAGAACTCTGGCCGCTTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATGCCAGCGTCTGCGTGTGCCAAATg < 2:2383938/100‑1 (MQ=255) tgatGACGCGGCCAGAGTTCTGGCGGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATGCCAGCGTCTGCGCGTGCCAAATGa > 1:1056763/4‑100 (MQ=37) gCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATGCCAGCGTCTGCGCGTGCCAAATGaa < 1:1605074/100‑1 (MQ=255) cTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATGCCAGCGTCTGCGCGTGCCAAATGaaa < 2:1063443/100‑1 (MQ=255) tGACGCGGCCAGAGTTCTGGCGGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATGCCAGCGTCTGCGCGTGCCAAATGAAAt > 1:1604251/1‑100 (MQ=38) cgcggcCAGAGTTCTGGCGGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATGCCAGCGTCTGCGCGTGCCAAATGAAATTcg > 2:219805/1‑100 (MQ=255) cgcggcCAGAGTTCTGGCGGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATGCCAGCGTCTGCGCGTGCCAAATGAAATTcg > 1:970883/1‑100 (MQ=255) 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2:1329180/1‑99 (MQ=255) gccAGAAGTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGTCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAAAAGCTGTGCCAGCGTCTGCGCGTGCGACATGAAATTc < 2:1247226/95‑1 (MQ=255) gccAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATGCCAGCGTCTGCGCGTGCCAAATGAAATTCGCGAt > 1:2140593/1‑100 (MQ=255) aCTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATGCCAGCGTCTGCGCGTGCCAAATGAAATTCGCGATTTAGcc < 2:1064910/100‑1 (MQ=255) | TAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATGCCAGCGTCTGCGCGTGCCAAATGAAATTCGCGATTTAGCCA > NC_000913/3202588‑3202785 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |