| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,274,238 | C→G | 18.2% | D224H (GAT→CAT) | garP ← | putative (D)‑galactarate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,274,238 | 0 | C | G | 18.2% | 198.6 / 39.7 | 85 | D224H (GAT→CAT) | garP | putative (D)‑galactarate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/42); new base G (11/4); total (38/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.94e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.41e-01 | |||||||||||
AAATACGCCCAGCATCATGCGGTTAGAGAGCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACTTGATCCACAGCGC > NC_000913/3274140‑3274331 | aaaTACGCCCAGCATCATGCGGTTAGAGAGCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCg < 2:1285528/100‑1 (MQ=255) aaTACGCCCAGCATCATGCGGTTAGAGAGCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGa < 2:1231800/100‑1 (MQ=255) aaTACGCCCAGCATCATGCGGTTAGAGAGCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGa < 2:1229943/100‑1 (MQ=255) aaTACGCCCAGCATCATGCGGTTAGAGAGCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGa < 1:1384837/100‑1 (MQ=255) aTACGCCCAGCATCATGCGGTTAGAGAGCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGac < 1:1433583/100‑1 (MQ=255) cAGCATCATGCGGTTAGAGAGCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCGATATGGaccacaaaa < 1:2241225/100‑5 (MQ=255) aGCATCATGCGGTTAGAGAGCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCGATATGGaccacaaaaa < 1:266888/100‑6 (MQ=255) aGCATCATGCGGTTAGAGAGCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCGATATGGaccacaaaaa < 1:1498019/100‑6 (MQ=255) aGCATCATGCGGTTAGAGAGCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCgcgc < 2:1817503/100‑1 (MQ=255) gCATCATGCGGTTAGAGAGCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGcc < 1:152575/100‑1 (MQ=255) gCATCATGCGGTTAGAGAGCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGcc < 2:1068961/100‑1 (MQ=255) atcatGCGGTTAGAGAGCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCAt > 1:706020/1‑100 (MQ=255) tcatGCGGTTAGAGAGCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGcc > 2:1650331/1‑97 (MQ=255) tGCGGTTAGAGAGCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTc < 2:537579/100‑1 (MQ=255) cGGTTAGAGAGCAAGTGCTTGATTTAATGCAGGTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACGGCCCGGCGTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCag < 2:2050067/100‑1 (MQ=255) ggTTAGAGAGCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCaga > 1:823422/1‑100 (MQ=255) gTTAGAGAGCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCagag < 2:338766/100‑1 (MQ=255) ttAGAGAGCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAgaga < 1:424650/100‑1 (MQ=255) tAGAGAGCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGAt > 2:2560244/1‑100 (MQ=255) agagagCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATa > 1:1011896/1‑100 (MQ=255) agagCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATaaa > 1:1945031/1‑100 (MQ=255) agCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACt > 1:1874932/1‑100 (MQ=255) cAATTGCTTGATGTAATGCTGTTTGGGTCCCCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATaaa < 2:514959/96‑1 (MQ=255) aaTTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCa < 2:166478/100‑1 (MQ=255) ttGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTCTCAGAGATAAACTTCAGc < 1:1888990/100‑1 (MQ=255) gCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGctc > 2:1786788/1‑100 (MQ=255) gATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTcc < 1:1167854/100‑1 (MQ=255) aTGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCg > 2:1705389/1‑100 (MQ=255) tGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCGCCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGc < 2:1370740/100‑1 (MQ=255) gTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCa > 1:2126427/1‑100 (MQ=255) gTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCa < 1:677518/100‑1 (MQ=255) tAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGccg > 1:499183/1‑98 (MQ=255) tAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAg < 1:2240069/100‑1 (MQ=255) tAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAg < 1:324500/100‑1 (MQ=255) aTGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGAc < 2:461402/100‑1 (MQ=255) cAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATa < 1:1817235/100‑1 (MQ=255) tGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTgg > 1:99763/1‑100 (MQ=255) gggTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTggg < 1:1719602/100‑1 (MQ=255) ggTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGt > 1:2340928/1‑100 (MQ=255) ggTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCACAGACATACGTGGGt > 1:397719/1‑100 (MQ=255) tCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGa > 2:1924668/1‑100 (MQ=255) ccGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGAt < 1:783191/100‑1 (MQ=255) ccGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGAt < 1:746705/100‑1 (MQ=255) cTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAACCTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGCTCTg > 2:1952619/1‑100 (MQ=255) cTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATc > 2:2210520/1‑98 (MQ=255) tgctgcCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTc < 1:1172144/100‑1 (MQ=255) tgcCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCggg < 1:1416038/100‑1 (MQ=255) tgcCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCggg > 1:1515193/1‑100 (MQ=255) gtcGCACTGCCCGCCTTTTTGTGGTCCATATAGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCggg > 1:1728196/3‑99 (MQ=255) gcCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGt < 2:660978/100‑1 (MQ=255) ccGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGtt > 1:1650923/1‑100 (MQ=255) cccACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTa < 2:318928/98‑1 (MQ=255) cGCACTGCCCCGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCCCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTa < 2:1765879/100‑1 (MQ=255) gcccTGCCCGGTTTGTTGTCGGCCATAGCGTCCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCGTCCGCAGACATACGTTGGTGAt < 2:2324860/85‑1 (MQ=255) cTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGaa < 1:890428/100‑1 (MQ=255) cTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGaa < 1:2501425/100‑1 (MQ=255) cccgCTTTTGATGGTCAATCTCCACCTCCGCGCCATTTTTAGGGGTATACTTCGGCGGGTACGCAGAAATGCGTGGGTGATCTGTCGGGt < 2:2458258/87‑1 (MQ=255) ccGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCaa > 1:365298/1‑100 (MQ=255) ccGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCaa < 1:167295/100‑1 (MQ=255) ggCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACt < 1:1536394/100‑1 (MQ=255) atggcgcggtgGTCGATATGGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACt > 2:1470003/9‑100 (MQ=38) atggcgcggtgGTCGATATGGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACt > 1:1256649/9‑100 (MQ=38) gCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACtt < 1:1180012/100‑1 (MQ=255) gCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACtt > 1:680386/1‑100 (MQ=255) ggcgcggtgGTCGATATGGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACTTg > 2:1739079/7‑100 (MQ=255) tttttGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATCTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGAACTGTCGGGTTATGAATCAACt > 2:1069330/1‑97 (MQ=255) cgcggtgGTCGATATGGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACTTGAt > 1:1956354/5‑100 (MQ=255) cgcggtgGTCGATATGGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACTTGAt > 1:585881/5‑100 (MQ=255) cgcggtgGTCGATATGGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACTTGAt > 2:1185589/5‑100 (MQ=255) cgcggtgGTCGATATGGAACACCGAGCCATTTTCAGAGATACACGTCAGGTCTTCCGGAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACTAGa > 2:1669769/5‑99 (MQ=255) tttGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACTTGATc < 1:1786801/100‑1 (MQ=255) tttGTGGTATATATACGCAACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTAAGCTCTTTCGCACTAATAGTTGGGTGATCTGTGCCGTTGTTAATCACCCTGAt < 2:618301/99‑1 (MQ=255) gcggtgGTCGATATGGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCGGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACTTGATc > 1:2192299/4‑100 (MQ=255) gcggtgGTCGATATGGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACTTGATc > 1:196783/4‑100 (MQ=255) ttGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACTTGATcc < 1:1504917/100‑1 (MQ=255) cggtgGTCGATATGGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACTTGATcc > 1:598849/3‑100 (MQ=255) gtgGTCGATATGGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACTTGATCcac < 1:1470014/100‑1 (MQ=255) tgGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACTTGATCcaca < 1:1227397/100‑1 (MQ=255) ggTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACTTGATCCACAg < 1:2558040/100‑1 (MQ=255) gTCCATATCGACCACCGCGCCAATTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGCTATGAATCAACTTGATCCACAgc > 2:998076/1‑100 (MQ=255) tCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACTTGATCCACAgcg > 2:359993/1‑100 (MQ=255) tCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACTTGATCCACAgcg > 2:2185111/1‑100 (MQ=255) tCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACTTGAGCcaca < 1:1087526/97‑1 (MQ=255) cgatatGGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACTTGATCCACAgcgc > 2:119143/3‑100 (MQ=255) ccATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACTTGATCCACAgcgc > 1:770491/1‑100 (MQ=255) | AAATACGCCCAGCATCATGCGGTTAGAGAGCAATTGCTTGATGTAATGCAGTTTGGGTCCGCTTGCTGCCGCACTGCCCGGCTTTTTGTGGTCCATATCGACCACCGCGCCATTTTCAGAGATAAACTTCAGCTCTTCCGCAGACATACGTGGGTGATCTGTCGGGTTATGAATCAACTTGATCCACAGCGC > NC_000913/3274140‑3274331 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |