| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,648,042 | T→C | 100% | intergenic (‑254/‑486) | dinQ ← / → arsR | UV‑inducible membrane toxin, DinQ‑AgrB type I toxin‑antitoxin system/arsenical resistance operon transcriptional repressor; autorepressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,648,042 | 0 | T | C | 97.9% | 325.1 / ‑2.5 | 95 | intergenic (‑254/‑486) | dinQ/arsR | UV‑inducible membrane toxin, DinQ‑AgrB type I toxin‑antitoxin system/arsenical resistance operon transcriptional repressor; autorepressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base C (51/42); total (53/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.03e-01 | |||||||||||
TATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGG > NC_000913/3647945‑3648137 | tATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCTGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCAt > 2:1802133/1‑100 (MQ=255) gcgcATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGt < 2:16713/100‑1 (MQ=255) cATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTAtt < 1:864770/100‑1 (MQ=255) aTTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATTATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTa < 1:1800751/100‑1 (MQ=255) aTTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTa < 1:1119076/100‑1 (MQ=255) aTTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTa < 1:1435527/100‑1 (MQ=255) gCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCa > 2:1742011/1‑100 (MQ=255) gCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCa > 1:1218150/1‑100 (MQ=255) ccAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCAt < 2:1416362/100‑1 (MQ=255) ccAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCAt > 2:2466236/1‑100 (MQ=255) ccAGAGGGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCa < 2:2471626/99‑1 (MQ=255) gagTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGa > 1:398929/1‑100 (MQ=255) gagTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGa > 2:2533247/1‑100 (MQ=255) gagTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGGTTCAGCATGGTAGTAGCAGTg > 1:1759329/1‑99 (MQ=255) gagTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGCTTCAGCATGGTATTAGCATTGa > 2:684032/1‑100 (MQ=255) agTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGAt > 1:545656/1‑100 (MQ=255) gTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATg < 1:1055542/100‑1 (MQ=255) gAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCg < 1:39843/100‑1 (MQ=255) gAAAATGCCAAAGAGCTAACTGGATAATCATACGGGACATGTAGGTTATAAAATCAGAGCGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGTTATTAGCATTGATg < 2:2289685/98‑1 (MQ=255) aaTGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTa > 1:2540909/1‑100 (MQ=255) aaTGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTa < 1:1979304/100‑1 (MQ=255) aaTGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTa < 1:1062770/100‑1 (MQ=255) aaTGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTa < 1:1188653/100‑1 (MQ=255) aaTGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTa < 2:2523691/100‑1 (MQ=255) gCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAgat < 2:536954/100‑1 (MQ=255) cAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGatgatg > 2:2006811/1‑100 (MQ=255) agagCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATgg < 1:175841/100‑1 (MQ=255) ncTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTa > 1:1242280/2‑100 (MQ=255) gCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAGACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTa < 2:625833/100‑1 (MQ=255) gCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCCGCACGTCCTTACAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTa > 1:1103781/1‑100 (MQ=255) gCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTa > 2:191797/1‑100 (MQ=255) gCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTa < 2:1447698/100‑1 (MQ=255) gCTAACTGCTTATGCATTCAGTACATGCAGGTTATAACACCATCACGTCCTTGTAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTa < 2:821677/100‑1 (MQ=255) tAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTAtc > 1:2146464/1‑100 (MQ=255) tAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTAtc > 2:507548/1‑100 (MQ=255) tAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTAtc > 1:249809/1‑100 (MQ=255) aaCTGGATAATCCTACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTAtct < 2:677556/100‑1 (MQ=255) aaCTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTAtct > 2:13818/1‑100 (MQ=255) aCTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTAtctc < 1:1027325/100‑1 (MQ=255) tGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCAc > 2:775355/1‑100 (MQ=255) tGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCAc < 2:1065592/100‑1 (MQ=255) tGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCAc < 1:775362/100‑1 (MQ=255) ggATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACt > 2:1906854/1‑100 (MQ=255) aTAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTcc < 1:2533262/100‑1 (MQ=255) aTAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTcc < 1:1630671/100‑1 (MQ=255) aTAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGCTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTcc < 1:684039/100‑1 (MQ=255) tAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCa > 1:2089898/1‑100 (MQ=255) aaTCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAg < 2:1128706/100‑1 (MQ=255) aaTCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAg < 1:941890/100‑1 (MQ=255) aTCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGt > 1:2023868/1‑100 (MQ=255) aTCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGACCTTGCAATAGATTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGt > 2:1455847/1‑100 (MQ=255) cATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCa < 1:1270856/100‑1 (MQ=255) aTACAGTACATGCAGGTTATAAACCCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCag < 1:509445/100‑1 (MQ=255) aTACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCag > 2:2532315/1‑100 (MQ=255) aTACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCag > 2:1519885/1‑100 (MQ=255) tACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCaga > 1:437879/1‑100 (MQ=255) cAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGc > 1:1182300/1‑100 (MQ=255) aGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGcc < 1:1363275/100‑1 (MQ=255) aCATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGccacc > 1:821600/1‑100 (MQ=255) cATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGccacca > 1:2101443/1‑100 (MQ=255) cATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGccacca > 1:2204741/1‑100 (MQ=255) cATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGccacca > 1:998922/1‑100 (MQ=255) tGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAAc > 1:10114/1‑100 (MQ=255) tGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAAc < 1:2398402/100‑1 (MQ=255) tGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAAc > 1:2329069/1‑100 (MQ=255) gCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACt < 2:1906758/100‑1 (MQ=255) 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2:1208356/1‑100 (MQ=255) taAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATATCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTg > 1:1550129/1‑100 (MQ=255) aaaCCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGa < 1:1391440/100‑1 (MQ=255) aCCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGaaa > 2:918272/1‑100 (MQ=255) ccAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAg < 1:162753/100‑1 (MQ=255) ccAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAg < 1:1742023/100‑1 (MQ=255) aGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTa < 2:545649/100‑1 (MQ=255) ccTTGCACTAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAAcc > 1:1344809/1‑100 (MQ=255) ccTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAAcc > 1:1213714/1‑100 (MQ=255) cTTGGAAGAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCAATCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCg < 2:1335629/100‑1 (MQ=37) cTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCg > 2:622871/1‑100 (MQ=255) cTTGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCg > 2:626227/1‑100 (MQ=255) tGCAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGAc < 1:2315081/100‑1 (MQ=255) cAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGc > 1:380777/1‑100 (MQ=255) cAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGc > 2:1827962/1‑100 (MQ=255) cAATAGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGc > 1:1455737/1‑100 (MQ=255) aGTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCa > 2:1003255/1‑97 (MQ=255) gTTTCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGt > 1:1694863/1‑100 (MQ=255) tttCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTc > 1:1053060/1‑100 (MQ=255) ttCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCg > 2:159345/1‑100 (MQ=255) tCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCgg < 1:2197384/100‑1 (MQ=255) tCAGCATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGACACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCgg > 2:1894979/1‑100 (MQ=255) | TATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGG > NC_000913/3647945‑3648137 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |