| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,790,300 | A→T | 15.7% | intergenic (‑219/+20) | waaH ← / ← tdh | LPS(HepIII)‑glucuronic acid glycosyltransferase/L‑threonine 3‑dehydrogenase, NAD(P)‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,790,300 | 0 | A | T | 15.7% | 273.4 / 45.0 | 115 | intergenic (‑219/+20) | waaH/tdh | LPS(HepIII)‑glucuronic acid glycosyltransferase/L‑threonine 3‑dehydrogenase, NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (56/41); new base T (5/13); total (61/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.25e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.98e-02 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATACCAGCCCTTGTTCGTGTTAATCCCAGCTCAGAATAACTTTCCCGGACTGGCCCGAACGCATAGCGTCAAAGCCCTTCTGGAAATCATCGATAGAGA > NC_000913/3790201‑3790399 | tGAGAGCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGa < 1:2046491/100‑1 (MQ=255) agagCAGCTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAAt < 2:323105/100‑1 (MQ=255) agcagcTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAc > 2:904161/1‑100 (MQ=255) gcagcTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCCGATAAAAGGGCTGGAATa > 2:25645/1‑98 (MQ=255) gcagcTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAcc < 2:120423/100‑1 (MQ=255) gcagcTATATAAGAGATCAGCACAATTACGAACTCTTTATTACACTGACAGGATTTTACATATTTAACAGATTATCCTCAGATAAAAGGGCTGGAATAcc > 1:1572808/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |