| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,358,482 | T→A | 100% | I46F (ATC→TTC) | cadA ← | lysine decarboxylase, acid‑inducible |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,358,482 | 0 | T | A | 96.6% | 290.0 / 0.5 | 90 | I46F (ATC→TTC) | cadA | lysine decarboxylase, acid‑inducible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/3); new base A (42/44); total (42/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
AGGTTCTCGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAA > NC_000913/4358388‑4358578 | aGGTTCTCGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGtt < 2:2156765/100‑1 (MQ=255)aGGTTCTCGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGtt < 2:828395/100‑1 (MQ=255) gTTCTCGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGtttt < 1:489967/100‑1 (MQ=255) gTTCTCGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGtttt < 1:758268/100‑1 (MQ=255) ttCTCGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTTGAGATTCTATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCAGCAAAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGTTTta > 2:97097/1‑100 (MQ=255) tcGTTCATTTTTCTAATTTCTTCGCACAGCTCTAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGTTTtaata < 2:1159593/100‑1 (MQ=255) tcGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCATAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGTTTtaata < 2:2189741/100‑1 (MQ=255) tcGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGTTTtaata > 1:2443109/1‑100 (MQ=255) cGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGTTTtaataa > 1:1353082/1‑100 (MQ=255) ttCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGGCGCGCATTGTTTTCGAAGAGTTTTAATAAgt < 1:1724052/100‑1 (MQ=255) ttCATTTTAATAATTTCTTCGAACAGCTCTAGATTATAAAAAAAAAAAAAAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGTTTtaata < 2:416258/97‑1 (MQ=255) tCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCTAGTCTAAAATAACGCCGCACACACTCGAATTGTTTTCGAAAAGATTtaat > 2:2336148/1‑95 (MQ=255) tttcTAATGTCTTCGCACAGGTCGAGATTATATTCATTCCGGTCAAAACTAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGGTTTCATAAGTCGTCa < 2:2356359/96‑1 (MQ=255) gCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACgg < 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2:1195724/100‑1 (MQ=255) cacaGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTaaa > 2:1769708/1‑100 (MQ=255) acaGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAAc < 1:713803/100‑1 (MQ=255) gCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAAt > 2:491231/1‑100 (MQ=255) gCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAAt > 1:1249219/1‑100 (MQ=255) gCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAAt > 1:1333235/1‑100 (MQ=255) cTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATc < 2:1521892/100‑1 (MQ=255) tCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCt > 1:313834/1‑100 (MQ=255) 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1:404469/100‑1 (MQ=255) ttATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCTCATTGTTTTCGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAg > 2:2099825/1‑99 (MQ=255) atatTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTc > 1:2333556/1‑100 (MQ=255) tatTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCa > 2:675989/1‑100 (MQ=255) tttATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCAGa < 1:370085/100‑1 (MQ=255) tATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCAGACg > 1:1517021/1‑100 (MQ=255) tATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCAGACg > 2:1606337/1‑100 (MQ=255) tCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCAGACGtt > 1:1261498/1‑100 (MQ=255) 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gTTTTCGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGttcttc > 2:1021748/1‑99 (MQ=255) gTTTTCGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTtcttct < 1:2458311/100‑1 (MQ=255) gTTTTCGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTtcttct < 1:800907/100‑1 (MQ=255) ttttCGAACAGTTTTACTAAGTCGTCCAGGTCGTTTGGGTCAACAATCTGGAAGTTCAGACGGTCAAGCGTGCGTTGAACTTTACGCATGGGTTcttctt > 2:2135946/1‑100 (MQ=255) ttCGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTa > 1:2345877/1‑100 (MQ=255) ttCGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTa < 1:296600/100‑1 (MQ=255) tCGAACAGTTTTCATAAGTCGTAAGGGTCGTTCGGGTGAAACATCTAGAAGTTCAGATGTTAAAGCACGCCATCAAGTTCACGGATGGGTTCTTCGTTac < 2:619162/100‑2 (MQ=255) cGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTaaa < 1:2552401/100‑1 (MQ=255) cGAACAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTaaa > 2:2356178/1‑100 (MQ=255) | AGGTTCTCGTTCATTTTGCTAATTTCTTCGCACAGCTCGAGATTATATTTATCCCAGTCAAAAATAACGCCGCACAGACGCGCATTGTTTTCGATCAGTTTTAATAAGTCGTCACGGTCGTTCGGGTAAACAATCTGGAAGTTCAGACGTTCAAGCGCGCGATGAAGTTCACGGATGGGTTCTTCTTTAAA > NC_000913/4358388‑4358578 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |