| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 532,380 | A→G | 100% | intergenic (‑159/‑71) | allS ← / → allA | allD operon transcriptional activator/ureidoglycolate lyase, releasing urea |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 532,380 | 0 | A | G | 98.5% | 331.4 / ‑4.4 | 104 | intergenic (‑159/‑71) | allS/allA | allD operon transcriptional activator/ureidoglycolate lyase, releasing urea |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base G (48/52); total (51/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTA > NC_000913/532285‑532474 | tttttACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGc < 1:1193950/100‑1 (MQ=255) ttttACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGcc > 1:2216732/1‑100 (MQ=255) ttttACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGcc < 2:140945/100‑1 (MQ=255) ttttACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGcc < 2:133001/100‑1 (MQ=255) ttttACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGcc < 1:230549/100‑1 (MQ=255) tttACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGcc > 2:147162/1‑99 (MQ=255) tttACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCt > 1:514349/1‑100 (MQ=255) ttACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTg < 1:277241/100‑1 (MQ=255) tACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGt < 1:670339/100‑1 (MQ=255) tACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGt < 2:1134475/100‑1 (MQ=255) aCATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGtt < 1:2309275/100‑1 (MQ=255) cATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTa < 1:2470075/100‑1 (MQ=255) cATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTa < 2:1200304/100‑1 (MQ=255) tGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTAtt < 1:533395/100‑1 (MQ=255) gATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTTTTTTTTTTTTCTAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGTTTTTAGGTTGCCTGTTAtt > 2:2381033/1‑99 (MQ=255) gATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTg < 1:594359/100‑1 (MQ=255) gATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTg < 1:1131448/100‑1 (MQ=255) aTAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGa > 1:351477/1‑100 (MQ=255) tAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGaa > 2:817703/1‑100 (MQ=255) tAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGaa > 2:1179804/1‑100 (MQ=255) tAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGCAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGACTGTTATTGaa > 2:1181488/1‑100 (MQ=255) aaCCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCGTGTTAtt > 2:1834354/1‑96 (MQ=255) aCCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAAc < 2:1335510/100‑1 (MQ=255) cccTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAAGTTTTGTATTGATGTTGTTCTATTACGGTTTTAGGTTGCCTGTTTTTGAAAc > 2:1520882/1‑99 (MQ=255) cccTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAAcc > 2:1734286/1‑100 (MQ=255) cccTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAAcc < 1:1507658/100‑1 (MQ=255) cccTGTTCAATTTATGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAGTATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTATTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTTAAAc > 2:1583615/1‑99 (MQ=255) ccTGTTCAATTTGTGGATTAAATATAAATTAAGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCa < 2:1220395/100‑1 (MQ=255) ccTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCa > 2:965347/1‑100 (MQ=255) ccTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCa > 1:971775/1‑100 (MQ=255) gTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTTTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGc < 1:949528/100‑1 (MQ=255) gTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGc < 1:1052116/100‑1 (MQ=255) ttCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCt > 1:1695016/1‑100 (MQ=255) aaTTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGAc < 1:661388/100‑1 (MQ=255) aTTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGAcc < 1:303605/100‑1 (MQ=255) aTTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGAcc < 1:1400123/100‑1 (MQ=255) gtgGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTc > 1:895771/1‑100 (MQ=255) ggACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTcgg > 2:1774196/1‑100 (MQ=255) ggACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTcgg > 2:721802/1‑100 (MQ=255) aCTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTcggcg > 2:1075149/1‑100 (MQ=255) aCTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTcggc > 2:1377135/1‑99 (MQ=255) aaaGCTAGTTTTGGTAGAATATTGCAACTTTTGTATTGATGGTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTAGTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCggtg < 2:883982/100‑1 (MQ=255) aaTCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCggtgg < 1:1446905/100‑1 (MQ=255) aaTCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCggtgg < 1:1447104/100‑1 (MQ=255) aTCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCggtggt < 1:251916/100‑1 (MQ=255) tCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGtt > 2:2057102/1‑100 (MQ=255) cTAGTTTTGGAAAAATAGTCCAACTTTTGTATTTATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGTCGGTGGtt > 2:2172371/1‑99 (MQ=255) gTTTTGGAAAAATATTCCACCTTTTGTATTGATGTAGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTCTTGAAAACAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGaa > 1:522761/1‑99 (MQ=255) gTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAAc > 1:2226743/1‑100 (MQ=255) ttttGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACg > 2:338028/1‑100 (MQ=255) ttttGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATATTGTTCTCTTAATGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAATCCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACg < 2:1735056/100‑1 (MQ=255) ttGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTTAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTTGTTGAACGGa > 2:232609/1‑100 (MQ=255) ggAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAAt < 2:254777/100‑1 (MQ=255) ggAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAAt > 2:375901/1‑100 (MQ=255) gAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAAtt > 1:320057/1‑100 (MQ=255) gAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAAtt > 1:2003506/1‑100 (MQ=255) aaaaaTATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTa > 1:1222179/1‑100 (MQ=255) aaaaaTATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTa > 1:1204079/1‑100 (MQ=255) aaaaTATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAATGTTTTAGTTTGCCTGTTATTGAAACTAAGATGACCGGTCGGCGTTGGTTGAACGGAATTa > 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ttttAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGtt < 1:2542741/100‑1 (MQ=255) ttttAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGtt > 2:55145/1‑100 (MQ=255) tttAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTa < 2:2227147/100‑1 (MQ=255) tttAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTa > 1:2109329/1‑100 (MQ=255) | TTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTA > NC_000913/532285‑532474 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |