| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 661,369 | T→C | 100% | N4D (AAT→GAT) | ybeF ← | LysR family putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 661,369 | 0 | T | C | 98.9% | 296.9 / ‑4.6 | 89 | N4D (AAT→GAT) | ybeF | LysR family putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (43/44); total (43/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.90e-01 | |||||||||||
ATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTC > NC_000913/661272‑661465 | aTAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCAc > 1:727568/1‑100 (MQ=255) gTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTAt > 2:2077059/1‑100 (MQ=255) cAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATcc < 1:1609668/100‑1 (MQ=255) cAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATcc < 2:876405/100‑1 (MQ=255) cAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATcc > 1:1595415/1‑100 (MQ=255) aGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCa < 2:949382/100‑1 (MQ=255) aGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCa < 2:1217132/100‑1 (MQ=255) gAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCAc < 2:2438890/100‑1 (MQ=255) gAAGGTTAAGATCAAGATTTCGCAAGGCTGTAAATGATTGTGGTTTACCTTCTCACGACTTTCTTCTTAAACAGAATTCCATTTGATCATCACTAt > 2:2369022/1‑96 (MQ=255) atgTTATGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTCCTTTCTGACCACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGc < 2:2110994/98‑1 (MQ=255) aGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCGGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGc < 1:233044/100‑1 (MQ=255) ggTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCa < 1:1408343/100‑1 (MQ=255) gTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCAc < 1:1535287/100‑1 (MQ=255) ttAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACt < 1:920706/100‑1 (MQ=255) tAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACtt < 2:2270895/100‑1 (MQ=255) aGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTAc < 1:2110975/100‑1 (MQ=255) aGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTAc < 2:2211639/100‑1 (MQ=255) gATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACt > 2:739242/1‑100 (MQ=255) gATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACt > 2:689061/1‑100 (MQ=255) gATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACt < 1:74002/100‑1 (MQ=255) gATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACt > 2:161416/1‑100 (MQ=255) gATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACt > 1:1508810/1‑100 (MQ=255) gATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACt > 1:1286155/1‑100 (MQ=255) ntCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGAATTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACt > 1:1928128/2‑99 (MQ=255) aTCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTc > 2:1338655/1‑100 (MQ=255) tCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACt > 1:1754911/1‑98 (MQ=255) tCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTcc < 2:1894727/100‑1 (MQ=255) aaTATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCaa > 2:270818/1‑100 (MQ=255) atatTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTcc < 2:158717/97‑1 (MQ=255) tatTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAAtt < 1:33568/100‑1 (MQ=255) tatTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAAtt < 2:797554/100‑1 (MQ=255) tatTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACGCCAAtt > 1:1394739/1‑100 (MQ=255) ttCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTa < 1:1455765/100‑1 (MQ=255) tCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTAt < 1:2184298/100‑1 (MQ=255) gTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTc > 2:893971/1‑100 (MQ=255) gTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTc > 1:445216/1‑100 (MQ=255) 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2:1331844/100‑1 (MQ=255) tatTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAaataat < 1:400287/100‑1 (MQ=255) atTTGTGGTTTACCTTTTTGTTACTTTCTCCATAAACTGGGTTAAATTTGATTAACAATATGCACGCATTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAataata < 2:2311001/100‑1 (MQ=255) atTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAataata < 2:1812536/100‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAatat < 2:1182172/100‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAatat < 1:539620/100‑1 (MQ=255) tttGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAatat < 2:1650477/100‑1 (MQ=255) tgtgGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATAttt > 1:1627304/1‑100 (MQ=255) ggTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATCTTTaaa > 2:645016/1‑100 (MQ=255) ggTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTaaa > 1:1005154/1‑100 (MQ=255) tttACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTaaaaa > 1:1984452/1‑100 (MQ=255) tACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAAt > 2:455612/1‑100 (MQ=255) tACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAAt < 1:1218283/100‑1 (MQ=255) tACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAAGGCTCCATTTGATTATCACTATCCTCGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAGAAt > 2:2558148/1‑100 (MQ=255) ccTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTa > 1:2019269/1‑100 (MQ=255) cTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTAc > 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ttgtccTTAAACAGGGTTCAATTTAATTATAACTATACACGCACTTACTCCAATTAAATAAATAAAAAAATTATATTTAAAAAATTACAATAATCtt < 2:1841989/92‑1 (MQ=255) ttCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATg > 2:556036/1‑100 (MQ=255) ttCTCCTTAAACAGGGTGCAATTTGATTATCACTATCCAAGTACTTACACAAATATTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTAt < 2:1475228/99‑1 (MQ=255) tCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGt > 1:1910886/1‑100 (MQ=255) tGCTTAAATAGGGTTCAATTTGATTTTCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATGTTATGTCt > 2:887892/1‑100 (MQ=255) tGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCt > 2:1773459/1‑100 (MQ=255) tGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCt > 2:427601/1‑100 (MQ=255) gCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTa > 2:1091977/1‑100 (MQ=255) tAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAAtt < 1:1685306/100‑1 (MQ=255) aaaCAGGGTTCAATTTGATTATCACTAAACAAGTACTTACTCAAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAAtt < 2:558154/99‑1 (MQ=255) aaCAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTgg > 1:2551357/1‑100 (MQ=255) aaCAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTgg < 2:1157482/100‑1 (MQ=255) aaCAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTgg > 1:2078385/1‑100 (MQ=255) cAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTggaa > 2:1633311/1‑100 (MQ=255) ggTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTggaacgg < 1:2354883/100‑1 (MQ=255) 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1:1074573/100‑1 (MQ=255) attatcACTATCCACGCACTTACTCAAATTTTATTCATAGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGc < 1:1243691/100‑1 (MQ=255) ttatcaCTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCt > 1:621288/1‑100 (MQ=255) tatcaCTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTc > 1:827089/1‑100 (MQ=255) tatcaCTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTc < 2:1454325/100‑1 (MQ=255) | ATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTC > NC_000913/661272‑661465 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |