| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 851,094 | G→A | 100% | P502S (CCG→TCG) | opgE ← | OPG biosynthetic transmembrane phosphoethanolamine transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 851,094 | 0 | G | A | 96.6% | 166.1 / ‑2.0 | 58 | P502S (CCG→TCG) | opgE | OPG biosynthetic transmembrane phosphoethanolamine transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base A (29/27); total (29/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
GGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGG > NC_000913/850997‑851189 | ggggCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGAcc < 1:2504986/100‑1 (MQ=255) tttttGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTttc < 2:45572/100‑1 (MQ=255) tttGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTttctt > 2:921558/1‑100 (MQ=255) tttGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTttctt > 2:1712782/1‑100 (MQ=255) ttGTTTTTAATGTTTCGTGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCTGCTttcttc > 2:1969903/1‑100 (MQ=255) ttGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTttcttc < 1:393736/100‑1 (MQ=255) tGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTtcttct > 2:127946/1‑100 (MQ=255) ttttAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCAGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAg > 2:1463925/1‑100 (MQ=255) tttAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGa < 2:2406704/100‑1 (MQ=255) tAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGata < 1:2437124/100‑1 (MQ=255) tAAGGTTTCGGGTCGAAAATATAGGTTCCGAGATGGTTGTAATGCACCTTATGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATAGACCCGGCTTTCTTCTCAggaa > 2:252076/1‑97 (MQ=255) gTTTCTGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATaaa > 2:400739/1‑100 (MQ=255) ttCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACg > 2:214337/1‑100 (MQ=255) cGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACggg < 2:1882501/100‑1 (MQ=255) gggTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGt > 1:1841744/1‑100 (MQ=255) gTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTATGCAACTGGAAGTTAGTGATGTATAGCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATAGAAACGGGTAt > 2:323063/1‑100 (MQ=255) cGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTAttt < 1:366289/100‑1 (MQ=255) cGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTAttt > 1:1137880/1‑100 (MQ=255) cGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTAttt > 2:1984632/1‑100 (MQ=255) gAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTg < 1:214339/100‑1 (MQ=255) aaaTATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGAt < 1:944979/100‑1 (MQ=255) tatCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGtt < 2:2319837/100‑1 (MQ=255) atCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTa > 2:180052/1‑100 (MQ=255) tCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTcc < 1:2218898/100‑1 (MQ=255) ccGAGATGGTTGTAATCCACATTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCt > 2:1091439/1‑100 (MQ=255) cGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCtt < 1:2342320/100‑1 (MQ=255) cGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGATTTCTTCTCAGATATACACGGATATTTGATGTTAATTTACtt > 2:882712/1‑100 (MQ=255) gaTGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGc < 1:2092328/100‑1 (MQ=255) aTGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCt > 2:1225181/1‑100 (MQ=255) tGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCtt < 2:1377106/100‑1 (MQ=255) tGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCtt > 1:389547/1‑100 (MQ=255) ggTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCttt > 2:1508202/1‑100 (MQ=255) gTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTa > 2:481977/1‑100 (MQ=255) ttGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTaa < 1:200343/100‑1 (MQ=255) tGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAAt > 2:1305064/1‑100 (MQ=255) tGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAAt < 1:2555401/100‑1 (MQ=255) actaccccTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTCTCTTGAACCGGTTTTCTTCCTAGAGAAAAACTGGAAGTGGATGTGATGTGCCTTCGcgg > 2:1108772/7‑91 (MQ=255) tCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCg < 2:1266815/100‑1 (MQ=255) tCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCg > 2:1146472/1‑100 (MQ=255) cACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTc > 1:1098993/1‑100 (MQ=255) tCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTg < 2:383940/100‑1 (MQ=255) atctAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTgg < 2:2494063/97‑1 (MQ=255) tGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTggg < 1:1047443/100‑1 (MQ=255) tGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTggg > 1:1659276/1‑100 (MQ=255) gTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGga < 2:2090647/100‑1 (MQ=255) tAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGgag < 1:919908/100‑1 (MQ=255) aaCTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTggagat > 1:2494078/1‑96 (MQ=255) aaCTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGAGTGTTTGGAGTTAATTTCCTTCCCTTTAATCCCCGTCCACTggg > 2:360354/1‑97 (MQ=255) aCTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGaa > 2:1259326/1‑100 (MQ=255) aCTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGAATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGaa > 1:1351992/1‑100 (MQ=255) cTGGAAGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGaaa < 2:1027864/100‑1 (MQ=255) aaGTTGGTGATGAATATCGACCCGGATTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTGAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCAACTAGAAAAAAAAGc < 2:1402195/100‑1 (MQ=255) aGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGcc < 2:2523550/100‑1 (MQ=255) aGTTGGTGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGcc < 1:1692000/100‑1 (MQ=255) tGATGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTaagaa < 1:1570813/100‑1 (MQ=255) tGTATATCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTc > 1:2129557/1‑100 (MQ=255) atatCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCAtt < 2:1137872/100‑1 (MQ=255) atCGACCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGGTAATTTACTTCGCTTTAATCCCCGTCAACAAGAAAAAAAAGCCTAAGAAGTCATTgg < 2:2334428/100‑1 (MQ=255) | GGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGG > NC_000913/850997‑851189 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |