| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,039,480 | T→C | 17.1% | V62A (GTC→GCC) ‡ | cbdB → | cytochrome bd‑II oxidase, subunit II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,039,480 | 0 | T | C | 17.1% | 173.0 / 32.7 | 88 | V62A (GTC→GCC) | cbdB | cytochrome bd‑II oxidase, subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/30); new base C (6/9); total (49/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.85e-01 | |||||||||||
CATGGGGATCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTG > NC_000913/1039382‑1039577 | cATGGGGATCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTc < 1:1907253/100‑1 (MQ=255) tGGGGATCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTg > 2:1925797/1‑100 (MQ=255) ggggATCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTgg < 1:1259541/100‑1 (MQ=255) ggATCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGtt < 2:367441/100‑1 (MQ=255) ggATCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGtt > 1:1510104/1‑100 (MQ=255) ggATCGGCCGTGTGCTGCCGCTGGGGGCGCGTAATGATGATGAGCGCCGTACAGCGCTAAACAGCGTGGGTGCATACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGt > 2:989312/1‑99 (MQ=255) tCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGTCAACCAGACCTGGTTgcc < 1:424427/100‑3 (MQ=255) tCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGAt < 2:1868723/100‑1 (MQ=255) cGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATc > 2:732108/1‑100 (MQ=255) cGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGACCTGGTTgcct < 1:1584325/100‑4 (MQ=255) ggCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGACCTGGTTgcctt < 1:2214810/100‑5 (MQ=255) gCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCt > 1:92055/1‑100 (MQ=255) gCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCt < 2:1012349/100‑1 (MQ=255) gCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGACCTGGTTgccttc < 1:947225/100‑6 (MQ=255) gCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGACCTGGTTgccttc < 1:294435/100‑6 (MQ=255) gCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGGGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATca > 1:1319248/1‑98 (MQ=255) cTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGACCTGGTTgccttcc < 1:825109/100‑7 (MQ=255) tGTCTGCTGCCGGTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGACCTGGTTgccttccc < 2:503767/100‑8 (MQ=255) tGTCTGCTGCCGCTGGTTGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGCTGCCCACTGGGAAGGCAACCAGACCTGGTTgccttccc < 2:477166/100‑8 (MQ=255) tGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGACCTGGTTgccttccc < 1:1491173/100‑8 (MQ=255) tCTGCTGCCACTGGTGGCGCGTAATTATGATGATCGCCGGATAGTGATAAACCGCTTTGGTGCACACTGGGATGGCAACCAGGTCTGGTTGATCGTCGCt < 2:993163/100‑1 (MQ=255) 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2:1820978/100‑1 (MQ=255) ggtggCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCatta > 1:600491/1‑100 (MQ=255) gcgcGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTg < 1:2409577/100‑1 (MQ=255) gcgcGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTg < 2:2280032/100‑1 (MQ=255) gcgcGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTg < 2:2378932/100‑1 (MQ=255) cgcgTAGTGATGATGAGCGCCGGATAGTGATAGACTGCGTTGGTGCACACTGGGGAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTgc < 2:2514754/100‑1 (MQ=255) gcgTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTgcc > 2:672829/1‑100 (MQ=255) gTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTgccgc > 1:1576412/1‑100 (MQ=255) tAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTgccgcc > 1:2343621/1‑100 (MQ=255) tAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTgccgcc < 2:1241554/100‑1 (MQ=255) atgatgatgAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTg > 2:1217908/1‑100 (MQ=255) tgatgatgaACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTgg > 1:389972/1‑100 (MQ=255) tgatgatgaACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTgg > 1:750769/1‑100 (MQ=255) tgatgatgaACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTgg > 1:1986072/1‑100 (MQ=255) atgatgaACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGcc > 1:599628/1‑100 (MQ=255) atgatgaACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGcc < 2:900758/100‑1 (MQ=255) atgatgaACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGc > 2:6136/1‑99 (MQ=255) tgatgaACGCCGGATAGTGATAAATAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGccc > 2:2298517/1‑100 (MQ=255) tgatgaACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGccc > 1:1088256/1‑100 (MQ=255) tgatgaACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGccc > 1:181665/1‑100 (MQ=255) tgatgaACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGccc > 1:1136557/1‑100 (MQ=255) gatgaACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCa > 1:1136217/1‑100 (MQ=255) tgaACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCaga > 1:2198314/1‑100 (MQ=255) tgaACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCaga > 2:1931997/1‑100 (MQ=255) gaACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCagag > 1:1231335/1‑100 (MQ=255) aCGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAgtg < 1:169981/100‑1 (MQ=255) aCGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAgtg < 2:1106473/100‑1 (MQ=255) cGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAgtg < 1:1176537/99‑1 (MQ=255) ccGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCTCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTAt < 2:1576401/100‑1 (MQ=255) cGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATg < 1:401138/100‑1 (MQ=255) cGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATg < 1:1843928/100‑1 (MQ=255) ggATAGTGGTAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGc < 1:732115/100‑1 (MQ=255) tatatagATTAACTGCGTGGGTTCACACTGTGAAGGCAACTAGGTATGGATGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTAGCCGCCAGGCTCAGAGTGTAtcc < 2:472416/93‑3 (MQ=255) gTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAgcgg > 2:76105/1‑100 (MQ=255) gTGACAAACGGCGTTGGTGGACACTGGGGAGGCATCCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTTTATGCAgcgg < 2:537845/100‑1 (MQ=255) tGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAgcggc > 2:51085/1‑100 (MQ=255) aTAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGt > 2:102847/1‑100 (MQ=255) aaaCAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGttt > 2:2496621/1‑100 (MQ=255) aCAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGCGTGTATGCAGCGGCGTTTTc > 2:664179/1‑100 (MQ=255) cAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTc > 2:834381/1‑99 (MQ=255) aGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCg < 1:1276621/100‑1 (MQ=255) gTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCt < 1:1932011/100‑1 (MQ=255) gTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTTCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCttn < 2:2324172/98‑2 (MQ=255) cacaCTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTAtgt > 2:1940607/1‑100 (MQ=255) cacTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTgg < 2:2384981/100‑1 (MQ=255) acTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGc < 2:207593/100‑1 (MQ=255) acTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGc < 1:57808/100‑1 (MQ=255) cTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATCATGTGCTGCTTGTGCCAGGGTGTATACAGCGGTGTTTTCCGGCTTTTAtgt > 2:251527/1‑96 (MQ=255) agcgaggatcAACCAGACCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCg > 1:1009888/10‑100 (MQ=255) gggAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCgat > 2:671209/1‑100 (MQ=255) gggAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGAGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCgat > 1:1806216/1‑100 (MQ=255) gaggatcAACCAGACCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCgatg > 1:465147/7‑100 (MQ=255) aggatcAACCAGACCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCga > 2:2142941/6‑97 (MQ=255) ggatcAACCAGACCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCgatgat > 2:2040631/5‑100 (MQ=255) ggatcAACCAGACCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCgatgat > 2:1300023/5‑100 (MQ=255) ggatcAACCAGACCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCgatg > 2:1631108/5‑98 (MQ=255) ggCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATcc > 1:2201318/1‑100 (MQ=255) aCCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGgt < 1:1642624/100‑1 (MQ=255) ccAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGgtg > 1:30487/1‑100 (MQ=255) ggTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGgtgctg > 1:583882/1‑100 (MQ=255) | CATGGGGATCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTG > NC_000913/1039382‑1039577 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |