| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 88,208 | A→T | 100% | T61S (ACA→TCA) | cra → | transcriptional repressor‑activator for carbon metabolism |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 88,208 | 0 | A | T | 97.6% | 262.6 / ‑2.0 | 85 | T61S (ACA→TCA) | cra | transcriptional repressor‑activator for carbon metabolism |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (34/48); total (36/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.95e-01 | |||||||||||
CCGTGTGAGCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCACACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTA > NC_000913/88111‑88302 | ccGTGTGAGCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGctca < 1:1606215/100‑1 (MQ=255)ccGTGTGAGCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGcgca > 2:2173416/1‑100 (MQ=255) gtgtGAGCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACg < 2:300547/100‑1 (MQ=255) tgtgAGCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGt > 1:1987312/1‑100 (MQ=255) tgAGCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTc > 2:1817591/1‑100 (MQ=255) cGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTAtt < 2:901214/100‑1 (MQ=255) cGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTAtt < 1:2335079/100‑1 (MQ=255) gACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTg < 2:317870/100‑1 (MQ=255) aCAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTgg < 2:2397616/100‑1 (MQ=255) aCAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGGTCTATTgg > 2:405604/1‑100 (MQ=255) cAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGt < 1:2001575/100‑1 (MQ=255) aaaaCCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTc < 2:2558573/100‑1 (MQ=255) aaCCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCtt > 1:2485038/1‑100 (MQ=255) aaCCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCtt > 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ggCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGgag < 1:2426956/100‑1 (MQ=255) ggCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGgag < 1:362395/100‑1 (MQ=255) gCTGGGCTGCGTGATCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGgaga < 2:2339580/100‑1 (MQ=255) cTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGaa > 1:508069/1‑100 (MQ=255) cTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGaa > 2:1223752/1‑100 (MQ=255) tgtgGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAac < 1:660898/100‑1 (MQ=255) gCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGc < 1:1229721/100‑1 (MQ=255) gCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGc < 2:832236/100‑1 (MQ=255) cGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCt > 1:2478219/1‑100 (MQ=255) cacaATTAGCACCTGAACGCCGTTGCAGCTGGGTTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGTTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATAccc < 2:865836/100‑1 (MQ=255) acaATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCg < 2:300269/100‑1 (MQ=255) acaATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCCTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCg > 2:869275/1‑100 (MQ=255) caATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGc > 1:622205/1‑100 (MQ=255) aaTTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCa < 1:1442617/100‑1 (MQ=255) aaTTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTACTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATGCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCa > 2:1989812/1‑100 (MQ=255) 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(MQ=255) cTTCGTGCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGCGCGGc < 1:227017/100‑1 (MQ=255) cGTGCTGGACGCTCACGTTCTATAGGTCTTGTGATCCCCGATCT‑GAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGACGCGGCAAc > 2:299934/1‑99 (MQ=255) gCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTATCTATCTTGAACGCCAGGCGCGGCAACggg > 1:765151/1‑100 (MQ=255) gCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGCGCGGCAACggg > 2:327464/1‑100 (MQ=255) gCTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGCGCGGCAACggg < 2:1328251/100‑1 (MQ=255) cTGGACGCTCGCGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCAGCGCTAACTTTCTTGAACGCCAGGCTCGGCAACgtgg < 2:2484961/100‑1 (MQ=255) cTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGCGCGGCAACgggg < 1:1461655/100‑1 (MQ=255) cTGGACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGCGCGGCAACgggg < 1:1224073/100‑1 (MQ=255) tcgccGCTCACGTTCTTTTTGTCTTATGATTCCCGATCTGGAGACCACCAGCTATACCCGCATCGCTATCTATCTTGAATGCTATTCGCGGCAACGGGGt < 2:246044/96‑1 (MQ=255) ggACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGtt < 1:405608/100‑1 (MQ=255) gACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTa < 1:196802/100‑1 (MQ=255) gACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTa < 1:248221/100‑1 (MQ=255) gACGCTCACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTa > 1:2422752/1‑100 (MQ=255) | CCGTGTGAGCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTGAGCACAATTACCACCCGAACGCCGTGGCAGCTGGGCTTCGTGCTGGACGCACACGTTCTATTGGTCTTGTGATCCCCGATCTGGAGAACACCAGCTATACCCGCATCGCTAACTATCTTGAACGCCAGGCGCGGCAACGGGGTTA > NC_000913/88111‑88302 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |