Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,111,377 | A→G | 100% | D172G (GAT→GGT) | opgH → | OPG biosynthetic ACP‑dependent transmembrane UDP‑glucose beta‑1,2 glycosyltransferase; nutrient‑dependent cell size regulator, FtsZ assembly antagonist |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,111,377 | 0 | A | G | 96.4% | 270.6 / ‑0.8 | 83 | D172G (GAT→GGT) | opgH | OPG biosynthetic ACP‑dependent transmembrane UDP‑glucose beta‑1,2 glycosyltransferase; nutrient‑dependent cell size regulator, FtsZ assembly antagonist |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base G (44/36); total (45/38) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.96e-01 |
CTGTTGATCCTGACGCTCGCGCAAACTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGATATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCGGTACTGTTCTG > NC_000913/1111283‑1111470 | cTGTTGATCCTGACGCTCGCGCAAACTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTAtgg < 1:1240574/100‑1 (MQ=255) cTGTTGATCCTGACGCTCGCGCAAACTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGATAtgg < 1:2466964/100‑1 (MQ=255) tGTTGATCCTGACGCTCGCGCAAACTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTAtggt < 1:573789/100‑1 (MQ=255) gTTGATCCTGACGCTCGCGCAAACTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTAtggtt > 1:2505642/1‑100 (MQ=255) gTTGATCCTGACGCTCGCGCAAACTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTAtggtt < 1:219229/100‑1 (MQ=255) ttGATCGTGACGCGCGCGCAAACTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTAtgg < 2:2349850/97‑1 (MQ=255) tGATCCTGACGCTCGCGCAAACTGTCGTCGCGAACTGGTATATGAAGACCATTTTTGATTATCAGGGGTGGGCGCTGATTGATCCTATGGGTAggg > 2:2451343/1‑96 (MQ=255) aTCCTGACGCTCGCGCAAACTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTc > 1:919716/1‑100 (MQ=255) aTCCTGACGCTCGCGCAAACTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTc > 1:310700/1‑100 (MQ=255) tCCTGACGCTCGCGCAAACTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCa > 1:1783380/1‑100 (MQ=255) ccTGACGCTCGCGCAAACTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAg > 2:2489760/1‑100 (MQ=255) cGCTCGCGCAAACTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGAttt > 2:818129/1‑100 (MQ=255) cGCTCGCGCAAACTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGAttt > 1:2505142/1‑100 (MQ=255) cGCTCGCGCAAACTGTCGTCGCGACCTGGTACATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGAttt > 1:2517249/1‑100 (MQ=255) tCGCGCAAACTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTtgtg < 2:354730/100‑1 (MQ=255) tCGCGCAAACTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTtgtg < 1:2293986/100‑1 (MQ=255) gcgcAAACTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTggg > 2:2343709/1‑100 (MQ=255) gcgcAAACTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTggg < 2:1760992/100‑1 (MQ=255) gcgcAAACTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTggg > 1:2389051/1‑100 (MQ=255) cgcAAACTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGt > 2:389375/1‑100 (MQ=255) aaaCTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTc < 2:966333/100‑1 (MQ=255) aaCTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTcc > 2:879217/1‑100 (MQ=255) cTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCtt < 1:93979/100‑1 (MQ=255) cTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCtt < 1:389379/100‑1 (MQ=255) tGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCttt > 1:2526244/1‑100 (MQ=255) gtggtcgCGGCCTGGTATATGAAGACCATGCTGCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTTTGGGGTTCCt < 2:433562/94‑1 (MQ=255) gtcgtcGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTa < 2:2505127/100‑1 (MQ=255) gtcgtcGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTa > 1:1438471/1‑100 (MQ=255) cgtcgCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATg < 2:919708/100‑1 (MQ=255) gtcgCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGc > 2:851088/1‑100 (MQ=255) gtcgCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGc > 1:1667783/1‑100 (MQ=255) gACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCtt > 1:948718/1‑100 (MQ=255) cTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTg > 2:310834/1‑100 (MQ=255) cTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTg > 1:1131816/1‑100 (MQ=255) cTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTg > 1:1131763/1‑100 (MQ=255) ggTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGcc < 1:2298641/100‑1 (MQ=255) ggTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGcc < 2:449083/100‑1 (MQ=255) ggTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGcc > 2:148823/1‑100 (MQ=255) ggTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGATATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGcc < 2:1475360/100‑1 (MQ=255) tataTGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCtt > 1:1434537/1‑100 (MQ=255) atatGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTta < 1:594982/100‑1 (MQ=255) atatGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTta < 2:2027944/100‑1 (MQ=255) atGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTtata < 1:851095/100‑1 (MQ=255) tGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTatat > 2:467264/1‑100 (MQ=255) tGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATGAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTatat > 2:1362656/1‑100 (MQ=255) gAAGACCATTCTTCGTTATCAGGGTCTGGCGTTGATTAATCATATGGGTATGGTTGGTCAGGAGTTGTGTGTTTCCTTTATGCTGCTTCTGCCTTatat < 2:2435730/99‑1 (MQ=255) gAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATAtg > 1:1022902/1‑100 (MQ=255) gACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATAtgctg < 2:1455534/100‑1 (MQ=255) aCCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATAtgctgc < 2:2472787/100‑1 (MQ=255) cATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCaa < 1:1750184/100‑1 (MQ=255) aTTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCaaa > 1:2454635/1‑100 (MQ=255) aTTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCaaa > 1:214135/1‑100 (MQ=255) tcttcCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAAcc < 2:2474775/100‑1 (MQ=255) cttcCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCg > 1:2094335/1‑100 (MQ=255) ttcCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCgg < 2:2526229/100‑1 (MQ=255) ttcCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCgg > 1:1396991/1‑100 (MQ=255) ttacTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCgg < 1:955646/97‑1 (MQ=255) tcCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGt < 1:1618074/100‑1 (MQ=255) cTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTAt > 2:1213068/1‑100 (MQ=255) tCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGGTTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTg > 2:1468015/1‑100 (MQ=255) tCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTg < 2:1910398/100‑1 (MQ=255) cAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGa > 2:2382317/1‑100 (MQ=255) aGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGAt < 1:1862342/100‑1 (MQ=255) gggTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATc > 1:672631/1‑100 (MQ=255) gggTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATc < 1:1097535/100‑1 (MQ=255) gggTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATc < 2:2490791/100‑1 (MQ=255) ggTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATcc > 2:1326626/1‑100 (MQ=255) ggTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGATATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATcc > 1:2316431/1‑100 (MQ=255) gcgcTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGGTTTGTGGGTTTCCTTGATCCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTg > 2:1705713/1‑100 (MQ=255) cgcTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGc < 1:1086967/100‑1 (MQ=255) gcTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCg > 2:1702004/1‑100 (MQ=255) cTGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCgg < 2:2224638/100‑1 (MQ=255) tGATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCGGt < 1:2459528/100‑1 (MQ=255) gATTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCGGTa > 1:560385/1‑100 (MQ=255) aTTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGTATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATACGCTGCAAACCGACATCCTTATCCTCTTTGc < 2:1042922/95‑1 (MQ=255) aTTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCGGTAc < 1:1117438/100‑1 (MQ=255) aTTAATCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCGGTAc > 1:2171855/1‑100 (MQ=255) tCCTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCGGTActgttc < 1:587006/100‑1 (MQ=255) ccTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCGGTActgttct > 1:568837/1‑100 (MQ=255) ccTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCGGTActgttct > 2:547586/1‑100 (MQ=255) ccTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCGGTActgtt > 2:2281916/1‑98 (MQ=255) cTATGGGTTTGGGTCCTCTGGATTTGTGGGTTTCCTTTTGCCAGCTTCTGCTTTATATGCGGCCAACTGCTTTCCCGATCCTCTGTGCGGTActgttct > 2:162267/1‑99 (MQ=255) cTATGGGTATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCGGTActgttctg > 1:2470307/1‑100 (MQ=255) | CTGTTGATCCTGACGCTCGCGCAAACTGTCGTCGCGACCTGGTATATGAAGACCATTCTTCCTTATCAGGGTTGGGCGCTGATTAATCCTATGGATATGGTTGGTCAGGATTTGTGGGTTTCCTTTATGCAGCTTCTGCCTTATATGCTGCAAACCGGTATCCTGATCCTCTTTGCGGTACTGTTCTG > NC_000913/1111283‑1111470 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |