| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,520,083 | 0 | A | C | 27.3% | 288.2 / 149.5 | 184 | intergenic (+19/‑179) | curA/mcbR | curcumin/dihydrocurcumin reductase, NADPH‑dependent/colanic acid and biofilm gene transcriptional regulator, MqsR‑controlled |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (63/70); new base C (24/26); total (87/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
ATGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATG > NC_000913/1519985‑1520182 | aTGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAg < 1:2415319/100‑1 (MQ=255)aTGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAg < 2:3161332/100‑1 (MQ=255)aTGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATACGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAg > 1:1388366/1‑100 (MQ=255) gcgcCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAgcc > 1:2730069/1‑100 (MQ=255) gcgcCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAgcc > 2:631325/1‑100 (MQ=255) gcCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAATGGCGGCGTAAgccgc > 1:2113846/1‑100 (MQ=255) gcCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAgccgc > 1:1098761/1‑100 (MQ=255) ccACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAATACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGCGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAgccgcc < 1:222088/100‑1 (MQ=255) ccACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAgccgcc < 1:604005/100‑1 (MQ=255) acaGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgt < 2:1080601/100‑3 (MQ=255) acaGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgt < 2:377652/100‑3 (MQ=255) acaGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgt < 1:447030/100‑3 (MQ=255) caGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgtt < 1:3451388/100‑4 (MQ=255) caGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgtt < 1:226495/100‑4 (MQ=255) caGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATa > 1:1514358/1‑100 (MQ=255) agtggTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTGCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgttg < 1:1696430/96‑5 (MQ=255) aGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgttg < 1:1883402/100‑5 (MQ=255) aGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgttg < 2:1227109/100‑5 (MQ=255) aGACGTTGATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAACCTTCGGCAAAGTGGTGATCTGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgtt < 1:1203727/99‑4 (MQ=255) gACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgttga < 1:2515935/100‑6 (MQ=255) gACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgttga < 2:129610/100‑6 (MQ=255) gACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgttga < 2:51587/100‑6 (MQ=255) gACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATaaa > 1:2041046/1‑100 (MQ=255) gACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATaaa < 1:937954/100‑1 (MQ=255) aCGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgttgaa < 2:1428361/100‑7 (MQ=255) aCGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgttgaa < 1:3206407/100‑7 (MQ=255) gcttATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgttgaaac < 1:2102239/98‑9 (MQ=255) gTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAATGGCGGCTTACgccgccgttgaaac < 1:2840558/100‑9 (MQ=38) gTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAAt > 2:252297/1‑100 (MQ=255) ttATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATcc < 1:762528/100‑1 (MQ=255) ttATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCCGGTGATGCTTAAAGTTCCAACGGCGGCGTACGCCGCCCTAAAAATc > 1:1475727/1‑99 (MQ=255) tATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGCTCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGATTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCa > 1:2851642/1‑100 (MQ=255) tATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCa > 1:2331662/1‑100 (MQ=255) aTCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAg < 2:2321225/100‑1 (MQ=255) aTCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAg < 2:797407/100‑1 (MQ=255) aTCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAg > 1:1083770/1‑100 (MQ=255) cGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGc < 2:311196/100‑1 (MQ=255) ggCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCa > 2:1591085/1‑100 (MQ=255) gCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGTGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCaa > 2:3136385/1‑100 (MQ=255) ccTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCaaa > 2:2759434/1‑100 (MQ=255) ccTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCaaa > 2:1191731/1‑100 (MQ=255) ctgctgAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCaaaa < 2:3227133/100‑1 (MQ=255) ctgctgAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGCGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCaaaa < 1:2208599/100‑1 (MQ=255) ctgAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGc > 2:1709574/1‑100 (MQ=255) ctgAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTCTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGc > 1:2432692/1‑100 (MQ=255) gAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCtt < 2:608502/100‑1 (MQ=255) aGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTAt < 2:2678017/100‑1 (MQ=255) gTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTAtttt > 2:1030766/1‑100 (MQ=255) gTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTAtttt < 2:679261/100‑1 (MQ=255) tAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTc > 2:1322601/1‑100 (MQ=255) aaaCTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGc < 2:2241914/100‑1 (MQ=255) cTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCttt > 1:472085/1‑100 (MQ=255) tCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTttaa < 2:3159117/100‑1 (MQ=255) gCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTttaatta > 1:676020/1‑100 (MQ=255) gCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTttaatta < 2:2755876/100‑1 (MQ=255) cAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAAGCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTttaatta < 2:3094634/99‑1 (MQ=255) aaaGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATtaac < 2:890068/100‑1 (MQ=255) aaGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATtaact < 2:2116479/100‑1 (MQ=255) ggtgATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAAcc < 2:831566/100‑1 (MQ=255) tgATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCCACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCCGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACcac > 1:2814981/1‑100 (MQ=255) gATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAATTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACcaca > 1:3139677/1‑100 (MQ=255) tCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCAcatc > 2:1077081/1‑100 (MQ=255) tCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCAcatc < 2:1774284/100‑1 (MQ=255) tCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCAcatc < 1:25899/100‑1 (MQ=255) ccGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCAcatca > 2:1676692/1‑100 (MQ=255) ccGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCAcatca < 1:2202969/100‑1 (MQ=255) 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tCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAg < 2:3461006/100‑1 (MQ=255) ttatggcggcTTACGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAgg > 2:279259/5‑100 (MQ=255) cAACGGCGGTGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAg < 2:2369967/99‑1 (MQ=255) cAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAgg < 2:2578556/100‑1 (MQ=255) cAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCCTTAATTAACTAACCCCATCATTATTCTGCTGCTAATAACAACaaaac > 1:3037545/1‑98 (MQ=255) tatggcggcTTACGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGt > 2:443319/4‑100 (MQ=255) tatggcggcTTACGCCGACATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTACTTCACTAACCACAATATTGTTCTGCTCCTAATACCAATAAAgg > 1:2815950/4‑99 (MQ=255) atggcggcTTACGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTg > 1:2877847/3‑100 (MQ=255) atggcggcTTACGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTg > 2:2877362/3‑100 (MQ=255) atggcggcTTACGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTg > 1:1014623/3‑100 (MQ=255) aCGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTg > 1:2445264/1‑100 (MQ=255) tggcggcTTACGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAgg > 2:174978/2‑97 (MQ=255) tggcggcTTACGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGa > 2:1948030/2‑100 (MQ=255) cggcgTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTg > 1:1598078/1‑100 (MQ=255) gcgTAAGCTGCCATAAAAACGCATGCAAAAAGCTTGTTTTCAGCTTTAATTAACTACCAACAGCAGTGTTCTGCTGCCAATACCAGCAAAGGTg < 1:1750828/94‑1 (MQ=255) gcgTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGt < 2:955072/100‑1 (MQ=255) gTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGttt > 1:3422076/1‑100 (MQ=255) tAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAATGGttt > 1:3079540/1‑99 (MQ=255) aaGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTAt < 1:730840/100‑1 (MQ=255) | ATGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATG > NC_000913/1519985‑1520182 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |