| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,493,645 | G→A | intergenic (‑391/+122) | frc ← / ← yfdX | formyl‑CoA transferase, NAD(P)‑binding/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,493,645 | 0 | G | A | 97.6% | 400.9 / ‑0.5 | 124 | intergenic (‑391/+122) | frc/yfdX | formyl‑CoA transferase, NAD(P)‑binding/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base A (64/57); total (66/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
ATGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAATTTTATGACCACAACCTGTCGTATTGTGGTCATAAAAAATTGTCGGCTGGAGGGAGTTAAATCCTTTAC > NC_000913/2493549‑2493744 | aTGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGa < 2:770834/100‑1 (MQ=255) tGATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGAg < 2:1288392/100‑1 (MQ=255) gATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGAGt > 1:2051047/1‑100 (MQ=255) gATTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGAGt > 2:2882281/1‑100 (MQ=255) aTTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGAGtt > 1:1371354/1‑100 (MQ=255) aTTACGCTTTTTAAAGCGTACCATAAAACATAACATAATAAATGATTGGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGAg < 1:2211718/98‑1 (MQ=255) 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1:1323812/1‑100 (MQ=255) naTAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCaaa > 1:2354978/2‑100 (MQ=255) cATAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCaaa > 1:1071243/1‑100 (MQ=255) aTAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAaat > 2:990415/1‑100 (MQ=255) aTAAAACATAACATAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAaat < 2:30674/100‑1 (MQ=255) aaaaCATAACATATTAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAaataa > 2:2347009/1‑100 (MQ=255) aacataacatAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATGCGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAAtt > 2:71777/1‑100 (MQ=255) aacataacatAATAAATGATTTGTGATGACACGGGATTATTGCGGTTTACTTTGAGGAATATAAAATACGAGTTTATAGCACCGCGAGCGCCAAATAAtt < 2:747759/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |