| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,777,363 | T→C | F83F (TTT→TTC) | yfjZ → | CP4‑57 prophage; antitoxin of the YpjF‑YfjZ toxin‑antitoxin system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,777,363 | 0 | T | C | 98.4% | 426.6 / ‑3.2 | 129 | F83F (TTT→TTC) | yfjZ | CP4‑57 prophage; antitoxin of the YpjF‑YfjZ toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base C (69/57); total (72/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGAGCAAGCATG > NC_000913/2777266‑2777455 | tATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCAc > 1:365108/1‑100 (MQ=255) aTTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCAcc < 2:1341658/100‑1 (MQ=255) aTTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCAcc > 1:2863047/1‑100 (MQ=255) tCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCTCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGc > 1:2228521/1‑100 (MQ=255) tCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGc > 2:2420796/1‑100 (MQ=255) tCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGc > 1:3176144/1‑100 (MQ=255) tCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGc > 1:2398664/1‑100 (MQ=255) tCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGc > 1:2303075/1‑100 (MQ=255) ccACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCg > 1:452626/1‑100 (MQ=255) ccACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCg > 2:2078378/1‑100 (MQ=255) ccACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCg > 2:1938217/1‑100 (MQ=255) ccACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCg < 1:3097548/100‑1 (MQ=255) ccACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCg > 1:262194/1‑100 (MQ=255) ccACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCg > 1:1891877/1‑100 (MQ=255) cacaTTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGa > 2:858407/1‑100 (MQ=255) catgtgagcAGCCCGATAGAGTCGATGCTGACCGCTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAg < 1:2822903/92‑1 (MQ=21) caTTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAg > 2:575966/1‑100 (MQ=255) aTTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGc > 1:1647770/1‑100 (MQ=255) ttttATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGcc < 2:1538525/100‑1 (MQ=255) ttATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGa > 2:1869685/1‑100 (MQ=255) tATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGAt < 2:1203311/100‑1 (MQ=255) tATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACT‑GTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGAt > 1:962525/1‑99 (MQ=255) tCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATAc < 2:2319916/100‑1 (MQ=255) tCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATAc < 1:2755397/100‑1 (MQ=255) aGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATActc > 1:1340657/1‑100 (MQ=255) aGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATActc > 1:3209356/1‑100 (MQ=255) cAGTTAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTg < 2:3443299/100‑1 (MQ=255) cAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTg < 2:1117099/100‑1 (MQ=255) gATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGt < 1:278428/100‑1 (MQ=255) gATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGt < 2:3176196/100‑1 (MQ=255) tccgatctgATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACGACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTa < 2:453739/92‑1 (MQ=255) tAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAg > 1:2175681/1‑100 (MQ=255) tAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAg < 1:2803673/100‑1 (MQ=255) agagTCGCTGCCGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAGCGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGt > 1:1827545/1‑100 (MQ=255) agagTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGt > 1:3106684/1‑100 (MQ=255) gagTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCATGTACCACAACGGTTTGACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGtt > 1:1355347/1‑100 (MQ=255) gTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGc > 2:1563806/1‑100 (MQ=255) tCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCg < 2:2511240/100‑1 (MQ=255) ccgatcttGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCg < 1:1225274/93‑1 (MQ=25) cGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCgg > 2:2322707/1‑100 (MQ=255) gATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACGACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTaagatcgga > 1:453734/1‑92 (MQ=255) tGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTa < 1:355546/100‑1 (MQ=255) cTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACg < 2:1768120/100‑1 (MQ=255) cTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACg < 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acaACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGagcaagc > 2:650460/1‑100 (MQ=255) caACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGagcaagca < 2:2812110/100‑1 (MQ=255) caACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGagcaagca < 1:3158995/100‑1 (MQ=255) aCGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGAGCAAGCATg < 1:1218558/100‑1 (MQ=255) | TATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGAGCAAGCATG > NC_000913/2777266‑2777455 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |