| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,524,413 | A→G | I515V (ATT→GTT) | mrcA → | penicillin‑binding protein 1a, murein transglycosylase and transpeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,524,413 | 0 | A | G | 98.6% | 480.6 / ‑3.0 | 139 | I515V (ATT→GTT) | mrcA | penicillin‑binding protein 1a, murein transglycosylase and transpeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (75/62); total (76/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
GCAAGTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCAAC > NC_000913/3524317‑3524509 | cAAGTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAATTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCg > 1:823730/1‑100 (MQ=255) cAAGTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCg > 1:862484/1‑100 (MQ=255) aaGTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGTTGGTCCAGTTCGc < 1:2152194/100‑1 (MQ=255) gTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCtt < 1:3449078/100‑1 (MQ=255) gTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCtt < 2:3074996/100‑1 (MQ=255) tATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTa < 2:2011953/100‑1 (MQ=255) gTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGt > 2:2578236/1‑100 (MQ=255) ttGAACGATGTGCCACTTTCTCGGGGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCCGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGt < 1:604239/99‑1 (MQ=255) gAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAg > 2:1231842/1‑100 (MQ=255) gAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAg > 1:95342/1‑100 (MQ=255) gAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGGTCCCTTACCTCac > 1:2955339/1‑99 (MQ=255) aaCGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAgg < 2:324992/100‑1 (MQ=255) aaCGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAgg < 1:753824/100‑1 (MQ=255) aCGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAggg < 2:95343/100‑1 (MQ=255) cGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCTGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAgggg < 1:2261381/100‑1 (MQ=255) cGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAgggg < 1:322432/100‑1 (MQ=255) cGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAgggg < 2:3135723/100‑1 (MQ=255) cGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAgggg < 1:2199121/100‑1 (MQ=255) tgtgCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTg < 1:2584109/100‑1 (MQ=255) tgtgCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTg < 1:2538875/100‑1 (MQ=255) gtgCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCt < 1:2113881/98‑1 (MQ=255) gtgCCAATTGCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTg < 1:2778897/99‑1 (MQ=255) tgCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTggg > 1:745021/1‑100 (MQ=255) gCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTggg > 1:2530325/1‑99 (MQ=255) gCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGt > 2:299969/1‑100 (MQ=255) ccAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTc < 1:3127425/100‑1 (MQ=255) tttCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTc < 1:704126/100‑1 (MQ=255) ttCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCg > 2:2509186/1‑100 (MQ=255) ttCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCg > 2:2313553/1‑100 (MQ=255) tctcGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGGCTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAg < 1:266299/96‑1 (MQ=255) ctcGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGaa < 2:1352144/100‑1 (MQ=255) tcGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGaaa < 1:1998857/100‑1 (MQ=255) tcGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGaaa < 2:3397613/100‑1 (MQ=255) cGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGaaaa > 2:497513/1‑100 (MQ=255) cTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGACAGTCGAAAAAc > 1:2592491/1‑100 (MQ=255) tGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACg < 1:3262575/100‑1 (MQ=255) tGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACg > 2:1584579/1‑100 (MQ=255) ggATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgtg > 2:1114205/1‑100 (MQ=255) ggATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgtg < 2:1804629/100‑1 (MQ=255) ggATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgtg < 1:574056/100‑1 (MQ=255) ggATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgtg < 2:107076/100‑1 (MQ=255) gATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgtgg < 2:636634/100‑1 (MQ=255) gATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgtgg < 1:1846113/100‑1 (MQ=255) tGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgtggtg < 2:2762811/100‑1 (MQ=255) tGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgtggtg > 1:1476676/1‑100 (MQ=255) tGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACgtggtg > 2:2658101/1‑100 (MQ=255) cAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGAt > 1:1396018/1‑100 (MQ=255) cAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGAt < 1:2065255/100‑1 (MQ=255) cAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGAt > 2:356381/1‑100 (MQ=255) aGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATgg < 2:595031/100‑1 (MQ=255) aGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATgg > 1:1102469/1‑100 (MQ=255) gTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGt > 2:2008708/1‑100 (MQ=255) gCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTAc > 1:342500/1‑100 (MQ=255) cGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTAcgc > 2:761058/1‑100 (MQ=255) ggTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTAcgcg > 1:1523599/1‑100 (MQ=255) ggTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTAcgcg < 2:3321392/100‑1 (MQ=255) ggTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTAcgcg < 2:1554732/100‑1 (MQ=255) gACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGc > 1:204311/1‑100 (MQ=255) gACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGc > 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gCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCg < 2:1636316/100‑1 (MQ=255) cAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGa > 1:121668/1‑100 (MQ=255) aGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAACAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGAt > 1:1720202/1‑100 (MQ=255) ccGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATgg < 2:204314/100‑1 (MQ=255) cGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATggg > 1:1026311/1‑100 (MQ=255) gaaCTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTc < 1:3431067/100‑1 (MQ=255) cTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGAc < 2:1237043/100‑1 (MQ=255) cTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGAc < 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2:3043011/1‑100 (MQ=255) tGCTGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAatat > 1:131525/1‑100 (MQ=255) tGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTTAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCt < 2:2897496/99‑1 (MQ=255) tGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCGATGCGGGCGATGGGGGTCGACTACGCTGCAGAATATCTg > 2:429145/1‑100 (MQ=255) tGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTg > 2:1125584/1‑100 (MQ=255) tGGTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTg > 2:3101937/1‑100 (MQ=255) ggTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGc > 2:291734/1‑100 (MQ=255) ggTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGc < 2:745687/100‑1 (MQ=255) gTCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCa > 2:2529189/1‑100 (MQ=255) tCCAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCaa > 1:1810491/1‑100 (MQ=255) ccAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCAAc > 2:1398717/1‑100 (MQ=255) ccAGTTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCAAc > 2:1404966/1‑100 (MQ=255) | GCAAGTATGTTGAACGATGTGCCAATTTCTCGCTGGGATGCAAGTGCCGGTTCTGACTGGCAGCCGAAGAACTCACCACCGCAGTATGCTGGTCCAATTCGCTTACGTCAGGGGCTGGGTCAGTCGAAAAACGTGGTGATGGTACGCGCAATGCGGGCGATGGGCGTCGACTACGCTGCAGAATATCTGCAAC > NC_000913/3524317‑3524509 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |