| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,360,814 | T→G | Y374S (TAC→TCC) | cadC ← | cadBA operon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,360,814 | 0 | T | G | 98.5% | 447.8 / NA | 133 | Y374S (TAC→TCC) | cadC | cadBA operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base G (60/70); total (63/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTG > NC_000913/4360717‑4360907 | gTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAg < 2:1491441/100‑1 (MQ=255) tATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGt > 1:879733/1‑100 (MQ=255) tCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGt > 1:784436/1‑98 (MQ=255) cTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTaaa < 2:2111969/100‑1 (MQ=255) cTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTaaa > 2:1173785/1‑100 (MQ=255) aTTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAAtt > 2:2973046/1‑100 (MQ=255) aTTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAAtt > 2:1502839/1‑100 (MQ=255) tCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTg < 1:1024348/100‑1 (MQ=255) cTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTgg < 2:869791/100‑1 (MQ=255) cTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTgg < 2:2395147/100‑1 (MQ=255) cTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTgg < 1:837095/100‑1 (MQ=255) cTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTgg < 1:2986213/100‑1 (MQ=255) tgtgTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTggg < 2:879745/100‑1 (MQ=255) gtgtTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTgggg < 1:2421072/100‑1 (MQ=255) tCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAGTGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGgatga > 1:2952635/1‑100 (MQ=255) cAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGgatgat > 1:1050049/1‑100 (MQ=255) gTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTg < 1:2384730/100‑1 (MQ=255) gTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTCTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTg < 1:1856752/100‑1 (MQ=255) ctgctAATTGTTTTTCATCTCAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGaa > 1:2122254/1‑99 (MQ=255) ctgctAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAAc < 1:3177395/100‑1 (MQ=255) tgctAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACa < 1:310123/100‑1 (MQ=255) tgctAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACa > 2:1814981/1‑100 (MQ=255) tgctAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACa > 2:2742445/1‑100 (MQ=255) tgctAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACa > 2:2742600/1‑100 (MQ=255) tgctAACTGTTTTTCATCTAAAGTATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACa < 1:3287276/100‑1 (MQ=255) gctAATTGTTTTTCATCTAACGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACaa > 1:616740/1‑100 (MQ=255) tAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAAtc < 1:130856/100‑1 (MQ=255) aaTTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTTTTTTTTTTTGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAAtct > 1:2652695/1‑100 (MQ=255) aaTTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAAtct > 2:2539245/1‑100 (MQ=255) aaTTGTTCTTCATCTAAAGGACGTTGCGAATGGCGCACGATATCACCTAATGCTTTTTCTCCTCTCGCGCAGGAAAATTCTGGGGATGATCGAACaa > 1:2858421/1‑97 (MQ=255) ttGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCa < 2:450536/100‑1 (MQ=255) tGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGTTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCAc < 1:1705989/100‑1 (MQ=255) tGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCAc > 2:3239264/1‑100 (MQ=255) gTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTTCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCAcc < 2:3447985/100‑1 (MQ=255) gTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCAcc < 2:1153698/100‑1 (MQ=255) tttCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTAGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGGTTGAACAATCTCACCtaa > 2:2623157/1‑100 (MQ=255) tCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCtaata < 1:2498699/100‑1 (MQ=255) tCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCtaata > 2:2077798/1‑100 (MQ=255) aTCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTaataat < 2:2735071/100‑1 (MQ=255) tCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAAtt > 2:643654/1‑100 (MQ=255) cTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTc < 2:1440724/100‑1 (MQ=255) tAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAAtt > 1:1880539/1‑98 (MQ=255) tAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCa > 1:1765600/1‑100 (MQ=255) tAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGAAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCa > 1:2059913/1‑100 (MQ=255) aaaGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCAc < 2:1687153/100‑1 (MQ=255) aaaGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCAc > 1:2919059/1‑100 (MQ=255) aGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAAGGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTg < 2:3264297/100‑1 (MQ=255) ggATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTgg < 2:1462232/100‑1 (MQ=255) cgatcttGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTgg < 1:2358100/95‑1 (MQ=255) aTGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCa > 1:1760577/1‑100 (MQ=255) tGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCAc > 2:1133364/1‑100 (MQ=255) tGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCAc > 1:234420/1‑100 (MQ=255) gTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACg > 2:847159/1‑100 (MQ=255) ttGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACgg < 2:2692767/100‑1 (MQ=255) ttGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACgg > 2:2086884/1‑100 (MQ=255) tcagaATGGCGCAAGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTggagatcg > 2:2358132/3‑94 (MQ=255) tGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGt < 2:2947831/100‑1 (MQ=255) tGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGt > 1:3298015/1‑100 (MQ=255) gagaATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTAACCTAATAATTCACTGGCACGGtt > 1:3420802/1‑100 (MQ=255) agaATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTc < 2:3152272/100‑1 (MQ=255) aaaggCGCAGGATATCAACTAATGCTAGTTCTACAATAGCCGAGGCAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTCGCACGGtt < 1:1895599/94‑1 (MQ=255) aaTGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCaa < 1:2587845/100‑1 (MQ=255) tGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATg < 2:3253080/100‑1 (MQ=255) tGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATg < 1:23259/100‑1 (MQ=255) cgcACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGAtt < 1:1606098/100‑1 (MQ=255) gcACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGAttt > 2:3237246/1‑100 (MQ=255) gcACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGAttt < 1:206972/100‑1 (MQ=255) cACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGTGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGAttt > 1:1389696/1‑99 (MQ=255) cACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTa < 1:1404816/100‑1 (MQ=255) cACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTa > 1:1674704/1‑100 (MQ=255) atgATAGCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCTCCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTat < 2:1543017/98‑1 (MQ=255) aCGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTat < 1:1617777/100‑1 (MQ=255) aCGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTat > 2:1454086/1‑100 (MQ=255) aaCTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCa < 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2:38557/100‑1 (MQ=255) cTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTaaaagatc > 1:2311125/1‑95 (MQ=255) cTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATc < 2:2652733/100‑1 (MQ=255) tGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCa > 1:2689756/1‑100 (MQ=255) gCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCAt > 1:2299276/1‑100 (MQ=255) gCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCAt < 2:2703457/100‑1 (MQ=255) gCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCAt < 1:368658/100‑1 (MQ=255) ctctCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCAtg > 1:1684405/1‑100 (MQ=255) ctctCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCAtg > 1:1815059/1‑100 (MQ=255) tctcGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTATTAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCAtgt > 2:2497596/1‑100 (MQ=255) ctcGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCAtgtg > 1:3376653/1‑100 (MQ=255) tcGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCAtgtg < 1:1122194/99‑1 (MQ=255) | GTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTG > NC_000913/4360717‑4360907 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |