| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 532,380 | A→G | intergenic (‑159/‑71) | allS ← / → allA | allD operon transcriptional activator/ureidoglycolate lyase, releasing urea |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 532,380 | 0 | A | G | 98.7% | 495.7 / ‑5.1 | 149 | intergenic (‑159/‑71) | allS/allA | allD operon transcriptional activator/ureidoglycolate lyase, releasing urea |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base G (71/76); total (71/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
TATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTAAG > NC_000913/532283‑532476 | tATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGtt > 2:1514866/1‑100 (MQ=255) aTTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTg > 1:1479830/1‑100 (MQ=255) ttttACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGcc < 1:2777162/100‑1 (MQ=255) tgtACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCt < 1:3078700/98‑1 (MQ=255) ttACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTg < 1:1437344/100‑1 (MQ=255) tACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGt > 1:994829/1‑100 (MQ=255) aCATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGtt < 2:2626730/100‑1 (MQ=255) aCATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGtt < 2:2038787/100‑1 (MQ=255) aTGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTAt > 2:308070/1‑100 (MQ=255) aTGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTAt > 1:2312613/1‑100 (MQ=255) aTGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTAt < 1:544265/100‑1 (MQ=255) tGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTAtt > 2:2158262/1‑100 (MQ=255) tGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTAtt > 2:1953375/1‑100 (MQ=255) tGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTAtt < 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aCCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAAc > 2:2776034/1‑100 (MQ=255) aCCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAAc < 1:1751408/100‑1 (MQ=255) cccTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAAcc > 2:779627/1‑100 (MQ=255) cccTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAAcc > 1:2490144/1‑100 (MQ=255) ccTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTGTTTAAAAATATTCCATCGTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAAcc < 1:1198308/99‑1 (MQ=255) gTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGc > 2:3275154/1‑100 (MQ=255) gTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGc > 2:403535/1‑100 (MQ=255) gTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGc < 1:1811676/100‑1 (MQ=255) cAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGa > 1:201395/1‑100 (MQ=255) aaTTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGAc < 2:1894133/100‑1 (MQ=255) aTTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGAcc < 2:3009363/100‑1 (MQ=255) gtgGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTc < 1:106199/100‑1 (MQ=255) ggACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTcgg > 1:3149631/1‑100 (MQ=255) aaaTCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCggtg < 2:2401579/100‑1 (MQ=255) aaaTCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCggtg > 2:1224008/1‑100 (MQ=255) aTCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCggtggt < 2:1713840/100‑1 (MQ=255) aTCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCggtggt < 2:846057/100‑1 (MQ=255) aTCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCggtggt < 2:2909027/100‑1 (MQ=255) acttttGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTAAAACTAAGCTGACCTGTCGGCGGTGGTTGa > 1:586960/3‑99 (MQ=255) gTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGCTGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGTTCGGCGGTGGTTGTAc > 1:2934823/1‑100 (MQ=255) gTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAAc < 2:1289009/100‑1 (MQ=255) ttttGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTg < 1:1384316/96‑1 (MQ=255) ttttGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACg < 2:722275/100‑1 (MQ=255) tttGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACgg > 2:154614/1‑100 (MQ=255) tttGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACgg > 1:821606/1‑100 (MQ=255) gAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAAtt > 2:3435836/1‑100 (MQ=255) gAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAAt > 1:892125/1‑99 (MQ=255) aaaaaTATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTa < 2:1940113/100‑1 (MQ=255) aaaTATTTCTATTTTTGAATGGATGTGGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATg < 1:3093499/100‑1 (MQ=255) aaaTATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATg > 1:897839/1‑100 (MQ=255) 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1:1214952/100‑1 (MQ=255) ggTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCg > 1:1349867/1‑100 (MQ=255) gTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGt > 1:2115565/1‑100 (MQ=255) ttttAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGtt < 2:3462675/100‑1 (MQ=255) tttAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTa < 1:1912186/100‑1 (MQ=255) tttAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTa > 1:2581153/1‑100 (MQ=255) tttAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTa < 2:2223804/100‑1 (MQ=255) tttAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTa < 2:1099276/100‑1 (MQ=255) tttAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTa > 2:1699163/1‑100 (MQ=255) tttAGGTTGCCTGCTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGAGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTa > 2:2350745/1‑100 (MQ=255) tttAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTa < 1:2084587/100‑1 (MQ=255) tAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTAAg < 2:2025636/100‑1 (MQ=255) | TATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTAAG > NC_000913/532283‑532476 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |