| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 931,952 | C→T | V33V (GTG→GTA) | trxB ← | thioredoxin reductase, FAD/NAD(P)‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 931,952 | 0 | C | T | 98.4% | 397.0 / ‑2.8 | 123 | V33V (GTG→GTA) | trxB | thioredoxin reductase, FAD/NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base T (62/58); total (63/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCC > NC_000913/931855‑932047 | ttAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGtac < 1:2734346/100‑1 (MQ=255) taataaCGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGtaca < 2:2069164/100‑1 (MQ=255) cGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTAcaggttgc < 1:1427698/100‑1 (MQ=255) ggACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTAcaggttgca < 2:1869238/100‑1 (MQ=255) gACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTAcaggttgcag < 1:3199391/100‑1 (MQ=255) ccGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTAcaggttgcaggt > 1:216814/1‑100 (MQ=255) ccGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTAcaggttgcaggt > 2:1745950/1‑100 (MQ=255) cGGTCAGCTCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTAcaggttgcaggtt > 2:1823423/1‑100 (MQ=255) gTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTgg > 2:792279/1‑100 (MQ=255) gTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTgg > 2:2897283/1‑100 (MQ=255) gTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTgg < 2:59498/100‑1 (MQ=255) aGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGgcgc > 1:963195/1‑100 (MQ=255) gATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGgcgcg > 1:451568/1‑100 (MQ=255) tCGTTTGGATCGCCAGGACAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCGGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGgcgcg > 1:753148/1‑98 (MQ=255) cGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGgcgcgcgc < 1:2526113/100‑1 (MQ=255) cGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGgcgcgcgc < 1:2526106/100‑1 (MQ=255) cGTTTGGAGCGCTAGGCCAGATTTCAACTTTCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGAAGGTTGgcgcgcgc > 1:948018/1‑100 (MQ=255) tttGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGcgccg > 2:2628223/1‑100 (MQ=255) tGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCcgcg > 2:395166/1‑100 (MQ=255) tGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCcgcg > 1:68078/1‑100 (MQ=255) gATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTa > 2:1485124/1‑100 (MQ=255) gATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTa > 1:1870983/1‑100 (MQ=255) aTCGCCAGGCCAGTTGTCCACTTCCGTGGTGGTGGGCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCCGGTTGGCGCGCGCCGCGTAg < 1:2119626/100‑1 (MQ=255) tCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGa > 1:619740/1‑100 (MQ=255) cGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGGAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGAc > 1:1222051/1‑100 (MQ=255) gccaggccagTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGAca > 1:3111550/1‑100 (MQ=255) gccaggccagTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGAca < 2:366270/100‑1 (MQ=255) gccaggccagTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGAca > 1:2666001/1‑100 (MQ=255) ccaggccagTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGAcag > 2:1233930/1‑100 (MQ=255) ccaggccagTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGAcag < 1:2538019/100‑1 (MQ=255) ccaggccagTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGAcag > 2:247681/1‑100 (MQ=255) caggccagTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGAcagc < 2:1605681/100‑1 (MQ=255) caggccagTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGAcagc < 2:3089202/100‑1 (MQ=255) ggccagTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGAccgcag > 2:518060/1‑100 (MQ=255) ggccagTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGAcagcag > 1:3055578/1‑100 (MQ=255) ggccagTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGAcagcag > 1:1625585/1‑100 (MQ=255) ggccagTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGAcagcag > 2:550295/1‑100 (MQ=255) gccagTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACagcagc > 2:2590243/1‑100 (MQ=255) gTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGgtg < 2:2666040/100‑1 (MQ=255) gTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGgtg < 2:486362/100‑1 (MQ=255) tttCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTa < 1:2685896/100‑1 (MQ=255) tttCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTa > 2:337440/1‑100 (MQ=255) ttCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTAt > 2:1696522/1‑100 (MQ=255) tCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATc > 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tggtggtggTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGcc < 2:3160101/100‑1 (MQ=255) tggtggtggTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGcc < 2:2893456/100‑1 (MQ=255) ggtggtggtCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGcc < 2:1518431/99‑1 (MQ=255) ggtggtggtCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCt < 1:2158113/100‑1 (MQ=255) ggtggtggtCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCt > 1:2794288/1‑100 (MQ=255) tggtggtCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGa < 2:462131/100‑1 (MQ=255) ggtggtCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGaa > 2:151755/1‑100 (MQ=255) gtggtCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAAc < 1:2611234/100‑1 (MQ=255) tggtCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAAcc < 2:963207/100‑1 (MQ=255) tggtCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAAcc > 1:3393542/1‑100 (MQ=255) tggtCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAAcc > 1:3399220/1‑100 (MQ=255) ggtCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAAccc > 1:1130944/1‑100 (MQ=255) gtCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCTGCCGGGCCTGAACCCa > 2:553372/1‑100 (MQ=255) tCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAg < 1:494417/100‑1 (MQ=255) tCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAg < 1:2569289/100‑1 (MQ=255) 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ttttCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTAc < 1:1552459/100‑1 (MQ=255) ttCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACtg < 2:3055628/100‑1 (MQ=255) ttCCATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACtg < 1:1814830/100‑1 (MQ=255) ccATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACtgtg < 2:243712/100‑1 (MQ=255) ccATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACtgtg > 1:2388194/1‑100 (MQ=255) ccATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACtgtg > 2:419814/1‑100 (MQ=255) ccATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGAAGTTTACtgtg > 1:787945/1‑100 (MQ=255) cATGCCGTTAACCAGTACAGGTTGCAGATTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACtg > 1:1821554/1‑97 (MQ=255) cATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTgtgt < 1:2559180/100‑1 (MQ=255) cATGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTgtgt > 2:2998242/1‑100 (MQ=255) tGCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGttt > 1:2252164/1‑100 (MQ=255) gCCGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTagatcggaag > 2:2013467/1‑91 (MQ=255) ccGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTgg > 2:3046370/1‑100 (MQ=255) ccGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTgg < 1:1233915/100‑1 (MQ=255) cGGTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGt < 2:1429909/100‑1 (MQ=255) gTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCg < 2:3191668/100‑1 (MQ=255) gTAATCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCg < 2:184480/100‑1 (MQ=255) aaTCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTg < 2:1424976/100‑1 (MQ=255) tCAGTACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGcc < 2:2096173/100‑1 (MQ=255) | TTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCC > NC_000913/931855‑932047 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |