| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,407,859 | A→G | intergenic (‑64/‑191) | ydaM ← / → ydaN | diguanylate cyclase, csgD regulator/putative Zn(II) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,407,859 | 0 | A | G | 98.0% | 523.5 / ‑1.3 | 155 | intergenic (‑64/‑191) | ydaM/ydaN | diguanylate cyclase, csgD regulator/putative Zn(II) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base G (83/68); total (85/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAAT > NC_000913/1407763‑1407954 | tAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCa < 2:3315398/100‑1 (MQ=255) aaGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAg > 2:2992607/1‑100 (MQ=255) gTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGAt > 2:1037406/1‑100 (MQ=255) ccAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATaa > 2:1776014/1‑100 (MQ=255) gggTATTGAATTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTc < 1:2274378/100‑1 (MQ=255) gggTATTGAAGATGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGAAAAAAAGCCAAGTCATATGGTCAGATAATTc > 1:1144996/1‑100 (MQ=255) ggTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCt > 1:3316411/1‑100 (MQ=255) tATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGa > 2:878691/1‑100 (MQ=255) ttGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATa > 2:3211187/1‑100 (MQ=255) gAAGTTGTGCGTAATCATTGGGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAAt > 1:2128619/1‑100 (MQ=255) gAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAAt < 2:564274/100‑1 (MQ=255) aaGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAAtt < 1:852163/100‑2 (MQ=255) gTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGAt < 1:3454935/100‑1 (MQ=255) ttGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATa < 1:545578/100‑1 (MQ=255) ttGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATa < 1:1923691/100‑1 (MQ=255) gtgCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATGAATTTTTGTTGCTATCCGATCGTAAAAAAGTCACGTTATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGa > 1:2888284/1‑100 (MQ=255) gtgCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGa > 2:48990/1‑100 (MQ=255) gCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGAc < 2:2074711/99‑1 (MQ=255) gCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACg > 2:2755142/1‑100 (MQ=255) gCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACg > 2:2528577/1‑100 (MQ=255) gCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACg < 2:1999156/100‑1 (MQ=255) cGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGc < 1:2751622/100‑1 (MQ=255) cGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGc < 2:2298791/100‑1 (MQ=255) tAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTa > 1:917116/1‑100 (MQ=255) aTCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTAtt > 2:2828146/1‑100 (MQ=255) tCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTAttt > 2:3234195/1‑100 (MQ=255) tCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTAttt < 2:532125/100‑1 (MQ=255) cATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTa < 2:447895/100‑1 (MQ=255) aTTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTTTTTTTTTTTTATCGCAAAAAAGCCAAGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTaa > 1:2221731/1‑100 (MQ=255) aTTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTTATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTaa < 1:390375/100‑1 (MQ=255) aTTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTaa > 2:3029177/1‑100 (MQ=255) aTTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAACCACGTCATCTTGTACGATAATTCAGATAATGATAGACGCTATTTa > 1:2349066/1‑99 (MQ=255) ttGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTTCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTa < 1:1514828/98‑1 (MQ=255) ttGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAac < 2:412868/100‑1 (MQ=255) tGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAaca > 2:2404198/1‑100 (MQ=255) gagaTCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAacac > 2:281363/1‑100 (MQ=255) gagaTCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAacac < 2:1068150/100‑1 (MQ=255) gagaTCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAacac < 1:1596434/100‑1 (MQ=255) agaTCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACt < 1:2156297/100‑1 (MQ=255) agaTCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACt > 1:3354094/1‑100 (MQ=255) gctCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAACAAACTCACATCATCTCGTAACATAATTCTGATACTCATATACACAATTTTACCCt > 1:2966051/3‑99 (MQ=255) gaTCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACtt > 2:2367515/1‑100 (MQ=255) aTCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTc < 2:40521/100‑1 (MQ=255) cccGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTcac > 1:2879375/1‑100 (MQ=255) tATTTTTATCAATTTTTTTTTTTTTTTTATCGCAAAAAAGCCACGTCATATTTTTTGATATTTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACttttcttgtt > 1:1731199/1‑92 (MQ=255) tttttATCAATTTTTTTTTTTTTTTGATCGCAAAAAAGCCATGTCATATTGTCTGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACtttttacgattt > 1:3186668/1‑90 (MQ=255) ttttATCAATTTTTGTTGCTATCCAATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTg < 1:928353/100‑1 (MQ=255) ttATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGta > 2:1381339/1‑100 (MQ=255) ttATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGta > 2:2596251/1‑100 (MQ=255) ttATCAATTTTTGTTCCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGta < 2:3424603/100‑1 (MQ=255) tATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGtat < 2:2741725/100‑1 (MQ=255) aTCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGtata < 1:1036395/100‑1 (MQ=255) aTCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGtata < 1:1036458/100‑1 (MQ=255) aTCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGtata > 1:2574547/1‑100 (MQ=255) aTCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGtata > 2:1866058/1‑100 (MQ=255) tCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATAc < 2:1993760/100‑1 (MQ=255) cAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACg > 1:1907520/1‑100 (MQ=255) cAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACg < 2:353623/100‑1 (MQ=255) cAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACg < 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1:715676/98‑6 (MQ=255) aaaGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCaa < 2:2083063/100‑1 (MQ=255) aaGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAAt < 2:1179743/100‑1 (MQ=255) aGCCACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAAtt < 2:1440958/100‑1 (MQ=255) cACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGGTAGACGCTATATAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAg > 2:2349053/1‑100 (MQ=255) cACGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAg < 1:3457684/100‑1 (MQ=255) cGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGa > 2:1287679/1‑99 (MQ=255) cGTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGAc > 1:1431152/1‑100 (MQ=255) gTCATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACa < 2:1487290/100‑1 (MQ=255) cATATGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATAAGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGa > 1:1414306/1‑100 (MQ=255) atatGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGaa < 2:2313573/100‑1 (MQ=255) tatGGTCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAAt > 2:2894145/1‑100 (MQ=255) | TAAGTCCAGGGTATTGAAGTTGTGCGTAATCATTGAGATCCCGTTATTTTTATCAATTTTTGTTGCTATCCGATCGCAAAAAAGCCACGTCATATGATCAGATAATTCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAAT > NC_000913/1407763‑1407954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |