Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 178,902 | C→T | L84L (TTG→TTA) | mtn ← | 5'‑methylthioadenosine/S‑adenosylhomocysteine nucleosidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 178,902 | 0 | C | T | 99.1% | 346.8 / ‑4.8 | 105 | L84L (TTG→TTA) | mtn | 5'‑methylthioadenosine/S‑adenosylhomocysteine nucleosidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (50/54); total (50/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CGGACAGCCTGGTAACTGACCGTATTCATAACCAAATGCCGTGACATCCGCGTCGTGATAACGTGCTTCGTCCGAGACAACGATATCGCCCACTTTCAACGTTGGTGCCAGGCCACCGGCAGAACCGGTGTTAATAATCACATCTGGCTTGCAGTGTTCCAACAGCAAAGTGGCACCCAGCGCCGCAGCG > NC_000913/178806‑178995 | cGGACAGCCTGGTAACTGACCGTATTCATAACCAAATGCCGTGACATCCGCGTCGTGCTAACGTGCTTTGTCCGAGACAACGATATTGCCCACTTTTAAc < 2:2347835/100‑1 (MQ=255) cGGACAGCCTGGTAACTGACCGTATTCATAACCAAATGCCGTGACATCCGCGTCGTGATAACGTGCTTCGTCCGAGACAACGATATCGCCCACTTTTaa < 2:68985/99‑1 (MQ=255) cGGACAGCCTGGTAACTGACCGTATTCATAACCAAATGCCGTGACATCCGCGTCGTGATAACGTGCTTCGTCCGAGACAACGATATCGCCCACTTTTAAc > 1:187857/1‑100 (MQ=255) ggACAGCCTGGTAACTGACCGTATTCATAACCAAATGCCGTGACATCCGCGTCGTGATAACGTGCTTCGTCCGAGACAACGATATCGCCCACTTTTAACg < 2:2724615/100‑1 (MQ=255) ggACAGCCTGGTAACTGACCGTATTCATAACCAAATGCCGTGACATCCGCGTCGTGATAACGTGCTTCGTCCGAGACAACGATATCGCCCACTTTTAACg < 2:1661326/100‑1 (MQ=255) ggACAGCCTGGTAACTGACCGTATTCATAACCAAATGCCGTGACATCCGCGTCGTGATAACGTGCTTCGTCCGAGACAACGATATCGCCCACTTTTAACg > 2:1842959/1‑100 (MQ=255) 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2:3463797/1‑100 (MQ=255) gagaCAACGATATCGCCCACTTTTAACGTTGGTGCCAGGCCACCGGCAGAACCGGTGTTAATAATCACATCTGGCTTGCAGTGTTCCAACAGCAAAGTgg < 2:411241/100‑1 (MQ=255) gagaCAACGATATCGCCCACTTTTAACGTTGGTGCCAGGCCACCGGCAGAACCGGTGTTAATAATCACATCTGGCTTGCAGTGTTCCAACAGCAAAGTgg < 2:2467351/100‑1 (MQ=255) gaCAACGATATCGCCCACTTTTAACGTTGGTGCCAGGCCACCGGCAGAACCGGTGTTAATAATCACATCTGGCTTGCAGTGTTCCAACAGCAAAGTGGCa > 2:1890688/1‑100 (MQ=255) cAACGATATCGCCCACTTGTAACGTTGGTGCCAGGCCACCGGCAGAACCGGTGTTAATAATCACATCTGGCTTGCAGTGTTCCAACAGCAAAGTGGCAcc < 2:783027/100‑1 (MQ=255) aaCGATATCGCCCACTTTTAACGTTGGTGCCAGGCCACCGGCAGAACCGGTGTTAATAATCACATCTGGCTTGCAGTGTTCCAACAGCAAAGTGGCAccc > 2:753218/1‑100 (MQ=255) aCGATATCGCCCACTTTTAACGTTGGTGCCAGGCCACCGGCAGAACCGGTGTTAATAATCACATCTGGCTTGCAGTGTTCCAACAGCAAAGTGGCACCCa > 2:665679/1‑100 (MQ=255) cGATATCGCCCACTTTTAACGTTGGTGCCAGGCCACCGGCAGAACCGGTGTTAATAATCACATCTGGCTTGCAGTGTTCCAACAGCAAAGTGGCACCCAg > 2:2045311/1‑100 (MQ=255) atCGCCCACTTTTAACGTTGGTGCCAGGCCACCGGCAGAACCGGTGTTAATAATCACATCTGGCTTGCAGTGTTCCAACAGCAAAGTGGCACCCAGcgcc < 2:187859/100‑1 (MQ=255) tCGCCCACTTTTAACGTTGGTGCCAGGCCACCGGCAGAACCGGTGTTAATAATCACATCTGGCTTGCAGTGTTCCAACAGCAAAGTGGCACCCAGcgccg < 2:108985/100‑1 (MQ=255) cccACTTTTAACGTTGGTGCCAGGCCACCGGCAGAACCGGTGTTAATAATCACATCTGGCTTGCAGTGTTCCAACAGCAAAGTGGCACCCAGCGCCGCAg < 1:1648563/100‑1 (MQ=255) cACTTTTAACGTTGGTGCCAGGCCACCGGCAGAACCGGTGTTAATAATCACATCTGGCTTGCAGTGTTCCAACAGCAAAGTGGCACCCAGCGCCGCAGCg > 2:556796/1‑100 (MQ=255) | CGGACAGCCTGGTAACTGACCGTATTCATAACCAAATGCCGTGACATCCGCGTCGTGATAACGTGCTTCGTCCGAGACAACGATATCGCCCACTTTCAACGTTGGTGCCAGGCCACCGGCAGAACCGGTGTTAATAATCACATCTGGCTTGCAGTGTTCCAACAGCAAAGTGGCACCCAGCGCCGCAGCG > NC_000913/178806‑178995 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |