| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,235,689:1 | +A | 100% | intergenic (+282/‑217) | pgi → / → yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,235,685 | 1 | . | A | 93.5% | 545.4 / 29.5 | 170 | intergenic (+278/‑221) | pgi/yjbE | glucosephosphate isomerase/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/6); new base A (78/81); total (83/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
CGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GG‑AAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATT > NC_000913/4235586‑4235779 | cGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑gg > 2:2804094/1‑100 (MQ=255)cGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑gg < 1:342595/100‑1 (MQ=255) ggCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTCACGGAAATCCTACCGTGAGGTTAATGCTAAAATATATTTTTACTCGTTGTTTATTTG‑GG‑a > 1:231504/1‑100 (MQ=255) gCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GG‑aa < 2:2221591/100‑1 (MQ=255) tttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GG‑aaa‑aa > 2:2500885/1‑99 (MQ=255) tttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GG‑aaatata > 2:937046/1‑96 (MQ=255) tttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GG‑aaa‑aatacg < 2:2140045/100‑6 (MQ=255) tgtATCAGATAAATCCCCGTGTCTGTAGTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GG‑aaa‑aatacg > 1:1469736/3‑95 (MQ=255) ttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGc > 2:2475852/1‑100 (MQ=255) tATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCa < 1:653942/100‑1 (MQ=255) tATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCa < 1:125731/100‑1 (MQ=255) cataTAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGAt < 1:120815/97‑1 (MQ=255) cAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGAt > 1:3324348/1‑100 (MQ=255) cAGATAAATCACCTTGTCTGTAATTTAAAGGAAATCATAACGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAg < 1:1365490/98‑1 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGAtt < 1:2440869/100‑1 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGAtt > 2:3203652/1‑100 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGAtt > 2:2802733/1‑100 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGAtt > 1:2859178/1‑100 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGAtt > 1:3240142/1‑100 (MQ=255) aGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGAtt > 1:1878867/1‑100 (MQ=255) 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aTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGc < 1:1409831/100‑1 (MQ=255) ccccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCtt > 1:1300591/1‑100 (MQ=255) ccccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCtt > 2:2061178/1‑100 (MQ=255) ccccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCtt < 1:21860/100‑1 (MQ=255) cccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGc < 1:457809/97‑1 (MQ=255) ttGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGt < 2:267341/100‑1 (MQ=255) ttGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTCTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGt < 1:1818109/100‑1 (MQ=255) tGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGtt < 2:3243838/100‑1 (MQ=255) gTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGttt < 1:2069264/100‑1 (MQ=255) cTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt > 1:314428/1‑100 (MQ=255) cTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt > 2:1319511/1‑100 (MQ=255) tGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTtttta < 1:2330468/100‑1 (MQ=255) tGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTtttta < 1:1588487/100‑1 (MQ=255) gTAATTTTACGGAAATCATACCGTGAGGTTATTCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttat < 2:2097512/100‑1 (MQ=255) tAATCTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttatt < 2:3144706/100‑1 (MQ=255) aTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGtttttttttt > 1:1267906/1‑100 (MQ=255) taccGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAg < 2:1993540/97‑1 (MQ=255) cGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGttt > 2:62968/1‑100 (MQ=255) cGGAAATCATACAGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGttt > 2:2223798/1‑100 (MQ=255) ggAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTa > 1:3341800/1‑100 (MQ=255) ggAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTa > 1:1787873/1‑100 (MQ=255) 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tATTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattc < 2:2770176/100‑1 (MQ=255) aTTTC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattca < 1:1316512/100‑1 (MQ=255) tttC‑GGAAAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATattcat < 1:1157732/100‑1 (MQ=255) | CGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTC‑GG‑AAA‑A‑TACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTTTAAGTTTATGATTTTTATTGTTATTTAAATATAAGTTGAAACTTATATTTGATATTCATT > NC_000913/4235586‑4235779 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |