| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,530,076:1 | (A)7→8 | 100% | coding (155/483 nt) | ydcD → | putative immunity protein for RhsE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,530,069 | 1 | . | A | 96.3% | 369.8 / 6.3 | 109 | coding (148/483 nt) | ydcD | putative immunity protein for RhsE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/3); new base A (54/51); total (55/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
TGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTG‑‑AA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGAC > NC_000913/1529970‑1530160 | tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTg > 1:111367/1‑100 (MQ=255)tGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTg < 1:288101/100‑1 (MQ=255) gTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTG‑‑a < 1:3210064/100‑1 (MQ=255) gttgttTACCTTGGGTTTGATAACAATTCACATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTG‑‑aa‑aaaaaat > 1:1731627/1‑98 (MQ=255) gttgttTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTG‑‑aa‑aaaaaat < 2:1043849/100‑3 (MQ=255) gttgttTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTG‑‑aa‑aaaaaat < 2:2791320/100‑3 (MQ=255) tgttTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTG‑‑aa‑aaaaaatat > 2:3141953/1‑96 (MQ=255) gttTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTG‑‑aa‑aaaaaatatt > 1:10431/1‑95 (MQ=255) gttTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTG‑‑aa‑aaaaaatatt > 2:1359595/1‑95 (MQ=255) gttTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTG‑‑aa‑aaaaaatat > 1:977924/1‑95 (MQ=255) gttTACCTTGGGTGTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTG‑‑aa‑aaaaaatatt > 1:2091088/1‑95 (MQ=255) tttACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTGA‑AA‑AAAAAtatta > 1:1793624/1‑100 (MQ=255) tACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTGA‑AA‑AAAAATattatt < 2:1143261/100‑1 (MQ=255) 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aaTTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTGA‑AA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGAc > 2:2440206/1‑100 (MQ=255) aaTTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTGA‑AA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGAc < 2:1894129/100‑1 (MQ=255) aTTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAACGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTGA‑AA‑AAAAATATTATTTATAAAAtaattaatta > 1:1870021/1‑96 (MQ=255) aTTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTGA‑AA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGAcc < 1:1921523/100‑1 (MQ=255) aTTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTGA‑AA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGAcc > 2:1670073/1‑100 (MQ=255) aTTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACAACAAAGAGCGTTGAGATATATCTA‑TATGA‑AA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGAcc < 1:2854997/100‑1 (MQ=255) cAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTGA‑AA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCaaa > 2:1431231/1‑100 (MQ=255) 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tCTT‑TCTGA‑AA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGAc > 2:708910/1‑100 (MQ=255) cTT‑TCTGA‑AA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTTTAGGGAATGGTTATTTTATAAGTATAATGGTTAATAAtt > 1:3347602/1‑92 (MQ=255) cTT‑TCTGA‑AA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAAGGAATGGACATATTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAgg > 1:2002491/1‑97 (MQ=255) | TGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTT‑TCTG‑‑AA‑AAAAATATTATTTATAAAATAATTAATGACCAAAAAATTAGTAGAGGGAATGGTCATTTTATAAGTATAATGGTTAATAATTACAGGAC > NC_000913/1529970‑1530160 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |