| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,062,022 | A→C | 22.7% | intergenic (‑89/‑238) | nac ← / → asnV | nitrogen assimilation regulon transcriptional regulator; autorepressor/tRNA‑Asn |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,062,022 | 0 | A | C | 22.7% | 240.2 / 80.9 | 129 | intergenic (‑89/‑238) | nac/asnV | nitrogen assimilation regulon transcriptional regulator; autorepressor/tRNA‑Asn |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/56); new base C (9/20); total (52/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.48e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
CTGAAGTTCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCTATAAAAGGAGGGT > NC_000913/2061923‑2062120 | cTGAAGTTCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGa < 2:2532056/100‑1 (MQ=255) aGTTCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTa > 1:1495697/1‑100 (MQ=255) aGTTCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTa < 1:347541/100‑1 (MQ=255) ttCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACa < 2:779606/100‑1 (MQ=255) ttCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACa < 2:2026634/100‑1 (MQ=255) ttCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACa < 1:934079/100‑1 (MQ=255) tCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGTCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACaa < 1:2147763/100‑1 (MQ=255) tCATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACaa < 2:113572/100‑1 (MQ=255) cATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAg < 1:418964/100‑1 (MQ=255) cATGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAg < 1:65635/100‑1 (MQ=255) aTGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGc < 2:799809/100‑1 (MQ=255) aTGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGc < 1:1361184/100‑1 (MQ=255) tGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAg > 2:3046043/1‑98 (MQ=255) tGTTGCCTCCGGTTTTTAAGAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCt > 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1:2636159/100‑1 (MQ=255) tAAGAATCGGCACAAGTGCCGCCATTACTTACAAACAGATTGCACGATGCTTGCCAGTTTTAATTTGATGATGATGTACTAACTAACCAAcctcaaa > 1:3063564/1‑91 (MQ=255) gAATCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAaga < 1:1939607/100‑1 (MQ=255) aaTCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAagag < 1:404880/100‑1 (MQ=255) aaTCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAagag < 2:1741057/100‑1 (MQ=255) aaTCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAagag < 2:2804768/100‑1 (MQ=255) tCGGCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGAt < 1:1884320/100‑1 (MQ=255) ggCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTa > 2:2111425/1‑100 (MQ=255) ggCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTa > 2:3284483/1‑100 (MQ=255) ggCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTa > 2:3113995/1‑100 (MQ=255) gCCCAAGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTAt < 2:2931935/100‑1 (MQ=255) aGTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAg > 2:3191369/1‑100 (MQ=255) gTGCCGCCATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGa > 2:1454956/1‑100 (MQ=255) gccgccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGAtt > 1:1215238/1‑100 (MQ=255) gccgccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGAtt > 2:2801522/1‑100 (MQ=255) gccgccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGAtt > 2:2614175/1‑100 (MQ=255) cgccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCg < 1:2009505/100‑1 (MQ=255) cgccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCg < 2:3246934/100‑1 (MQ=255) cgccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCg < 1:1764660/100‑1 (MQ=255) gccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGt > 1:3152624/1‑100 (MQ=255) ccATTACTTACAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTc < 1:418744/100‑1 (MQ=255) ttacttacAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCAtt < 1:2446237/100‑1 (MQ=255) ttacttacAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCAtt < 1:2437472/100‑1 (MQ=255) acttacAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTg < 2:3050669/100‑1 (MQ=255) acttacAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTg > 2:1377539/1‑100 (MQ=255) cttacAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGc > 1:1221828/1‑100 (MQ=255) cttacAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATCCGTCATTTGc > 1:2229921/1‑100 (MQ=255) tacAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTc > 2:1623529/1‑100 (MQ=255) acAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTcc < 2:1810851/100‑1 (MQ=255) cAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCt > 2:36890/1‑100 (MQ=255) cAACCAGATTGCAAGATGCTTGCCAGTTTTATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCt > 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2:2375648/100‑1 (MQ=255) tttATTTTGGTGTTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGccc < 1:3203631/100‑1 (MQ=255) ttcaTTTTCGTGTTGATGTACAAGCTGACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTg < 1:3364732/94‑1 (MQ=255) ggTGTTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCTATAAAag < 2:2583256/100‑1 (MQ=255) gtTGCTGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCTATaaa < 2:1032443/95‑1 (MQ=255) gtTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCTATAAAaggag < 1:1793617/100‑1 (MQ=255) gtTGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCTATAAAaggag < 2:1597069/100‑1 (MQ=255) tGATGTACAAGCTAACCAACTGTCAAATAAGAGATTATGATAGATTCGTCATTTGCTCCTTTAATCAGCTGTCGCGTTCCCCTGCCCTATAAAAGGAggg < 2:508930/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |