| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,777,363 | T→C | 62.5% | F83F (TTT→TTC) | yfjZ → | CP4‑57 prophage; antitoxin of the YpjF‑YfjZ toxin‑antitoxin system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,777,363 | 0 | T | C | 62.5% | 122.4 / 130.8 | 134 | F83F (TTT→TTC) | yfjZ | CP4‑57 prophage; antitoxin of the YpjF‑YfjZ toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/23); new base C (38/45); total (66/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
GTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGAGCAAGCATGAACACTC > NC_000913/2777265‑2777462 | gTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTa > 2:107368/1‑100 (MQ=255) aTTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTAcc > 2:618016/1‑100 (MQ=255) ttCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTg > 1:1283598/1‑100 (MQ=255) tCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGc > 1:2155530/1‑100 (MQ=255) tCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGc > 2:3304257/1‑100 (MQ=255) tCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGc > 1:3024560/1‑100 (MQ=255) ccACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCg > 1:474435/1‑100 (MQ=255) ccACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCg < 1:2980484/100‑1 (MQ=255) acaTTTTATCAGCAAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCg < 1:1193527/98‑1 (MQ=255) caTTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAg < 2:3180724/100‑1 (MQ=255) aTTTTATCAGCGAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAAGCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGc < 2:463815/100‑1 (MQ=255) aTTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGc < 2:2563873/100‑1 (MQ=255) ttttATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACGACGGTTTTACCTGCGAAGcc < 1:2067279/100‑1 (MQ=255) ttATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCTAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGa > 2:2862070/1‑100 (MQ=255) ttATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGa > 1:2288299/1‑100 (MQ=255) ttATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGa < 2:1584737/100‑1 (MQ=255) tATCAGCCAGCTAGAGTCGATGCGGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGAt < 1:2221977/100‑1 (MQ=255) tCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATAc < 2:1342413/100‑1 (MQ=255) gCCCGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCCGTCCCACAACGGTTTCACCTGCGAAGcc > 1:3244417/1‑92 (MQ=39) gCCAGATATAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATGCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTGCCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCAATAct > 1:3225618/1‑98 (MQ=255) aGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTgg < 1:978394/100‑1 (MQ=255) aGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTgg > 2:583793/1‑100 (MQ=255) aGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTgg < 2:1645580/100‑1 (MQ=255) gATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGt < 2:1650486/100‑1 (MQ=255) gATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGt < 2:2143432/100‑1 (MQ=255) tAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAg > 1:2357696/1‑100 (MQ=255) agagTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGt < 1:14840/100‑1 (MQ=255) tCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCg < 1:1474966/100‑1 (MQ=255) cGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGTgg < 1:2461395/100‑1 (MQ=255) cGATGCTGACCACTGGTGAACGGAATCTCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTAACACAAAGGTATTACCTGCGGAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCgg > 2:1272369/1‑100 (MQ=255) gATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGc < 2:2962442/100‑1 (MQ=255) tGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTa < 2:1252054/100‑1 (MQ=255) tGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTa > 1:1252050/1‑100 (MQ=255) tGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTa < 1:2763066/100‑1 (MQ=255) tGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTa > 2:1431458/1‑100 (MQ=255) ttGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACg < 2:1479642/99‑1 (MQ=255) cTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACg < 2:260442/100‑1 (MQ=255) aCCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCGGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGtat < 2:967286/100‑1 (MQ=255) ccACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGtata < 1:2327336/100‑1 (MQ=255) ccACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGtata > 2:1544380/1‑100 (MQ=255) aCTGGTGAACTGAATCCCCGCCGTGCCAAATGCGTCACCCGGTCCCACGACGGTCAGACCTGCGTTGCCGATCCTCGTGGGAGTTGCGGCTACGTTTACa > 1:1629454/1‑100 (MQ=19) aCTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACa > 1:423183/1‑100 (MQ=255) ggTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGCAGCCCCTACCCTCGGTAGTTGCGGCTACGCATACAt > 1:121965/1‑98 (MQ=21) ggTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCg > 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gAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTAc > 2:2935605/1‑100 (MQ=255) aaTCCCCGCCATGCCCAATGCGTCCCTCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTAcc < 1:325709/100‑1 (MQ=255) aaTCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTGTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGttt < 1:3383524/97‑1 (MQ=255) aTCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTAccc < 2:151000/100‑1 (MQ=255) aTCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTAccc > 1:2733120/1‑100 (MQ=255) tCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTAcccc < 1:1726153/100‑1 (MQ=255) tCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTAcccc < 2:1283602/100‑1 (MQ=255) tCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTAcccc < 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caACGGTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGagcaagc > 2:747012/1‑99 (MQ=255) gTTTCACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGAGCAAGCATGAac > 1:230794/1‑100 (MQ=255) tttcACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGAGCAAGCATGAaca > 1:2823578/1‑100 (MQ=255) tACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGAGCAAGCATGAACActc < 1:335512/100‑1 (MQ=255) | GTATTTCCACATTTTATCAGCCAGATAGAGTCGATGCTGACCACTGGTGAACTGAATCCCCGCCATGCCCAATGCGTCACCCTGTACCACAACGGTTTTACCTGCGAAGCCGATACTCTTGGTAGTTGCGGCTACGTATACATCGCTGTTTACCCCACTCAACGCTAACTAATTTCACGAGAGCAAGCATGAACACTC > NC_000913/2777265‑2777462 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |