| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,360,814 | T→G | 51.1% | Y374S (TAC→TCC) | cadC ← | cadBA operon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,360,814 | 0 | T | G | 51.1% | 21.6 / 226.0 | 149 | Y374S (TAC→TCC) | cadC | cadBA operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/38); new base G (39/37); total (74/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
TGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGCCTGAT > NC_000913/4360716‑4360913 | tGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTa < 1:2552498/100‑1 (MQ=255) gTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAg < 2:453849/100‑1 (MQ=255) ttATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAgg < 2:1303483/100‑1 (MQ=255) ttATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAgg < 2:2159789/100‑1 (MQ=255) tCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTaa > 2:634739/1‑100 (MQ=255) tCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGAGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTaa > 1:1383235/1‑100 (MQ=255) tATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAAt < 1:2704059/100‑1 (MQ=255) aTTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAAtt > 1:2938059/1‑100 (MQ=255) tttCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTc < 2:521930/100‑1 (MQ=255) tCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTg > 2:2434928/1‑100 (MQ=255) tCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTg > 2:2632446/1‑100 (MQ=255) cTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTgg < 1:2473555/100‑1 (MQ=255) atctttCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTggg < 1:1486594/96‑1 (MQ=255) gtgtTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTgggg < 2:586620/100‑1 (MQ=255) ttCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTgggagat > 2:1486600/1‑96 (MQ=255) tCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCCTCTAAAGGATGTTGAGATTGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGGGCAATCTGGGgttga > 2:2901897/1‑100 (MQ=255) tCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGgatga < 2:2562237/100‑1 (MQ=255) cAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGgatgat < 2:1304170/100‑1 (MQ=255) aGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGAtt < 1:2258352/100‑1 (MQ=255) aGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTATGGGGATGAtt > 2:3171100/1‑100 (MQ=255) gTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTg > 2:773254/1‑100 (MQ=255) gTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTg < 1:2085466/100‑1 (MQ=255) gTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTg < 1:1328175/100‑1 (MQ=255) ctgctAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAAc > 2:3057259/1‑100 (MQ=255) ctgctAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAAc > 2:1828618/1‑100 (MQ=255) tgctAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACa > 1:1892079/1‑100 (MQ=255) tgctAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACa > 1:599086/1‑100 (MQ=255) tgctAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACa < 2:604055/100‑1 (MQ=255) gctAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACaa > 2:2749949/1‑100 (MQ=255) gctAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACaa > 1:43120/1‑100 (MQ=255) aTTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAAtctc < 1:2834827/100‑1 (MQ=255) tGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCAc < 1:21898/100‑1 (MQ=255) gattttCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTATCTGCTATCGCGGAGGTAAATTCTGTGGATGATTGAACAATCTCAcc > 1:527457/3‑100 (MQ=255) gTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCAcc > 1:2202999/1‑100 (MQ=255) gTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCAcc > 2:386177/1‑100 (MQ=255) tttttCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCt < 2:2260770/100‑1 (MQ=255) tttttCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCt < 1:2763630/100‑1 (MQ=255) ttttCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGTTTGACCCATCTCAcgt > 1:658214/1‑97 (MQ=255) ttttCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGAGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCAGCta > 1:1800943/1‑100 (MQ=255) tCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCtaata < 2:3107870/100‑1 (MQ=255) tCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAAGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCtaata < 1:1814093/100‑1 (MQ=255) aTCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTaataat > 2:137310/1‑100 (MQ=255) cTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTc < 2:530296/100‑1 (MQ=255) aaaGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCAc > 2:1889684/1‑100 (MQ=255) aaaGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCAc < 2:3203802/100‑1 (MQ=255) aaaGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCAc < 2:739528/100‑1 (MQ=255) aaaGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGGACAATCTCACCTAATAATTCAc < 1:37968/100‑1 (MQ=255) aGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTg > 2:2163579/1‑100 (MQ=255) ggATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTgg < 1:1999972/100‑1 (MQ=255) aTGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCa > 2:17566/1‑100 (MQ=255) gTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACg > 2:1742360/1‑100 (MQ=255) tGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGt > 1:2420624/1‑100 (MQ=255) tGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGt < 1:2465528/100‑1 (MQ=255) agaATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTc < 1:3077076/100‑1 (MQ=255) agaATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTc < 2:2039727/100‑1 (MQ=255) gaATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCa > 2:1496523/1‑100 (MQ=255) gaATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCa > 1:3050241/1‑100 (MQ=255) aTGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCTCTGGCACGGTTCAAt > 2:3340813/1‑100 (MQ=255) aTGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAAt < 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gcACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGAttt > 2:10588/1‑100 (MQ=255) cACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTa > 2:910005/1‑100 (MQ=255) cGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTatc > 1:1040244/1‑100 (MQ=255) cGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTatc < 1:133322/100‑1 (MQ=255) cGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTatc < 1:1832096/100‑1 (MQ=255) tatCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTatcatc < 2:691336/100‑1 (MQ=255) tatCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTatcatc < 1:1715229/100‑1 (MQ=255) tCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGc < 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1:2918530/1‑100 (MQ=255) tttttCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTaaa > 2:2706667/1‑100 (MQ=255) tttCTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAaata > 1:2312902/1‑100 (MQ=255) ttCTGCTCTCGCGTAGGTAAAGTCTGGAGATGATTCAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTa < 1:1190850/95‑1 (MQ=255) cTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATc < 1:1115295/100‑1 (MQ=255) cTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTACTAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATc > 2:2726736/1‑100 (MQ=255) cTGCTCTCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATc > 1:2551208/1‑100 (MQ=255) tGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCa < 2:402955/100‑1 (MQ=255) ctctCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCAtg > 1:3181569/1‑100 (MQ=255) ctctCGCGGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCAtg < 1:1893017/100‑1 (MQ=255) cgcgGAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGcc > 2:2277845/1‑100 (MQ=255) tAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGCCTGAt > 1:1425175/1‑100 (MQ=255) | TGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGCCTGAT > NC_000913/4360716‑4360913 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |