| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,560,045 | C→A | 22.8% | W212C (TGG→TGT) | yjiH ← | nucleoside recognition pore and gate family putative inner membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,560,045 | 0 | C | A | 22.8% | 339.4 / 97.5 | 162 | W212C (TGG→TGT) | yjiH | nucleoside recognition pore and gate family putative inner membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (64/61); new base A (15/22); total (79/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
GGCGCGCGCCATCGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACCGCGACGCCG > NC_000913/4559946‑4560144 | ggCGCGCGCCATCGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTTGAAGTTAAGc < 1:2385789/100‑1 (MQ=255) gcgcgcgcCATCGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCTGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGcc < 1:1627310/100‑1 (MQ=255) gcgcgcgcCATCGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTCCGAAGTTAAGcc < 2:2234881/100‑1 (MQ=255) cgcgcCATCGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGa < 2:108705/100‑1 (MQ=255) cgcCATCGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGAcg > 2:2065021/1‑100 (MQ=255) ccATCGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGAcgcg > 1:2767422/1‑100 (MQ=255) cATCGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACgcgc > 1:311130/1‑100 (MQ=255) tCGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCaa < 1:3081417/100‑1 (MQ=255) tAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATg < 1:746472/100‑1 (MQ=255) aaaCATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGt < 1:164557/100‑1 (MQ=255) aaCATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGtt > 2:293525/1‑100 (MQ=255) aaCATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGtt < 1:110710/100‑1 (MQ=255) aaCATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGtt > 1:2004480/1‑100 (MQ=255) aCATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTg < 1:1851656/100‑1 (MQ=255) aCATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTg < 2:1607345/100‑1 (MQ=255) aCATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTg < 1:1327844/100‑1 (MQ=255) aCATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTg < 2:2853450/100‑1 (MQ=255) atatCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCGTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGc < 1:599385/100‑1 (MQ=255) atCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTc < 2:813545/100‑1 (MQ=255) tCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTcc > 2:676515/1‑100 (MQ=255) tCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTcc < 1:730754/100‑1 (MQ=255) ccATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCg > 2:752706/1‑100 (MQ=255) aTGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGAc < 2:2861612/100‑1 (MQ=255) cGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAAt < 1:1061727/100‑1 (MQ=255) gTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAAtt > 1:406286/1‑100 (MQ=255) tttGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTaa < 1:1052901/100‑1 (MQ=255) ttGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTaaa > 2:1050704/1‑100 (MQ=255) ttGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTaaa > 1:3127135/1‑100 (MQ=255) ttGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGAGACGTTCTTCGAAGTTAAGCAAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTCaaa > 1:2968003/1‑100 (MQ=255) tGCGGACCTGATTTGTCATGGTTGCGCGCCTTGCGTTGGTTTGCGACGTTTTTCGAAGTTATGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAac < 2:1974215/100‑1 (MQ=255) tGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAac < 2:752575/100‑1 (MQ=255) tGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAac < 1:3164504/100‑1 (MQ=255) tGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAac < 1:2639801/100‑1 (MQ=255) gCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGTGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAACATGTTGGCTCCGACAAATTTAAaca > 1:232995/1‑100 (MQ=255) cGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAacac > 2:1680831/1‑100 (MQ=255) cGGACCTGAGTTGTCATACTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAacac > 1:3028237/1‑100 (MQ=255) gACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCa > 2:1765775/1‑100 (MQ=255) aCCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAg < 2:1315335/100‑1 (MQ=255) aCCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAg < 2:2767445/100‑1 (MQ=255) aCCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAg < 2:683301/100‑1 (MQ=255) ccTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAgg > 1:1139312/1‑100 (MQ=255) cTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGa < 2:668516/100‑1 (MQ=255) tGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGAt > 2:3109524/1‑100 (MQ=255) gAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATg < 2:3365198/100‑1 (MQ=255) gAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATg > 2:2579613/1‑100 (MQ=255) ttGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACg > 1:1567408/1‑100 (MQ=255) ttGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACg < 2:71724/100‑1 (MQ=255) ttGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACg < 2:2974080/100‑1 (MQ=255) tGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACgg < 1:3072847/100‑1 (MQ=255) gTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGACGTTACGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGc > 1:1119108/1‑100 (MQ=255) gTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGc < 2:250809/100‑1 (MQ=255) gTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGc > 2:2755805/1‑100 (MQ=255) tGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTaaa > 2:2881648/1‑100 (MQ=255) gCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAg < 1:3328137/100‑1 (MQ=255) cTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAgg > 1:1523192/1‑100 (MQ=255) ttGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGt > 2:505528/1‑100 (MQ=255) tGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTa < 2:1109281/100‑1 (MQ=255) gcgcTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTAc > 1:2957646/1‑100 (MQ=255) cTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGAt < 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gTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACCAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGccc > 1:1534740/1‑100 (MQ=255) gTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACCCCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGcc < 1:2250015/99‑1 (MQ=255) gTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGccc < 2:628667/100‑1 (MQ=255) gTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGccc > 1:636865/1‑100 (MQ=255) tGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAg < 2:874534/100‑1 (MQ=255) cGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGaa > 2:1075489/1‑100 (MQ=255) cGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGaa > 1:1722359/1‑100 (MQ=255) cGACGTTCTTCGAAGTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGaa < 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2:1625433/100‑1 (MQ=255) aGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACcgc > 2:96400/1‑100 (MQ=255) aGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTCAAACACCAGGATTACGGCTCAAGTTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACcgc > 1:664870/1‑100 (MQ=255) gTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCATAAAGGCAAACACcgcg > 1:1976728/1‑100 (MQ=255) gTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACcgcg > 2:135767/1‑100 (MQ=255) gTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACcgcg > 1:995454/1‑100 (MQ=255) gTTAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACcgcg < 2:312425/100‑1 (MQ=255) tAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACCGCGAc > 2:1364565/1‑100 (MQ=255) tAAGACAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACCGCGAc > 2:2896914/1‑100 (MQ=255) gCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACCGCGACGcc > 2:1214087/1‑100 (MQ=255) gCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATATAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACCGCGACGcc > 1:1324491/1‑100 (MQ=255) ccAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAACGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACCGCGACGCCg < 2:1281329/100‑1 (MQ=255) | GGCGCGCGCCATCGATAAACATATCCATGACGTTTTTGCGGACCTGAGTTGTCATGCTTGCGCTCCTTGCGTTGGGTTGCGACGTTCTTCGAAGTTAAGCCAGACGCGCAAAATGTTGGCTCCGACAAATTTAAACACCAGGATGACGGCTAAAGGTACGATTACGGACGTGCCCAGAAAGGCAAACACCGCGACGCCG > NC_000913/4559946‑4560144 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |