| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 532,380 | A→G | 64.8% | intergenic (‑159/‑71) | allS ← / → allA | allD operon transcriptional activator/ureidoglycolate lyase, releasing urea |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 532,380 | 0 | A | G | 64.8% | 139.7 / 125.2 | 145 | intergenic (‑159/‑71) | allS/allA | allD operon transcriptional activator/ureidoglycolate lyase, releasing urea |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/27); new base G (33/60); total (57/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
AGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTAAGT > NC_000913/532281‑532477 | aGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGa > 2:3311297/1‑100 (MQ=255)aGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGa > 1:1234955/1‑100 (MQ=255) aTTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTg < 2:1803926/100‑1 (MQ=255) tttttACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTAATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGc < 2:415420/100‑1 (MQ=255) tttttACATGATAACCCAGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGc < 1:810804/100‑1 (MQ=255) ttttACAGTATAACCCTGTTGAACTTGTGGACTAAATCTAGTTTTTGAAAAATAGTCGTAGGTTAGTATTGATGATGTACTCTTCAGGTTTTAGGTGGcc < 1:3061684/100‑1 (MQ=255) tgtgaCATGATAACGCTGTTCAATTTGTGGATTAAATCTAGGTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTTATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTGGGTTGcc < 1:3131930/96‑1 (MQ=255) tttACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGcc < 1:2393955/99‑1 (MQ=255) tttACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGAAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGcc < 1:2301037/99‑1 (MQ=255) tACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGt > 1:1068193/1‑100 (MQ=255) tACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGt > 2:482153/1‑100 (MQ=255) cATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTa < 1:2630852/100‑1 (MQ=255) aTGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTAt < 2:778040/100‑1 (MQ=255) tGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTAtt > 2:2365822/1‑100 (MQ=255) tAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGaa < 1:2566302/100‑1 (MQ=255) tAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGaa < 2:523504/100‑1 (MQ=255) aCCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAAc > 1:1047463/1‑100 (MQ=255) aCCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAAc < 2:610481/100‑1 (MQ=255) aCCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAAc > 1:1521495/1‑100 (MQ=255) ttttCAATTTGTGGATTAAATCTAGTTTTGGAACAATATTTCAACTTTTGTATTTATGTTTTTCTCTTCAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAATCCAAg < 1:3026284/98‑1 (MQ=255) gTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGc < 1:2421538/100‑1 (MQ=255) ttCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCt > 1:2613017/1‑100 (MQ=255) aTTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGAcc < 2:442614/100‑1 (MQ=255) aTTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGAcc < 1:3158537/100‑1 (MQ=255) tttGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCg < 1:1569997/100‑1 (MQ=255) tttGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCg > 1:1353204/1‑100 (MQ=255) tttGTAGACTAAATCTATTTTTGTAAAAATATTCCAATTTTTGTATTGATGCTGGTCTCTTAAGGTTTTACGTTGCCTCTTATTGAAACCAAGCTGAcc < 1:1896247/99‑1 (MQ=255) ttGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCgg < 2:1646291/100‑1 (MQ=255) tgtgGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGt > 1:1343086/1‑100 (MQ=255) tgGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTcg < 2:2509187/100‑1 (MQ=255) tgGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTcg > 1:352363/1‑100 (MQ=255) ggACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTcgg < 2:2866966/100‑1 (MQ=255) gACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTcggc > 2:3140932/1‑100 (MQ=255) aaaTCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCggtg > 2:1598287/1‑100 (MQ=255) aaTCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCggtgg < 1:2808106/100‑1 (MQ=255) aaTCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCggtgg < 1:3338253/100‑1 (MQ=255) aaTCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGATCGGTCGGCggtgg < 1:1655533/100‑1 (MQ=255) aaTCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCggtgg < 1:412242/100‑1 (MQ=255) aaTCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCggtgg < 2:1990837/100‑1 (MQ=255) aaTCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCggtgg < 1:1401813/100‑1 (MQ=255) cTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTg > 1:1803746/1‑100 (MQ=255) cTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTg < 1:244199/100‑1 (MQ=255) tAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTGCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTAGGCGGTGGTTGa > 1:2012410/1‑100 (MQ=255) gTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAAc < 2:3228604/100‑1 (MQ=255) gTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAAc > 2:1895328/1‑100 (MQ=255) ttttGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACg < 1:2177559/100‑1 (MQ=255) ttttGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACg < 1:1753709/100‑1 (MQ=255) ggAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCTGTCGGCGGTGGTTGAACGGAAt > 1:624097/1‑100 (MQ=255) ggAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGaa > 1:1308809/1‑99 (MQ=255) gAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAAtt > 2:2647414/1‑100 (MQ=255) aaaaaTATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAATGGAATTa < 2:1771173/100‑1 (MQ=255) 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tttAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTa < 2:2462224/100‑1 (MQ=255) ttAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTaa > 2:3013940/1‑100 (MQ=255) tAGGTTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTAAg > 2:152573/1‑100 (MQ=255) aGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTAAGt > 1:3292074/1‑100 (MQ=255) | AGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAAACTTCAGGTATTACCGTTAAGT > NC_000913/532281‑532477 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |