| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 661,369 | T→C | 63.5% | N4D (AAT→GAT) | ybeF ← | LysR family putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 661,369 | 0 | T | C | 63.5% | 120.7 / 119.5 | 132 | N4D (AAT→GAT) | ybeF | LysR family putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/26); new base C (46/37); total (68/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
AAATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCAC > NC_000913/661270‑661467 | aaaTAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTGGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGattatt < 2:3356925/100‑1 (MQ=255) aTAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCAc < 1:2722611/100‑1 (MQ=255) tAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAATGTTGTTAATATTTGTCGTTTATCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACt < 1:2291596/100‑1 (MQ=255) tAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACt < 1:2977432/100‑1 (MQ=255) aGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTa < 2:2866129/100‑1 (MQ=255) gTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTAt > 1:3206284/1‑100 (MQ=255) 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gATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTTTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGAGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACt > 1:2068764/1‑96 (MQ=255) gATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACt < 1:9657/100‑1 (MQ=255) aTCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTTACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTc < 1:347627/100‑1 (MQ=255) aTCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTc < 1:1600585/100‑1 (MQ=255) tCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTcc > 2:710076/1‑100 (MQ=255) atatTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAAt > 1:1012338/1‑100 (MQ=255) atTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAAttt < 2:66545/100‑1 (MQ=255) tttCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAAtttt < 2:294400/100‑1 (MQ=255) gTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTc < 2:2488734/100‑1 (MQ=255) aGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATg < 1:1893640/100‑1 (MQ=255) ggTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATgg > 2:65084/1‑100 (MQ=255) ggTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATgg < 1:1049646/100‑1 (MQ=255) gTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTAATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGa > 1:392689/1‑100 (MQ=255) ttGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGaa < 1:157509/100‑1 (MQ=255) tGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGaaa > 1:1217503/1‑100 (MQ=255) 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tGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTAGTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCt > 2:2056156/1‑100 (MQ=255) gCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTa > 2:2361007/1‑100 (MQ=255) gCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGtata > 1:2092496/1‑100 (MQ=255) gCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTa > 2:1765728/1‑100 (MQ=255) gCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTa > 2:1229937/1‑100 (MQ=255) catAAACTAGGTTCAATTTGATTATCACTATAAAAGCACTTAATACAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATg < 1:1630762/93‑1 (MQ=255) cTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTaa > 2:1284790/1‑100 (MQ=255) cTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATCACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTaa > 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1:1130765/100‑1 (MQ=255) ttaCTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAACATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTACTCAc > 1:988144/1‑100 (MQ=255) ttaCTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCAc > 1:2546719/1‑100 (MQ=255) ttaCTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCAc < 2:2782545/100‑1 (MQ=255) | AAATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCAC > NC_000913/661270‑661467 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |